На фронте сложилась ситуация, когда попытки командиров заставить роты и батальоны покинуть обжитые вагоны оканчивались неудачей. К Вацетису, как к командующему фронтом, шли донесения о неповиновении красноармейцев в таких случаях и «их нежелании перейти к полевым методам ведения боя». Требовалось срочно покончить с таким пагубным явлением. 3 августа И. И. Вацетис отправляет в войска следующую телеграмму:
«Из поступающих сведений ясно, что войска все еще проживают в эшелонах и не производят занятия по боевой подготовке. Приказываю – всех выселить из вагонов и производить усиленные занятия по боевой подготовке».
Несмотря на все усилия командующего Восточным фронтом, удержать Симбирск красные войска не смогли: 1-я армия М. Н. Тухачевского от города отступила, не ввязываясь в борьбу за него.
Затем последовала казанская катастрофа. Белые войска подступили к городу, в котором находился штаб командующего фронтом, 6 августа. Сербский интернациональный отряд (батальон) перешел на сторону противника, после чего гарнизон охватила паника. Из Казани бежали Казанский социалистический батальон моряков, Курский броневой отряд и другие части. Всю тяжесть боя за город принял на себя 5-й Земгальский латышский стрелковый полк, понесший огромные потери.
В Казани «контрреволюции досталась половина золотого запаса Республики в сумме 651,5 млн рублей золотом и 100 млн рублей кредитными билетами». Эти ценности в недалеком времени окажутся в знаменитом «золотом эшелоне» адмирала Колчака.
Самому Вацетису с несколькими красными латышскими стрелками удалось вырваться из окруженной Казани у станции Высокая Гора. Он не без труда добрался до города Арзамаса, где снова взял в свои руки управление силами фронта. Под его умелым руководством 10 сентября была возвращена Казань, а 12 сентября отбит Ульяновск.
2 сентября 1918 года постановлением ВЦИК был учрежден Реввоенсовет Республики, председателем которого был назначен Л. Д. Троцкий. Через четыре дня, 6 сентября, по инициативе В. И. Ленина, Иоаким Иоакимович Вацетис был назначен на должность Главнокомандующего всеми вооруженными силами Российской Республики.
Вацетис вводится в состав Реввоенсовета Республики с правом решающего голоса. Он получил полную самостоятельность во всех вопросах оперативно-стратегического характера. За свои действия нес ответственность только перед Реввоенсоветом Республики. Давать указания ему могли только ВЦИК, Совнарком РСФСР и все тот же Реввоенсовет, то есть лично Троцкий.
Исследователи пришли к выводу, что на этом посту И. И. Вацетис каких-либо разногласий с В. И. Ульяновым (Лениным) не имел. Отношения с Троцким характеризовались полным взаимопониманием по основным проблемам военного строительства, то есть создания массовой Красной армии, руководства вооруженной борьбой и ходом Гражданской войной на всех ее фронтах.
Но иногда отношения между двумя личностями, стоящими во главе военной части Красного дела, накалялись до предела. Впервые, а этот факт для отечественной истории малоизвестен, такое проявилось еще весной 1918 года. Тогда латышские стрелки, дивизией которых командовал Вацетис, открыто не одобрили назначение Л. Д. Троцкого народным комиссаром по военным делам. Потом последовал уже открытый конфликт.
Перед первым в истории Красной армии первомайском параде латышские стрелки потребовали, чтобы парад принимал председатель Совнаркома В. И. Ленин. Когда в день 1 мая они узнали, что на парад приехал нарком по военным делам, и не желая отдавать ему воинские почести, 4-й и 9-й латышские стрелковые полки демонстративно, под музыку полковых оркестров покинули Ходынское поле. Разумеется, самолюбивый Лев Давыдович такого публичного оскорбления забыть не мог.
На должности Главнокомандующего И. И. Вацетис продолжал демонстрировать самым высоким лицам Республики свой независимый характер. Люди, работавшие рядом с ним, вспоминали: «Обычно Главком… старался обходиться без советников, как в штабе, так и на заседаниях Реввоенсовета, упорно добивался проведения в жизнь своих решений».
Вацетис поражал окружающих своей работоспособностью. В семь утра он уже читал сводки с фронтов. Работал в огромном кабинете вместе со своим начальником штаба и членами Реввоенсовета. Вопросами стратегии занимался лично, сам писал директивы командующим фронтам. Разрабатывал планы операций тех фронтов, где их командующие «не оказывались на высоте своего призвания».