Как только германские крестоносцы отправились на родину, Амори начал переговоры о перемирии с аль-Адилом. Мир был нужен обеим сторонам, так как у Амори не было сил, а аль-Адил стремился войти во владение всем наследием брата. Перемирие было заключено 1 июля 1198 г. на пять лет и восемь месяцев. Яффа осталась за мусульманами, Бейрут и Жибле — за франками, а Сидон делился между ними. