Но во флоте подобные выдающиеся безобразия представляли исключения; а были случаи, когда целые ведомства за злоупотребления подвергались строгим публичным осуждениям и взысканиям. Так например, после заключения Тильзитского мира, в одном указе, относящемся к двум частям того же ведомства, объявлялось, что «усердие и рвение к пользе службы (управляющих этими частями) не могли иметь успеха, ибо большая часть чиновников, имеющих в виду обогащение свое из сумм, им вверяемых, полагали тому непреодолимые препоны… Многие открываются деяния их, коими долг чести и присяги совсем нарушен. Столь гнусные поступки возбудили справедливое негодование наше». Затем объявлялось достойно заслуженное этими частями наказание. В другом ведомстве вновь назначенный главный начальник, при первом представлении своих подчиненных, обратился к ним со словами: «Господа, в вашем ведомстве тьма беспорядков, хищничества; я не прежде надену ваш мундир, пока вы не очистите его лучшими поступками. Постараюсь вас понудить к тому сильными мерами».
Фронтовая служба в начале ее введения не пользовалась во флоте симпатией и, кроме гвардейского, почти во всех прочих экипажах находилась в весьма неудовлетворительном состоянии, хотя начальство настоятельно требовало усердного занятия ею и иногда прибегало к весьма строгим мерам, например, в 1811 году капитан-лейтенант Пыхачев был отрешен от командования экипажем и назначен в другом экипаже исполнять должность лейтенанта «за уклонение от обязанностей присутствовать при фронтовом учении». Переводом в ластовые и рабочие экипажи старых хороших мастеров, неспособных для фронта, и заменой их рекрутами команды были ослаблены в морском отношении и при небрежном обучении фронтовой службе немного выиграли в строевой.
Об исполнении моряками караульной службы передавались рассказы маловероятные для нынешнего времени, но видимо взятые из действительной жизни. По неимению у многих офицеров собственных мундиров, они в караул вступали в сюртуках и уже в караульном доме надевали общий для всех казенный мундир. Относительно такого порядка сохранилась следующая легенда: в ожидании посещения Кронштадта каким-то важным лицом, комендант, осматривающий гауптвахты, на одной из них нашел офицера такого маленького роста, что длинные рукава мундира мешали ему салютовать саблей. Для устранения такого непорядка, от коменданта к экипажному командиру этого офицера немедленно последовало официальное отношение о назначении на эту гауптвахту другого офицера «сообразно мундиру».
В делопроизводстве господствовала продолжительнейшая, часто бесцельная переписка, разраставшаяся до чудовищных размеров, так что производство дела о каком-нибудь ничтожнейшем предмете требовало столько бумаги, что ценность ее далеко превосходила стоимость самого предмета, не говоря уже о времени, потраченном служащими на переписку. Казенные подряды производились в таком порядке, который составлен был как будто умышленно с целью покровительства злоупотреблениям. Медленность в разрешении подрядных работ была такова, что, например, в магазинах Новой Голландии, здания, находящегося почти в центре Петербурга, каменные и кровельные работы производились в октябре и ноябре месяцах, при наступивших морозах.
Распределение предметов занятий по экспедициям до того не соответствовало действительным потребностям, что, по мнению людей, близко знакомых с делом, экспедиции казначейская и контрольная были совершенно лишние, потому что занятия их могли быть без затруднения распределены между другими учреждениями. Недостаточное жалованье таким чиновникам, которым доверялись казенные материалы и припасы на большие суммы, делало организованное казнокрадство почти неизбежным.
В Кронштадтском порте, где порядок, по близости столицы, должен бы быть лучше других, корабли, стоявшие в гавани, содержались крайне беспечно: внутри их на палубах, осенью и весной, стояли лужи дождевой воды и лежали груды грязи, по бортам образовались толстые слои плесени, и гнилой заразительный воздух держался в трюмах. Новые и старые корабли по году и по два стояли без конопачения, отчего пазы во время дождей наполнялись водой, которая, замерзая, раздирала их, а весной при таянии льда способствовала прелости и гнили. В случае приготовления корабля к плаванию, конопачение начиналось весной, когда мокрота в пазах не успела не только просохнуть, но даже оттаять, и сырость, плотно прикрытая конопаткой, оставалась и усиливала гниение. При таком порядке корабль, даже и прочно построенный из хорошего леса, простояв два-три года в Кронштадтской гавани, требовал таких исправлений, как будто он провел лет пять в плавании.
В 1810 году, когда при сформировании судовых команд в экипажи положено было, при возвращении судов из плавания, сдавать их в ведение порта, тогда в Кронштадте, а потом и в Николаеве, учреждены были «Директоры порта», на обязанность которых возлагалось «иметь особое попечение и внимание о хорошем содержании судов в гавани» и также об их вооружении и разоружении. Директору порта подчинялся капитан над портом и все служащие в порту. На деле оказалось, что это прибавочное начальство не принесло ожидаемой от него пользы. На вооружение и разоружение судов назначались поденно очередные флотские команды, не имевшие никакого отношения к кораблю, и матросы тащили с него все, что попадалось под руку: обрезки нарочно испорченной веревки, медные петли и замки от дверей и пр. За сохранением корабельного имущества наблюдал один корабельный шкипер, но ему не было никакой возможности усмотреть за всеми рабочими. Деятельность портовых чиновников и корабельных мастеров по части расхищения была гораздо шире и организована правильнее. Пользуясь множеством судов, приходивших в Кронштадт, они увольняли на них казенных мастеровых, и нужные материалы отпускали из порта. Это было так общеизвестно, что иностранные шкипера считали Кронштадт лучшим и дешевейшим портом для починки своих судов.