Щяхме да имаме много повече успех с бактериите, ако не бяхме толкова разточителни с най-доброто ни оръжие срещу тях: антибиотиците. Удивително е, но според едни изчисления около 70% от антибиотиците, използвани в развития свят, се дават на селскостопански животни, често рутинно в храната им, само за да се усили растежът им или като предпазна мярка срещу инфекции. Такава употреба дава възможност на бактериите да развият резистентност към тях. Това е възможност, която те с ентусиазъм използват.
През 1952 г. пеницилинът бил напълно ефективен срещу всички щамове на стафилококовите бактерии — до такава степен, че до началото на 1960-те главният епидемиолог на САЩ Уилям Стюърт бил достатъчно уверен, за да заяви: „Дошло е времето да сложим край на инфекциозните болести. В основни линии сме унищожили инфекциите в Съединените Щати.“ Още докато говорел обаче, 90% от тези щамове били в процес на развитие на имунитет към пеницилина. Скоро един от тези нови щамове, наречен Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus, започнал да се появява в болниците. Само един тип антибиотик, vancomycin, запазил ефективността си срещу него, но през 1997 г. една болница в Токио съобщила за появата на щам, който бил устойчив и към него. За няколко месеца този щам се разпространил в шест други японски болници. Навсякъде микробите започват отново да печелят войната: само в болниците на САЩ около 14 хиляди души годишно умират от инфекции, от които са се заразили в тях. Както отбелязва Джеймс Суровиетски, ако има избор между това да се разработят антибиотици, които болните ще взимат ежедневно в продължение на две седмици или антидепресанти, които хората ще взимат всеки ден завинаги, не е изненадващо, че производителите на лекарства избират последното. Въпреки че няколко антибиотика са били малко подобрени, фармацевтичната индустрия не е открила съвсем нов антибиотик от 1970-те.
Нехайството ни е още по-тревожно, като се има предвид откритието, че много други заболявания може би са бактериални по произход. Това откритие започнало през 1983 г., когато Бари Маршъл, лекар в Пърт, Западна Австралия, установил, че много видове рак на стомаха и повечето стомашни язви се причиняват от бактерията, наречена Helicobacter pylori. Въпреки че откритията му били лесни за тестване, идеята му била толкова радикална, че повече от десетилетие минало, преди да стане общоприета. Например Американските национални институти по здравеопазване официално признали идеята чак през 1994 г. „Стотици, дори хиляди хора вероятно са умрели от язва, а е можело това да не стане“ — казал Маршъл на репортер от Форбс през 1999 г.
Оттогава изследванията показват, че има или може би има бактериален компонент в много други видове заболявания — сърдечни болести, астма, артрит, множествена склероза, няколко вида умствени заболявания, много разновидности на рака, дори, както бе предположено в Съйънс, затлъстяването. Може да не е далече денят, когато отчаяно ще се нуждаем от антибиотик и няма да имаме такъв.
Може да бъде известна утеха за нас да знаем, че самите бактерии могат да се разболяват. Понякога те се заразяват от бактериофаги (или просто фаги), тип вирус. Вирусът е странно и неприятно нещо — „парче нуклеинова киселина, заобиколена от лоши новини“, според незабравимата фраза на нобеловия лауреат Питър Медауор. По-малки и по-прости от бактерията, самите вируси не са живи. Когато са изолирани, те са инертни и безвредни. Но попаднат ли в подходящ гостоприемник, изведнъж стават активни — оживяват. Известни са около пет хиляди вида вируси и те ни носят стотици болести, като се почне от грипа и настинката и се стигне до най-неприятните за състоянието на човека: едра шарка, бяс, жълта треска, ебола, полиомелит, имунна недостатъчност (СПИН).
Вирусите виреят, като извършват покушение над генетичния материал на жива клетка и я използват, за да произвеждат повече вируси. Размножават се по фанатичен начин, след това се втурват да търсят още клетки за инвазия. Тъй като самите те не са живи организми, могат да си позволят да са прости. Много от тях, включително HIV, имат десет или по-малко гени, докато и най-малките бактерии се нуждаят от няколко хиляди. Те са и много малки — твърде малки, за да бъдат забелязани с конвенционален микроскоп. Едва през 1943 г., с изобретяването на електронния микроскоп, науката за първи път е могла да ги види. Но те могат да нанасят огромни щети. Едрата шарка само през двайсети век е убила приблизително 300 милиона души.
Те също така притежават смущаващото качество да връхлетяват света под някоя нова и изумителна форма, и след това да изчезват така бързо, както са дошли. През 1916 г. при един такъв случай хората в Европа и Америка бивали повалени от странна сънна болест, която станала известна като encephalitis lethargica. Жертвите заспивали и не се събуждали. Можели да бъдат събуждани без много усилия, за да се нахранят или да отидат до тоалетната, и отговаряли на въпроси разумно — знаели, кои са и къде се намират — въпреки че винаги били апатични.