На подавление мятежа были направлены боевые отряды из Москвы, Иваново-Вознесенска, Вологды, Костромы, Петрограда, Рыбинска. Ярославль был окружен. Две недели шла борьба с мятежниками. Город обстреливался артиллерией. Начались пожары. Перхуров, увидев бесполезность дальнейшего сопротивления, бежал. Оставшиеся члены штаба восставших, чтобы спасти свою жизнь, решили «сдаться» немецким военнопленным, находившимся в Ярославле. Председатель германской комиссии военнопленных лейтенант Балк 21 июля принял «капитуляцию». Командование советских войск потребовало от немцев выдачи мятежников и возвращения взятого у них оружия. Балк вынужден был выполнить это требование. 22 июля восстание в Ярославле было полностью подавлено. «Союз защиты родины и свободы» прекратил свое существование.
Разгром «Союза защиты» сорвал планы белогвардейцев и англо-французских империалистов, рассчитанные на свержение Советской власти путем организации восстания одновременно в Москве и в городах Поволжья, приуроченного к мятежу Чехословацкого корпуса и началу интервенции союзников на Севере. Операция по ликвидации «Союза», несмотря на некоторые ее изъяны, показала возросшее мастерство ВЧК. Если до этого она боролась главным образом с бандитизмом, спекуляцией, выявляла небольшие группы контрреволюционеров, то теперь успешно справилась с раскрытием крупной, глубоко законспирированной военно-заговорщической организации.
Некоторые руководители и наиболее активные участники «Союза защиты» по постановлению ВЧК были расстреляны. Суровую кару понесли и ярославские мятежники.
Б. В. Савинков вскоре бежал в Польшу. В эмиграции он организовал так называемый «Народный союз защиты родины и свободы», развернувший широкую разведывательно-диверсионную работу против Советского государства. В августе 1924 года ОГПУ в результате тщательно подготовленной операции удалось заманить его на территорию СССР и арестовать. На суде он признал свои преступления. Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила Савинкова к расстрелу, замененному Президиумом ЦИК СССР лишением свободына 10 лет. В мае 1925 года, находясь в тюрьме, Савинков покончил жизнь самоубийством.
Н. С. Григорьев был убит в 1919 году колчаковцами. Ф. А. Бредиса, арестованного в июле 1918 года, ВЧК приговорила к расстрелу. А. П. Перхуров ушел к Колчаку, получил воинское звание генерал-майора. В составе колчаковской армии сражался против советских войск. После окончания гражданской войны пробрался на службу в штаб Приуральского военного округа. В мае 1922 года был разоблачен и в июле того же года по приговору Военной коллегии Верховного трибунала подвергнут высшей мере наказания. Таков был бесславный конец руководителей «Союза защиты».
Большое внимание в «Красной книге ВЧК» уделено мятежу левых эсеров в Москве 6–7 июля 1918 года. Помещенные в ней документы показывают подготовку левоэсеровской авантюры, действия мятежников, организацию их военного разгрома, следствие по делу о мятеже.
В западной литературе появилось множество работ, авторы которых пытаются доказать, что якобы левые эсеры и не помышляли о восстании, что убийство германского посла Мирбаха было организовано бывшими «левыми коммунистами» Ф. Э. Дзержинским, Н. И. Бухариным, Г. Л. Пятаковым, чтобы сорвать Брестский договор. Материалы, опубликованные в «Красной книге ВЧК», дают возможность восстановить правдивую картину тех далеких событий.
