Несколько месяцев Камоэнс провел на земле Камбоджи, куда его вынесли волны. Но ничто не радует его — ни радушный народ, ни плодородные поля и красивые города. Все труднее ему преодолевать чувство тоски по родине, куда, освободившись от контракта, он стремился всей душой. К этому добавлялась обида за «несправедливое гонение, жертвою которого он стал», и за что предстояло еще держать ответ. Его терзает раскаяние, что когда-то он осмелился поднять глаза на «королевскую орлицу» — инфанту, которой, конечно, недостоин бедняк поэт. Удручает его и неблагодарность соотечественников, чью славу он воспевает. Но и в поэзии трудно найти ему удовлетворение — «к чему мне петь, когда отечество, единственной страстью которого является золото, меня не слышит…»
Как удалось Камоэнсу добраться до Малакки, неизвестно. Видимо, он нанялся на какой-нибудь португальский парусник, предложив свои услуги солдата, поскольку на торговых судах всегда находился хорошо вооруженный гарнизон для защиты от пиратов.
В начале лета 1561 года Камоэнс возвратился в Гоа, где его тут же заключили в тюрьму. Лишь спустя несколько месяцев удалось доказать, что поэт стал жертвой подлого наговора, и его освободили.
Выйдя из тюрьмы, Камоэнс продолжил работу над поэмой. Готовые песни читал друзьям, советовался. Особенно ценную информацию он получал от Гаспара Коррейа, знаменитого автора книги «Легенды Индии», хорошо осведомленного о проникновении португальцев в Азию. Он внес некоторые уточнения в сочинение Камоэнса. Другим, кто оказал помощь автору, был не менее известный хронист Диогу де Коуту. Вообще, надо сказать, что Камоэнс был знаком со многими выдающимися людьми своей эпохи. Не говоря о высоких чиновниках, мореходах и военачальниках, с которыми судьба сводила поэта, он постоянно общался с собратьями по перу: с Антониу Феррейрой, Педру да Кошта Перестрелу, Франсишку де Морайш, с гуманистом Дамьяном де Гаишем — ученым европейской известности, другом Эразма Роттердамского. Особая дружба во время жизни в Гоа связывала поэта с выдающимся ботаником и медиком Гарсиа да Орта, которому Камоэнс помог издать его книгу «О блюдах и плодах Индии». Дело это, как ни странно, было нелегкое. В Гоа царили нетерпимость и религиозный фанатизм. Обстановка особенно накалилась, когда в 1561 году был учрежден трибунал инквизиции и вскоре церковь послала в огонь свою первую жертву, бакалавра медицины Жеронимуша Диаша. С этих пор аутодафе в Гоа (отличавшиеся особым «великолепием» и беспримерной жестокостью) стали постоянными. Инквизиция преследовала и душила каждое живое слово, тем более научные труды, основанные на материалистических взглядах.
Книги, признанные еретическими, бросали в огонь нередко вместе с их авторами. В частных библиотеках и в книжных лавках устраивали обыски с тем, чтобы «выловить» запрещенные издания (к тому времени уже существовал «Индекс запрещенных книг», составленный инквизиторами по поручению папы Павла IV). Не избежит «чести» быть занесенным в «Индекс» и сам Камоэнс. Но это случится позже, спустя пять лет после смерти поэта. Его произведения, в которых «утверждались истины, противоречащие догмам католической церкви», подвергнутся гонению наряду с книгами писателей и поэтов Жоржи Феррейра де Васконселушта, Жиля Висенти, Гарсиа ди Резенди и других.
Не надеялся увидеть свой труд опубликованным и Гарсиа да Орта. Тогда Камоэнс обратился к вице-королю, которого хорошо знал, с просьбой предоставить ученому привилегию и издать его опус, на что и было получено разрешение.
Приблизительно в это же время пришло известие, что в Малакке убит выдающийся хронист Гаспар Коррейа. Он пал от руки наемного убийцы, подосланного, как считали, губернатором доном Эстеваном да Гамой, правнуком знаменитого мореплавателя. Поэт тяжело пережил смерть своего доброго советчика и друга. В Гоа погибли, умерли от болезней многие другие друзья Камоэнса. Он чувствовал себя одиноким, жизнь в «Золотом Гоа» ему опостылела. Тем более он понимал, что святая инквизиция не позволит напечатать его поэму И ни доходное место алькальда в Шауле, которую ему сулили, ни доброта и щедрость вице-короля — ничто не могло удержать его здесь.
Заняв двести крузадо у Педру Баррету Ролина, назначенного в Мозамбик, Камоэнс отплыл вместе с ним в Африку. Поэт надеялся, что окажется ближе к метрополии и что ему легче будет отсюда добраться до Лиссабона.
Однако, покинув Гоа и, казалось, избежав одного плена, поэт оказался в новом изгнании. Положение его здесь было ничуть не лучше. В суровом Мозамбике, как называет его поэт, если он и позавтракал, то не пообедал, а если удалось поужинать, то завтрака ждать было бесполезно, и он питался скудным подаянием, которое подавали ему из сострадания как милостыню, чтобы умирание его длилось как можно дольше.