Иронията е, че като се има предвид, че Дарвин нарекъл книгата си Произход на видовете, единственото нещо, което не успял да обясни, е как са възникнали видовете. Дарвиновата теория предлагала механизъм как те могат да стават по-силни или по-добри, или по-бързи — с една дума по-приспособени — но не казвала как би могло да се създадат нови видове. Шотландски инженер на име Флеминг Дженкин разгледал проблема и отбелязал един важен пропуск в дарвиновите аргументи. Дарвин смятал, че всеки полезен белег, който се появял при едно поколение, ще бъде предаден на следващото поколение, като по този начин се подобрят видовете.
Дженкин изтъкнал, че положителен белег при един родител няма да стане по-важен в следващото поколение, а фактически ще бъде отслабен чрез смесването. Ако изсипем уиски в чаша вода, уискито не става по-силно, а по-слабо. И ако се изсипе тази разредена смес в друга чаша вода, ще стане още по-слабо. По същия начин всеки положителен белег, носен от единия родител, ще бъде успешно разреждан от последващите родители, докато престане въобще да бъде видим. Така че теорията на Дарвин не била рецепта за промяна, а за непроменливост. Щастливи случайности можели да възникват от време на време, но скоро изчезвали под общия стремеж всичко да бъде върнато към стабилна посредственост. За да може да действа естественият подбор, бил нужен някакъв алтернативен, неизвестен механизъм.
Без да знае Дарвин или който и да е друг, на разстояние от 1300 километра в едно спокойно кътче на Средна Европа, саможив монах на име Грегор Мендел работел върху разрешаването на проблема.
Мендел е роден през 1822 г. в обикновено семейство на фермери, в едно затънтено място на Австрийската империя, което днес е в Чешката република. Някога учебниците го описвали като скромен, но наблюдателен провинциален монах, чийто открития били до голяма степен случайност — резултат от това, че забелязал интересни наследствени белези, докато се занимавал с грахови растения в градината към кухнята на манастира. Всъщност Мендел бил учен — изучавал физика и математика във Философския институт на Олмюц и във Виенския университет, и подхождал научно към всичко, с което се занимавал. Нещо повече, манастирът в Бърно, където живеел от 1843 г., бил известен като научно заведение. Имал библиотека с 20 000 книги и традиция на задълбочени научни изследвания.
Преди да се заеме с експериментите си, Мендел прекарал две години в подготовка на контролните си екземпляри — седем разновидности на грах, за да бъде сигурен, че се размножават, както трябва. След това с помощта на двама асистенти на постоянна работа той кръстосвал хибриди от 30 000 грахови растения. Работата била деликатна, изисквала изключително внимание, за да се предотврати случайно кръстосване, и трябвало да се отбелязват както най-малкото изменение при растежа, така и появата на семената, семенника, листата, стъблата и цветчетата. Мендел знаел какво прави.
Никога не е използвал думата „ген“ — която се появила чак през 1913 г. в един английски медицински речник — макар че той създава термините доминантен и рецесивен. Това, което открил, е, че всяко семе съдържа два „фактора“ или „елементи“, както ги наричал — един доминантен и един рецесивен — и когато тези фактори се кръстосат, се получават предсказуеми закономерности при унаследяване на белезите.
Мендел превърнал резултатите в точни математически формули. Като цяло той прекарал осем години в провеждане на експериментите, след това потвърдил резултатите си с подобни експерименти с цветя, житни и други растения. Ако не друго, Мендел имал твърде научен подход, тъй като, когато през 1865 г. представил откритията си на февруарското и мартенското заседание на Дружеството по естествена история в Бърно, публиката, която се състояла от четирийсет души, слушала учтиво, но видимо не била впечатлена, въпреки че развъждането на растения била материя от голям практически интерес за много от членовете.
Когато докладът на Мендел бил публикуван, той с нетърпение го изпратил на големия швейцарски ботаник Карл-Вилхелм фон Негели, чиято подкрепа повече или по-малко била жизненоважна за бъдещето на теорията. За жалост, Негели пропуснал да види значимостта на това, което Мендел бил открил. Посъветвал Мендел да опита да развъжда растението миши уши. Мендел покорно сторил, каквото Негели му бил казал, но бързо осъзнал, че растението миши уши не притежавало нужните качества за изучаване на наследствеността. Станало му ясно, че Негели не бил прочел внимателно или навярно въобще не прочел доклада му. Обезсърчен, Мендел се отказал от изследване на наследствеността и прекарал остатъка от живота си в отглеждане на изключителни растения и изучаване на пчелите, мишките и слънчевите петна, наред с много други неща. Накрая бил произведен в абат.