Не е само безразличието, което поддържа този брой да бъде толкова малък. Бактериите са изключително трудни за изолиране и изучаване. Само около 1% растат в култури. Като се има предвид колко са необуздано адаптивни в природата, странен е фактът, че единственото място, в което не им се ще да живеят, е върху лабораторни панички. Пусни ги върху агар (хранителна среда за развъждане на бактерии) и колкото и да им се угажда, повечето просто ще лежат там, като отблъскват всеки стимул за растеж. Всяка бактерия, която вирее в лаборатория, е по дефиниция необикновена, но въпреки това именно такива били организмите, почти изключително изучавани от микробиолозите. Било, както Уоуз казва, „като да изучаваш животните от посещения в зоопарка.“
Гените обаче позволили на Уоуз да разглежда микроорганизмите под друг ъгъл. Докато работел, Уоуз осъзнал, че има по-фундаментални разделения в микробния свят, отколкото се подозирало. Много организми, които изглеждали като бактерии и се държали като бактерии, всъщност били нещо друго — нещо, което се било разклонило от бактерията преди много време. Уоуз нарекъл тези организми archaebacteria, а по-късно започнало да се използва съкратеното archaea.
Казва се, че качествата, които различават archaea от бактериите, не са такива, че да ускорят пулса на някой, освен на биолог. Повечето от разликите са в липидите им и в липсата на нещо, наречено peptidoglycan. Но на практика разликата е огромна. Archaea са по-различни от бактериите, отколкото вие и аз се различаваме от рака и паяка. Без чужда помощ Уоуз бил открил неподозиран клон на живота, толкова фундаментален, че стоял над нивото на царството, в апогея на Универсалното дърво на живота, както почтително се нарича.
През 1976 г. Уоуз удивил света — или малката част от него, която обръщала внимание, като преначертал Дървото на живота, така че то да не включва само пет главни клона, а двайсет и три. Тях той групирал в три нови основни категории — Bacteria (бактерии), Archaea (архибактерии) и Eukarya (еукариоти), които наричал царства.
Новите клонове на Уоуз не били бурно приветствани от целия свят. Някои ги отхвърлили, тъй като твърде много клонели към микробното. Други просто ги игнорирали. Уоуз, според Франсиз Ашкрофт „се почувствал горчиво разочарован.“ Но бавно новата схема започнала да се приема от микробиолозите. Ботаниците и зоолозите обаче твърде бавно започнали да признават предимствата й. Не е трудно да се види защо. При модела на Уоуз световете на ботаниката и зоологията са сведени до няколко вейки на най-външния клон на ствола на еукариотите. Всичко останало принадлежало на едноклетъчните същества.
„Тези люде са били научени да класифицират по отношение на големи морфологични сходства и разлики“ — казал Уоуз на интервюиращия го през 1996 г. „Идеята това да се прави по отношение на молекулярните последователности е малко трудна за възприемане за тях.“ Накратко, ако те не можели да видят разликата със собствените си очи, не я харесвали. Така че продължили с традиционните пет клона на деление — деление, което Уоуз наричал „не особено удачно“ в по-кротките си моменти и „положително объркващо“ в повечето случаи. „Биологията, като физиката преди това“ — пише Уоуз — „е стигнала нивото, където обектите на интерес и техните взаимоотношения често не могат да бъдат възприемани чрез пряко наблюдение.“
През 1998 г. великият и престарял зоолог от Харвард Ернст Маир (който тогава бил на 94 години и сега, когато пиша, е все още активен) разбуни още духовете, като заяви, че трябва да има само две основни деления на живота — „империи“, както ги нарича той. В материал, публикуван в Бюлетин на Националната академия на науките, Маир казал, че откритието на Уоуз било интересно, но в крайна сметка погрешно, като отбелязал, че „Уоуз нямал образование на биолог и естествено не е добре запознат с принципите на класификация“, което навярно почти означава един изтъкнат учен да казва за друг, че той не знае какво говори.
Спецификата на критиките от страна на Маир са твърде технически, за да им бъде отделено място тук — свързани са с меотична сексуалност, хенигианска кладистика и спорни интерпретации на генома на Methanobacterium thermoautrophicum, освен с много други проблеми — но в основни линии той твърди, че подредбата на Уоуз води до неравновесие в Дървото на живота. Бактериалното царство, отбелязва Маир, се състои от не повече от няколко хиляди вида, а това на архибактериите има само 175 назовани екземпляри, с навярно още няколко хиляди, които ще бъдат открити — „но едва ли повече от това“. За разлика от тях, царството на еукариотите, т.е. сложните организми с клетки с ядра като нас, наброяват вече милиони. Заради „принципа на баланс“ Маир е за комбинирането на простите бактериални организми в една категория — Prokaryota, а по-сложната и „по-еволюиралата“ останала част да бъде сложена в империята Eukaryota, която да бъде равнопоставена. Или, казано по друг начин, изказва доводи нещата да бъдат оставени така, както са. Това разделяне между прости клетки и сложни клетки „е най-голямото разделение в живия свят.“