Известно, что в декабре 1917 года большевики и левые эсеры заключили правительственный блок. Он был необходим для упрочения Советской власти, для привлечения на сторону пролетариата широких масс крестьянства, среди которых левые эсеры пользовались влиянием. По основным вопросам революции обе партии проводили согласованную политику – они выступали за власть Советов, за подавление сопротивления свергнутых эксплуататоров. В марте 1918 года левые эсеры вышли из правительства в знак протеста против заключения Брестского мира, но продолжали работать в других советских и военных учреждениях, в том числе и в ВЧК и местных ЧК. Весной и летом 1918 года разногласия между большевиками и левыми эсерами еще больше обострились. 24 июня 1918 года ЦК партии левых эсеров принял решение о подготовке вооруженного восстания с целью срыва Брестского договора, возобновления войны с Германией. В нем говорилось: «…Центральный Комитет партии считает возможным и целесообразным организовать ряд террористических актов в отношении виднейших представителей германского империализма; одновременно с этим ЦК партии постановил организовать для проведения своего решения мобилизацию надежных военных сил и приложить все меры к тому, чтобы трудовое крестьянство и рабочий класс примкнули к восстанию и активно поддержали партию в этом выступлении» (т. 1, с. 185).
Левые эсеры, как это видно из документов книги, начали поспешно приводить в боевую готовность свои силы – усилили формирование партийных дружин, стали стягивать в Москву отряды из других городов, заготавливать оружие, продукты питания, санитарные принадлежности.
6 июля в третьем часу дня левые эсеры Я. Блюмкин и Н. Андреев по удостоверению ВЧК проникли в здание германского посольства и убили посла графа Мирбаха (позже выяснилось, что подписи Дзержинского и секретаря ВЧК Ксенофонтова на удостоверении были поддельными, а печать – настоящей: ее поставил заместитель председателя ВЧК левый эсер В. А. Александрович).
Убийство Мирбаха послужило сигналом к восстанию. Около пяти часов вечера левые эсеры взяли под стражу Ф. Э. Дзержинского, который приехал в штаб отряда ВЧК, находившийся в Трехсвятительском (ныне Большой Вузовский) переулке, чтобы арестовать террористов. Арестом Дзержинского они открыто противопоставили себя Советскому правительству. Вскоре мятежники арестовали М. Я. Лациса, назначенного во время ареста Дзержинского исполняющим обязанности председателя ВЧК, председателя Московского Совета П. Г. Смидовича и других большевиков.
Командир отряда ВЧК левый эсер Д. И. Попов отдал приказ занять обширный район Москвы между Курским вокзалом и Варварской площадью (ныне площадь Ногина). На улицы он выслал патрули, которые задерживали автомобили, арестовывали коммунистов. На Бульварном кольце мятежники начали рыть окопы, выставили заставы с пулеметами. Вечером левые эсеры захватили почтамт и телеграф и сразу же разослали по всей стране телеграммы, в которых объявляли себя правящей партией. Одновременно они выпустили воззвания с призывом к трудящимся встать на защиту Советской власти и социальной революции, подняться на восстание против международного империализма. Партия, выступившая против политики мира, одобренной съездом Советов, фарисейски клялась в верности Советской власти. В казармы были посланы агитаторы, чтобы привлечь красноармейцев на сторону восставших. Численность мятежников в ночь на 7 июля составляла около 1800 человек. Они имели на вооружении 6–8 орудий, 4 броневика.
Советское правительство, узнав о мятеже, немедленно приняло меры к организации его разгрома. Общее руководство ликвидацией мятежа осуществлял Ленин. Он распорядился задержать и обезоружить в Большом театре фракцию левых эсеров – делегатов V съезда Советов – во главе с их лидером М. А. Спиридоновой. Были приведены в боевую готовность воинские части. Военными руководителями операции по подавлению восстания Совнарком назначил председателя Высшей военной инспекции Н. И. Подвойского и командующего Московским военным округом Н. И. Муралова. Латышскими частями, участвовавшими в ликвидации мятежа, командовал И. И. Вацетис.
На рассвете 7 июля советские войска начали наступление по Бульварному кольцу и набережной Москвы-реки на позиции мятежников в районе Яузского и Покровского бульваров. Утром они освободили почтамт и телеграф, заняли Покровские казармы. Начался штурм штаба отряда мятежников, для чего пришлось применить артиллерию. После первых залпов восставшие стали разбегаться. В первом часу дня мятеж был подавлен, Дзержинский и другие находившиеся под арестом большевики вышли на свободу. В плен было захвачено около 300 мятежников. Вечером 7 июля ВЧК принял постановление о расстреле 13 участников мятежа, в том числе В. А. Александровича.