Линей нарекъл един род растения Clitoria. Не е изненадващо, че много хора го смятали за странен. Но системата му на класификация била необорима. Преди Линей на растенията им били давани имена, които били разточително описателни. Обикновената череша се наричала Physalis amno ramosissime ramis angulosis glabris foliis dentoserratis. Линей я окастрил до Physalis angulata и това име се използва и днес. Един ботаник не можел да бъде сигурен дали Rosa sylvestris alba cum rubore, folio glabro било същото растение, което другите наричали Rosa sylvestris inodora seu canina. Линей разрешил загадката, като я нарекъл просто Rosa canina. За да направи тези изрази полезни и приемливи, било нужно нещо повече от това да си просто решителен. Нужен бил инстинкт — всъщност гений — за да се забележат очебийните качества на видовете.
Системата на Линей е толкова утвърдена, че трудно можем да си представим някоя друга, но преди Линей класификационните системи били често доста причудливи. Животните можели да бъдат категоризирани според това дали били диви или домашни, сухоземни или водни, големи или малки, дори дали били смятани за красиви и знатни или маловажни. Бюфон класифицирал животните според полезността им за човека. Анатомичните фактори почти не били взимани под внимание. Линей посветил професионалната си кариера в поправяне на този недостатък, като класифицирал живите форми според физическите им черти. Таксономията — т.е. науката за класификациите — никога не погледнала назад.
Разбира се, всичко това отнело време. Първото издание на великата му Systema Naturae през 1735 г. била дебела само 14 страници. Но ставала все по-голяма и по-голяма, докато дванайсетото издание — последното, което Линей видял приживе — се увеличило на 3 тома и 2300 страници. Накрая наименувал или класифицирал 13 000 вида растения и животни. Други трудове били по-пълни — трите тома на Джон Рей Historia Generalis Plantarum в Англия, завършен около 30 години по-рано, обхващал не по-малко от 18 625 вида само от растенията — но това, което Линей прилагал и никой друг не можел да достигне, било последователност, ред, простота или своевременност. Макар че трудът му датира от 1730-те, станал известен в Англия чак през 1760-те, точно навреме, за да направи Линей баща на британските природоизследователи. Едва ли другаде системата му е била възприета с толкова голям ентусиазъм (ето защо Общество на Линей било основано първо в Лондон, а не Стокхолм).
Линей не бил безгрешен. Включвал митични зверове и „чудовищни човеци“, чиито описания доверчиво приемал от моряци и други пътешественици, имащи въображение. Сред въображаемите същества били един дивак Homo ferus, който ходел на четири крака и не бил още усвоил изкуството на говора, и Homo caudatus — „човек с опашка“. Но не трябва да забравяме, че тогава векът като цяло бил по-лековерен. Дори великият Джоузеф Банкс проявил ревностен интерес, като повярвал на серия съобщения, че в края на осемнайсети век били забелязани русалки недалече от шотландското крайбрежие. В повечето случаи обаче пропуските на Линей били компенсирани с добра и често гениална систематика. Наред с други постижения забелязал, че китовете принадлежали заедно с кравите, мишките и някои доста разпространени сухоземни животни към разред Quadropedia (по-късно променен на Mammalia), което никой не бил направил преди това.
В началото Линей възнамерявал да даде на всяко растение само родово име и номер — Convolvulus 1, Convolvulus 2 и т.н. — но скоро осъзнал, че това не било задоволително и се спрял на биномно (двучленно) подреждане, което е останало в същината на системата и до днес. Намеренията му първоначално били да се използва биномната система за всичко — скали, минерали, болести, ветрове, всичко, което съществувало в природата. Не всички приели системата на драго сърце. Много били обезпокоени от тенденцията й към неделикатност, което е малко иронично, тъй като преди Линей обикновените имена на много растения и животни били направо вулгарни. Глухарчето дълго време носело популярното име „пикльо“ поради предполагаемите му диуретични качества, а други имена, които били използвани в ежедневието, били „кобилешка пръдня“, „голи дами“, „увиснали мъде“, „кучешка пикня“, „разтворен задник“ и „бърши-дупе“. Едно-две от тези земни наименования може и да са останали непреднамерено в английския и досега. „Моминска“ в името на мъха „моминска коса“ например не се отнася за косата върху моминската глава. Във всеки случай, от дълго време се смятало, че естествените науки щели да бъдат значително облагородени с доза класическо преименуване, така че имало известна тревога, когато самозваният Принц на ботаниците бил осеял текстовете си с такива наименования като Clitoria, Fornicata, и Vulva.