В ночь на 2 апреля в Ставке была подписана директива о наступлении 1-му Белорусскому фронту, а 3 апреля — и 1-му Украинскому фронту.
Операцию решено было начать 16 апреля силами 1-го Белорусского и 1-го Украинского фронтов с последующим подключением к ней и 2-го Белорусского фронта. На главном направлении должны были действовать войска Жукова, однако не исключался вариант, в случае упорного сопротивления немцев, поворота на север и армий Конева, наносивших удар южнее столицы Германии. Об этом говорит маршал Жуков в своих воспоминаниях, хотя официально в директивах Ставки ни для 1-го Украинского, ни для 1-го Белорусского фронтов об этом не говорится ни слова.
Директива Ставки ВГК № 11059 1-му Белорусскому фронту требовала:
«1. Подготовить и провести наступательную операцию с целью овладеть столицей Германии городом Берлином и не позднее двенадцатого — пятнадцатого дня операции выйти на р. Эльба.
2. Главный удар нанести с плацдарма на р. Одер западнее Кюстрина силами четырех общевойсковых армий и двух танковых армий.
На участок прорыва привлечь пять-шесть артиллерийских дивизий прорыва, создав плотность не менее 250 стволов от 76 мм и выше на один километр фронта прорыва.
3. Для обеспечения главной группировки фронта с севера и с юга нанести два вспомогательных удара силами двух армий каждый.
Первый удар — из района северо-западнее Бервальде в общем направлении на Эберсвальде, Фербеллин; второй удар — с плацдармов на р. Одер севернее и южнее Франкфурта-на-Одере в общем направлении на Фюрстенвальде, Потсдам, Бранденбург, в обход Берлина с юга.
4. Танковые армии ввести на направлении главного удара после прорыва обороны для развития успеха в обход Берлина с севера и северо-востока.
5. Армию второго эшелона использовать для развития успеха на главном направлении...»
Далее в директиве указывались общие разграничительные линии фронта с соседями. Характерно, что в интересах оперативно-стратегической маскировки никакого упоминания о конкретной дате и времени начала операции в директиве нет: «Начало операции согласно полученных Вами лично указаний».
Примерно такого же общего плана директиву Ставки ВГК под № 11060 получил вечером 3 апреля и 1-й Украинский фронт. В ней приказывалось:
«1. Подготовить и провести наступательную операцию с целью разгромить группировку противника в районе Котбус и южнее Берлина. Не позднее десятого — двенадцатого дня операции овладеть рубежом Беелитц, Виттенберг и далее по р. Эльбе до Дрездена. В дальнейшем, после овладения Берлином, иметь в виду наступать на Лейпциг.
2. Главный удар силами пяти общевойсковых армий и двух танковых армий нанести из района Трибель в общем направлении на Шпремберг, Бельциг.
На участке прорыва привлечь шесть артиллерийских дивизий прорыва, создав плотность не менее 250 стволов от 76 мм и выше на один километр фронта прорыва.
3. Для обеспечения главной группировки фронта с юга силами 2-й Польской армии и частью сил 52-й армии нанести вспомогательный удар из района Кольфурт в общем направлении Бауцен, Дрезден.
4. Танковые армии и общевойсковые армии второго эшелона ввести после прорыва обороны противника для развития успеха на направлении главного удара.
5. На левом крыле фронта перейти к жесткой обороне, обратив особое внимание на бреславльское направление.
5-ю гв. армию сменить и использовать для наступления на главном направлении...»
Времени на тщательную подготовку к операции оставалось совсем мало, а войскам и штабам предстояло проделать огромный объем работы, произвести перегруппировку войск, подвезти огромные запасы материальных средств.
Директива Ставки еще не была официально подписана Верховным главнокомандующим, когда вечером 1 апреля Жуков позвонил в штаб 1-го Белорусского фронта своему начальнику штаба генерал-полковнику М. Малинину: «Все утверждено без особых изменений. Времени у нас мало. Принимайте меры. Вылетаю завтра».
Войска 2-го Белорусского фронта, закончив 4 апреля Восточно-Померанскую операцию, уже 6 апреля получили директиву Ставки ВГК на участие в Берлинской операции:
«1. Подготовить и провести наступательную операцию с целью форсировать реку Одер, разгромить штеттинскую группировку противника и не позднее 12–15 дня операции овладеть рубежом: Анклам, Деммин, Мальхин, Варен, Притцвальк, Виттенберге.
2. Главный удар силами трех общевойсковых армий с двумя танковыми и одним мехкорпусом нанести из района севернее Шведт в общем направлении на Штрелитц.