— Хочу сказать тебе, Боря, то, что ты сделал, — феноменально, — начал Путин своим монотонным голосом. — Никто тебе не верил, и я знаю, что ты болел, работал из больницы. Я не сентиментальный человек, поэтому то, что я сейчас скажу, значит немало. У меня нет брата. У тебя тоже. Знай, что теперь у тебя есть брат, Боря. Это говорю я, поэтому это не пустые слова.
На мгновение Борис потерял дар речи. Он не ожидал от Путина, контролирующего себя лучше всех, с кем он был знаком, такого эмоционального всплеска. Те редкие проявления эмоций, которые Борис за ним замечал, были всплесками агрессии. Теперь, когда Путин говорил от всего сердца, он побледнел, а его голос немного дрожал. На долю секунды Борис увидел ранимую душу, которая не может поверить в собственный успех.
— Спасибо, Володя. Ты должен знать, что я делал это не для тебя, а для всех нас и, прости и меня за мелодраму, для России. Теперь все взгляды устремлены на тебя. Ты победишь Примуса и Лужка и продолжишь то, что начал Борис Николаевич. Давай за это выпьем!»
В интервью 2010 года Гольдфарб со ссылкой на Березовского рассказал, что Путин стал главным разочарованием и ошибкой Бориса Абрамовича: «Когда его прижимают, он говорит: ну да, Примаков был бы, конечно, хуже. Но, в общем, он, конечно, лоханулся, скажем прямо. Он знает, что ошибся и что это была главная ошибка его жизни. Да, Примаков был бы хуже, но были и другие варианты. Суть-то не в том, кто хуже, а кто лучше. В результате получилось то же самое. Ошибка была психологическая. Они точно знали, что Примакова контролировать не удастся. На него где сядешь, там и слезешь, он это доказал не раз. У него была совершенно четкая позиция политическая, это фигура позднего советского застоя. А у Путина не было никакой своей политической философии, кроме той, что он был лоялен начальству. И они решили, что он будет им служить бесконечно и делать то, что они говорят. Но произошла известная метаморфоза: как только человек получает власть, он меняется. Тот Путин, которого они выбирали, — это совсем не тот Путин, которого они получили».
Опасаясь за свою жизнь, Литвиненко после последнего освобождения из-под стражи бежал в Турцию, а оттуда с помощью Березовского перебрался в Великобританию. Против Литвиненко было возбуждено еще одно уголовное дело. На нескольких пресс-конференциях он рассказывал о пяти неудавшихся покушениях на его жизнь, о компромате на высших государственных лиц, о тайных механизмах подготовки «чеченских» терактов, об обучении лидеров Аль-Каиды в учебных центрах ФСБ и многом другом. Что здесь правда, а что вымысел, достоверно неизвестно до сих пор. В мае-июне 2002 года Литвиненко заочно судили в России по обвинению в злоупотреблении служебным положением, похищении взрывчатых веществ, а также в незаконном приобретении и хранении огнестрельного оружия и боеприпасов и приговорили к 3,5 года лишения свободы условно с испытательным сроком в течение одного года. В мае 2001 года британское правительство предоставило Александру Литвиненко политическое убежище как жертве политических преследований на родине. В Англии он продолжал сотрудничать с Березовским, перешедшим в открытую оппозицию по отношению к Путину, и получал субсидии от основанного Борисом Абрамовичем Фонда гражданских свобод. В дальнейшем Литвиненко также сотрудничал с британскими и испанскими спецслужбами, поставляя им информацию о главарях российской организованной преступности, действующих на Западе, известную ему по прежней службе в ФСБ. Он неоднократно подчеркивал, что никаких государственных тайн британцам не выдал, поскольку во время службы в ФСБ «имел дело с внутренней преступностью». В июле 2002 года Литвиненко отказался давать показания о своих контактах с Ачимезом Гочияевым британским спецслужбам, которые хотели допросить его по просьбе ФСБ по поводу его связей с главным подозреваемым по делу о взрывах в России в 1999 году. В интервью Би-би-си Литвиненко сказал о том, что «готов… исполнить английский закон и явиться в правоохранительные органы Англии для дачи показаний». Но он хотел бы дать показания полиции, а не MI5, что Литвиненко, как бывший офицер российских спецслужб, считает «некорректным». Кроме того, его настораживало, что «информацию передадут российским спецслужбам».
Будучи в Великобритании, Литвиненко опубликовал книги «ФСБ взрывает Россию», написанную совместно с историком Юрием Фельштинским и содержащую обвинения против ФСБ в организации взрывов в Москве и Волгодонске в 1999 году, и ее продолжение — «ЛПГ — Лубянская преступная группировка», а также целый ряд статей. Следует подчеркнуть, что в своих публикациях Александр Вальтерович приводил как непроверенные, так и очевидно недостоверные сведения и не цитировал никаких документов, подтверждающих собственные утверждения. Так, Литвиненко утверждал, что вызвавшая международный скандал публикация в датской газете «Jyllands-Posten» карикатур на пророка Мухаммеда была тоже организована ФСБ. 19 октября 2006 года на одном из «круглых столов» Литвиненко заявил, будто Путин лично передавал угрозы Анне Политковской через российского политика Ирину Хакамаду, что последняя совершенно справедливо назвала полным бредом. Также Литвиненко утверждал, будто обладает сведениями о том, что «в течение нескольких лет ФСБ последовательно уничтожает доказательства, касающиеся взрывов жилых домов, и что информация об этом получена непосредственно от Ачимеза Гочияева, который «является по версии российских спецслужб руководителем террористической организации, которая совершила эти теракты [в Москве и Волгодонске]».