Удалось отразить основной удар, но большие (насчитывающие сотни человек) группы украинских националистов по-прежнему находились в некоторых окрестных сёлах. После отступления нападающих в Пшебраже стекались толпы тех жителей, которые спаслись от нападения и укрылись в окрестных лесах. Для всех стало очевидно, что сражение на открытом поле не сулит ни малейших шансов, а единственной возможностью спасения является оборона Пшебраже.
Нападение в начале июля также подорвало боевой дух многих защитников, и в особенности гражданского населения. Говорили о невозможности удержать крепость и необходимости сдаться немцам.
Особое беспокойство у командования вызывал тот факт, что нападение 4–5 июля было делом рук одного крупного отряда УПА, а ведь вполне реально было то, что попытка будет повторена с использованием гораздо больших сил.
В дни, непосредственно последовавшие за нападением, Цибульский организовал рейды в окрестные сёла с целью оценки потерь, захоронения погибших и сбора разбежавшихся беженцев, которые ещё не успели добраться до Пшебраже. Положение в крепости было сложным — растущее с каждым днём население создавало проблемы с продовольствием, начинало не хватать боеприпасов, а сотрудничество с советскими партизанами было крайне затруднено из-за того, что немцы с всё большим недоверием посматривали на набиравшую силу самооборону Пшебраже. Однако июльское нападение позволило Цыбульскому выявить самые слабые места обороны и принять соответствующие превентивные меры. Восточный фланг был укреплён сильнее за счёт южного, где доступ затрудняли обширные болота. Были усилены укрепления, а с помощью нелегальной торговли и различных связей были закуплены запасы немецких боеприпасов. Была создана лагерная оружейная мастерская. Были демонтированы и приведены в боевой порядок две пушки из брошенных обломков советских танков. Под прикрытием вооружённых отрядов самообороны проводилась уборка урожая на полях вокруг самого Пшебраже, а также на тех, что располагались возле сожжённых деревень — это был единственный способ предотвратить угрозу голода в 20-тысячном укреплённом поселении. 11 июля по всей Волыни произошла самая масштабная эскалация нападений на польские населённые пункты. По сути, значительная часть региона уже была полностью захвачена УПА, но известия об этом доходили до Пшебраже с большим опозданием.
Важным решением Цибульского было также размещение защитников Пшебраже в казармах, которые ранее действовали по принципу наполовину гражданского режима, то есть после дежурства или другого задания возвращались домой, имея приказ явиться только в случае тревоги. Это не позволяло быстро реагировать в случае нападения, поэтому было принято решение о размещении в казармах взводов на отдельных участках. Была также организована отдельная военная кухня. Была введена военная дисциплина с порядком сборов, отчётов и команд, благодаря чему «из отряда быстро исчезла атмосфера неорганизованной группы, в которой каждый, по сути, делает, что хочет, а все являются друг для друга приятелями и никем больше». В первой половине июля взводы уже насчитывали по 120 человек, и их статус был повышен до роты. Была введена программа обучения, включавшая строевую подготовку, тактику, обучение обращению с оружием и так далее. Интенсивно велись работы по укреплению позиций — в частности, вместо заграждений, окружавших саму деревню, был построен расположенный на большем расстоянии от неё гигантский круг периметром в два десятка километров. К счастью, в этот период визиты немцев уже стали более редкими — из-за растущих проблем Третьего рейха на фронте гитлеровская администрация уделяла всё меньше внимания полякам, защищавшимся от УПА. Большую роль здесь сыграл также гражданский лидер Людвик Малиновский, прекрасно знавший местные реалии и умевший различными методами добиваться того, чтобы немецкие власти закрывали глаза на то, что происходило в Пшебраже.
В июле 1943 года Цибульский принял решение организовать наступательную операцию на Тростянец — село, которое, как было известно, являлось центром УПА и откуда следовало ожидать возможного нападения. В экспедиции приняли участие триста вооружённых человек. Расположенный в селе гарнизон УПА был разгромлен. Цибульский, лично участвовавший в операции, говорит о нескольких десятках убитых противников, а Собесяк утверждает, что их было больше нескольких десятков. Также неясно, были ли изгнаны украинские мирные жители и сожжена часть деревни, или же их просто предупредили, чтобы они больше не укрывали боевиков УПА.419