Правительство и администрация на Кипре следовали обычаям, принятым в королевстве Иерусалим, и законы, принятые в королевстве, были признаны действительными и на острове. Во главе стоял Высокий суд (От Кур); на острове, как и в королевстве Иерусалим, имелась канцелярия - Секрет, ведшая реестр и ведавшая финансами, во главе с чиновником (бальи Секрета). Папа поручил архидьяконам Латакии и Лидды организацию латинских диоцезов на Кипре. В Никосии было основано архиепископство во главе с Аленом, архидьяконом Лидды, и епископства - в Пафосе, Фамагусте и Лимасоле. Греческие епископы потеряли свои десятины с урожая и большую часть недвижимости. При организации армии на Кипре появились новые, по сравнению с королевством, должности - Великого туркопольера, командовавшего туркополами (легкой конницей), и Великого адмирала, командовавшего флотом.
Боэмунд III Заика, князь Антиохийский, не препятствовал завоеванию Салах ад-Дином своих замков в долине Оронта и не пытался защитить от него Латакию и Джабалу. Он удержал за собой только Антиохию и порт Сен-Симеон. Триполи, который получил во владение его младший сын Боэмунд, был спасен от мусульман прибытием сицилийского флота. Фридрих Швабский, пришедший в Антиохию с остатками войск Фридриха Барбароссы, ответил отказом на робкую просьбу Боэмунда повоевать на севере и ушел к Акре. Отношения с Конрадом Монферратским у Боэмунда III не сложились, последний, видимо, просто боялся своего сильного и неразборчивого в средствах соседа. Правитель Антиохии принял сторону Ги де Аузиньяна, вместе с ним посетил на Кипре Ричарда Львиное Сердце и принес ему присягу на верность. Еще большую угрозу для Боэмунда представлял его северный сосед - армянский князь Рубенид Лев II.
Отношения между соседями начинались хорошо. При вступлении на трон Лев был союзником Боэмунда, принес ему даже клятву верности и женился на племяннице княгини Сибиллы. Поссорили князей деньги, как это часто случается в жизни. Боэмунд взял в долг крупную сумму и не торопился возвращать. Когда Салах ад-Дин вторгся на территорию Антиохии, Лев сохранял благожелательный для Боэмунда нейтралитет. Однако, когда Салах ад-Дин взял и затем разрушил стратегически важную крепость тамплиеров Гастен (Баграс по-армянски), Лев немедленно восстановил ее и завладел ею. Боэмунд потребовал вернуть крепость тамплиерам, но Лев отказался. Боэмунд пожаловался на него Салах ад-Дину, но тот был слишком занят на юге, чтобы ему помочь. Осенью 1193 г. Лев пригласил Боэмунда в Баграс для обсуждения спорных вопросов, тот приехал вместе с княгиней Сибиллой и их общим сыном и был арестован. Лев объявил Боэмунду, что тот будет освобожден только тогда, когда признает ленное подчинение ему Антиохии. Под давлением княгини, надеявшейся, что в этом случае Антиохией с согласия Льва будет править ее собственный сын в обход пасынков, Боэмунд согласился. В Антиохию были отправлены антиохийский маршал Бартелеми и племянник Льва (со стороны жены) Хетум Сасунский с армянскими войсками.
Антиохийские бароны, в жилах многих из которых текла армянская кровь, признали Льва верховным сеньором и разрешили армянским войскам войти в Антиохию. Им был предоставлен княжеский дворец. Однако горожане, как ла-тинцы (итальянцы и местные), так и греки, были настроены враждебно по отношению к пришельцам. Они боялись, что Лев сам захочет править городом и они попадут под гнет армян. Столкновение началось после того, как один армянский солдат с насмешкой отозвался о Сент-Илере, франкском епископе, в честь которого была названа дворцовая капелла. Торговец вином, находившийся здесь же, начал бросать в него камни. Завязалась общая драка, перекинувшаяся в город. Армян выгнали из Антиохии, и они с Хетумом отправились в Баграс. Горожане вместе с патриархом Раулем II, недавно сменившим умершего Амори, собрались в соборе Святого Петра и провозгласили самоуправление (коммуну). Главную роль в ней, видимо, играли итальянские купцы и греки. Руководители коммуны принесли клятву верности старшему сыну Боэмунда, Раймунду, и тот ее принял. К его брату Боэмунду в Триполи и к Генриху Шампанскому были отправлены гонцы просить о помощи против армян. Боэмунд Триполийский с войсками прибыл в Антиохию, и Льву пришлось признать неудачу. Вместе со своими пленниками он возвратился в свою столицу Сис.