Горчаков в своем приказе писал: «Храбрые товарищи, грустно и тяжело оставить врагам нашим Севастополь, но вспомните, какую жертву мы принесли на алтарь Отечества в 1812 году: Москва стоит Севастополя! Мы ее оставили после бессмертной битвы под Бородиным. Триста сорока девятидневная оборона Севастополя превосходит Бородино!»
Войска отступили в полном порядке и заняли оборону на Северной стороне и к востоку от города. Но Жемчужников, человек штатский, воспринял отступление трагически. Оно показалось ему паническим, а «реляция главнокомандующего» — лживой. Он не понял, что именно героические контратаки русских солдат, а не глупость неприятеля, дали возможность нашим войскам отойти, сохранив боеспособность. Он видел лишь негодные кремневые ружья солдат, «бесполезную трату сил», «русское авось», бессмысленные передвижения войск...
Недалекий в сврем озлоблении, так и не понявший духа Севастополя, Лев Жемчужников выехал из Крыма на Украину. В Линовице у него была возлюбленная, крепостная девушка Ольга, ставшая впоследствии его женой. Там он получил известие о том, что через Ахтырку будет проходить полк стрелков, в котором служили его братья.
Он часто выходил за город встречать его и наконец увидел колонну, впереди которой шли его дядя Лев Алексеевич, брат Владимир Жемчужников, бывший предводитель тульского дворянства Алексей Бобринский, ставший командиром роты... Лев присоединился к полку и пробыл со своими две недели.
«Шли мы весело, дружно, шутили, смеялись, но у всякого на душе была тяжесть и в голове нерадостные думы. Однажды случилось мне провести полк сокращенным путем через степь, по которой я знал дорогу. Полк был молодецки вооружен не кремневыми ружьями, как прочие ополченцы, а штуцерами, и одет в первый раз по-русски и со смыслом, по наброскам Алеши Толстого и моего брата Владимира».
В декабре Алексей Толстой нагнал полк, который направили защищать побережье у Одессы. Штаб полка был в Севериновке, а Первый батальон разместился в болгарском селе Катаржи. Жители села понравились Толстому, они были красивы, а женщины, вдобавок, «и честные — что не нравится офицерам», как сообщил он Софье Андреевне.
В той местности свирепствовала эпидемия тифа. В штабе Южной армии знали это, но штабное головотяпство сказалось и тут. На другой же день полк уже насчитывал шестьсот больных тифом и дизентерией. Больные стали умирать десятками. Свалился в тифу командир батальона Жуков, и Толстой принял на себя командование.
«У нас нет госпиталя, — пишет Толстой, — больные размещены по избам — один на другом, умирают лицом к лицу».
Офицеры, не щадя себя, ухаживали за больными. Не было врачей, медсестер, даже солому на подстилки больным привозили из Одессы. Через месяц из трех тысяч двухсот стрелков в строю осталась едва половина. Заболели почти все офицеры, юнкера командовали ротами. Слегли Владимир Жемчужников и Алексей Бобринский.
В январе остатки полка перевели в Одессу, и Толстого назначили командиром учебной роты, готовившей стрелковых начальников для всех полков и находившейся в одном из окрестных сел. Беспокоясь о судьбе больных товарищей, он задержался на несколько дней в Одессе и свалился сам.
Об этом сообщили самому императору, и он велел ежедневно докладывать ему о состоянии здоровья Толстого. Но тут большую роль играли хлопоты Перовских, чем забота царя. Узнав о болезни, в Одессу тотчас выехала Софья Андреевна.
Еще до ее приезда у Толстого, как сообщали императору, «показался благодетельный нот».
Толстой верил в Софью Андреевну, был выше подозрений. Своей любовью он добился глубокого ответного чувства. Она не думала о себе, приехав в Одессу, где еще можно было увидеть груды неубранных трупов.
Всего полк потерял тысячу человек, так и не побывав в деле.
В марте 1856 года был заключен Парижский мирный договор. В Одессу прикатил и Лев Жемчужников, чтобы по мере сил помочь братьям.
«Я застал брата Владимира уже выздоровевшим, обритым; Бобринского тоже выздоровевшим и обритым; Алексея Толстого еще лежащим в тифе и около него любимую им Софью Андреевну Миллер, жену полковника, на которой он впоследствии женился. В другой комнате лежал в тифе офицер того же полка Ермолов, бывший мой товарищ по корпусу... Болезнь шла обычным ходом, и полк таял».
Как-то Лев подъехал к двухэтажному дому, в котором жили братья, усадил Алексея Толстого в коляску и повез покататься к морю. Толстой радовался, вдыхал полной грудью воздух, но на первый раз быстро утомился. Прогулки продолжались. В самой Одессе ветер носил по улицам тучи известковой пыли, от которой воспалялись глаза и все время першило в горле.