И опять же в тот день председатель Реввоенсовета Республики Троцкий получил служебную телеграмму, которая потрясала не сколько своим содержанием, сколько подписями, стоявшими под ней. Телеграмму подписали: председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский, член Политбюро ЦК РКП(б) Н. Н. Крестинский, председатель Совнаркома РСФСР В. И. Ленин (Ульянов) и заместитель председателя Реввоенсовета Республики Э. М. Склянский.
В телеграмме читалось: «Вполне изобличенный в предательстве и сознавшийся Доможиров дал фактические показания в заговоре, в котором принимал деятельное участие Исаев, состоявший для поручений при Главкоме и живший с ним в одной квартире. Много других улик, ряд данных, изобличающих Главкома в том, что он знал об этом заговоре. Пришлось подвергнуть аресту Главкома».
Но это было еще не все. 8 июня 1919 года председатель Совнаркома подписал постановление об освобождении И. И. Вацетиса от должности Главнокомандующего всеми Вооруженными Силами Республики. Этим же постановлением на освободившийся ответственнейший пост назначался командующий Восточным фронтом С. С. Каменев.
Иоаким Иоакимович «коротал время» в тюремной камере. Следователи его не тревожили, на допросы не вызывали. Он имел право писать (ему выдали бумагу и карандаш) и читать газеты.
Наконец в одной из них Вацетис нашел то, в чем он обвинялся, хотя никакого официального обвинения ему не зачитывали. В «Известиях ВЦИК» была опубликована статья начальника Политического управления Реввоенсовета Республики И. Т. Смилги, который писал, что причиной смещения Вацетиса с поста Главкома послужили его несогласия с командующим Восточным фронтом о характере дальнейших операций на востоке страны. Опровергнуть такое обвинение бывший Главнокомандующий, разумеется, не мог.
Предварительное следствие причастность Вацетиса к белогвардейской организации установить не смогло, равно как не удалось установить сам факт вражеского заговора в Полевом штабе Реввоенсовета Республики. Дело передали на рассмотрение ВЦИК, который 7 октября 1919 года принял следующее постановление:
«Поведение бывшего главкома, как оно выяснилось из данных следствия, рисует его как крайне неуравновешенного, неразборчивого в своих связях, несмотря на свое положение. С несомненностью выясняется, что около главкома находились моменты, его компрометирующие. Но, принимая во внимание, что нет оснований подозревать бывшего главкома в непосредственной контрреволюционной деятельности, а также принимая во внимание бесспорно крупные заслуги его в прошлом, дело прекратить и передать Вацетиса в распоряжение Военного ведомства».
Вацетис был освобожден 13 октября 1919 года. Он просидел в тюремной камере долгие для него 97 дней, будучи в полном неведении того, как решается его судьба.
Через месяц полную амнистию получили «заговорщики» Доможиров и Исаев. Их, как военнослужащих, направили в распоряжение Полевого штаба Реввоенсовета Республики, где они до этого трудились.
После освобождения из-под ареста И. И. Вацетис «состоял в распоряжении Наркомата по военным и морским делам». Через девять месяцев, то есть в 1920 году, работа ему нашлась в стенах Военной академии РККА (с 1925 года Военная академия имени М. В. Фрунзе). Теоретическая и практическая база имелась за его плечами выше всяких похвал. Он читал курс лекций по истории Первой мировой войны, был старшим преподавателем по тактике, состоял для особо важных поручений при Реввоенсовете СССР… Работы для него находилось много. Те, кто слушал его лекции, отзывались о редком по знаниям преподавателе самыми добрыми словами.
Иоаким Иоакимович «окунулся» в научно-исследовательскую работу. Писал много и часто публиковался. Участвовал в дискуссиях по проблемам войны и мира. Подготовил уникальный по своей значимости труд «Что такое военная доктрина будущего». Работу над ним он закончил к сентябрю 1921 года.
Против публикации «спорного» труда опального главкома выступил начальник Политического управления Реввоенсовета С. И. Гусев (Драбкин). Он написал отрицательный отзыв на «сомнительную» рукопись начальнику Военной академии РККА М. Н. Тухачевскому. Книга вышла в свет только в 1923 году, после вмешательства в ее судьбу Троцкого. Реакция на содержание труда, разумеется, была неоднозначной. Но именно этого, думается, и добивался автор, большой специалист в области стратегии.
Заслуги Вацетиса в военно-научной и преподавательской деятельности смотрелись несомненными и высокими. В 1927 году ему присваивается звание «профессор высших военно-учебных заведений РККА». В следующем году в честь 10-летнего юбилея Красной армии за «заслуги в руководстве и личном участии в боевых операциях» получает свой первый орден – Красного Знамени. В 1934 году за преподавательскую деятельность награждается вторым орденом – Красной Звезды. В 1935 году ему присваивается звание командарма 2-го ранга.