В конце 20-х годов Сталин выдвинул тезис об обострении классовой борьбы в стране и настойчиво повторял его из года в год. Под предлогом борьбы с классовыми врагами он направил усилия ОГПУ на искоренение «вредительства». Тысячи старых специалистов, работавших в промышленности, на транспорте, в различных государственных учреждениях и общественных организациях, были объявлены «вредителями» и подверглись репрессиям. Затем в годы коллективизации были обрушены удары на кулаков, а под предлогом борьбы с ними и на часть середняков, так называемых «подкулачников». В результате этого пострадали миллионы крестьян. Таким образом, методы, применявшиеся в период гражданской войны против контрреволюционного подполья и агентуры империалистических разведок, оказались механически перенесенными на период мирного социалистического строительства, когда условия коренным образом изменились. В стране стала складываться атмосфера нетерпимости, вражды, подозрительности.
В 30-е годы еще больше расширились полномочия ОГПУ, затем (с 1934 года) НКВД. В системе Наркомата внутренних дел возникли внесудебные органы – Особое совещание, «тройки», «двойки», осуществлявшие массовые репрессии.
Контроль партии над органами государственной безопасности был подменен единоличным контролем Сталина. Произошла существенная деформация их социальной природы. Если в области внешней разведки, борьбы с подрывной деятельностью империалистических спецслужб и зарубежных антисоветских центров, охраны границы они выполняли задачу обеспечения безопасности социалистического государства, то в осуществлении своих внутриполитических функций, по сути дела, стали инструментом утверждения режима личной власти Сталина, орудием террора в отношении значительной части советских людей.
Наибольший размах массовые репрессии приняли в 1936–1938 годах. В результате их пострадало большое количество коммунистов и беспартийных. На основании ложных обвинений были осуждены и расстреляны многие видные деятели партии и Советского государства, большая часть командиров и политработников Красной Армии, тысячи рабочих, служащих. Жертвами произвола и беззакония стали около 20 тысяч чекистов, среди них были и те, кто сохранил верность революционным традициям, отказывался нарушать социалистическую законность. В эти годы погибли многие бывшие руководящие работники ВЧК, соратники Дзержинского: А. X. Артузов, Г. И. Бокий, М. Я. Лацис, М. С. Кедров, В. Н. Манцев, Г. С. Мороз, И. П. Павлуновский, Я. X. Петерс, М. А. Трилиссер, И. С. Уншлихт, В. В. Фомин и другие.
Массовые репрессии, ответственность за которые несут Сталин и его окружение, нанесли серьезный ущерб делу социализма и авторитету партии. Вместе с тем они ослабили и сами органы госбезопасности, нарушили их связь с массами, затруднили борьбу с разведками империалистических государств.
Лишь после осуждения культа личности Сталина Коммунистическая партия и Советское правительство осуществили необходимые меры по восстановлению и дальнейшему развитию ленинских принципов организации и деятельности советских органов государственной безопасности. Сейчас они работают под повседневным руководством и контролем партии, высших органов государственной власти и управления. Одну из главных своих задач они видят в том, чтобы содействовать процессу революционной перестройки в нашей стране, совершенствовать формы и методы деятельности в условиях расширяющейся демократии и гласности. Укрепились их связи с трудящимися. Работа чекистских органов строится на основе Конституции СССР, в строгом соответствии с буквой и духом советских законов. В неуклонном осуществлении ленинских принципов они видят залог успешного выполнения своих сложных и ответственных задач.
Руководство ВЧК уделяло большое внимание тому, чтобы обобщить опыт деятельности чекистских органов. Первые публикации о ВЧК появились уже в годы гражданской войны. Их авторами являлись видные чекисты, члены коллегии ВЧК. В 1919 году в журнале «Власть Советов» № 11 был опубликован очерк Г. С. Мороза «ВЧК и Октябрьская революция», а в 1920 году в журнале «Коммунистический Интернационал» № 6 – его же статья «Из истории гражданской войны в России». В 1919 году в «Известиях Всеукраинского ЦИК» М. Я. Лацис напечатал большую статью «Чрезвычайные комиссии по борьбе с контрреволюцией», которая в 1921 году вышла отдельной брошюрой в Госиздате. В 1920 году была напечатана в том же издании книга Лациса «Два года борьбы на внутреннем фронте». В этих работах давался анализ деятельности ВЧК, рассказывалось о выявлении и ликвидации ею многих контрреволюционных организаций, подавлении ряда антисоветских восстаний и мятежей. Публикации преследовали цель как можно полнее ознакомить массы с работой ВЧК, повысить их бдительность, привлечь их к еще более активному участию в борьбе с контрреволюцией. Однако тираж их был невелик. К тому же указанные журналы и книги в 30-х годах были изъяты и уничтожены.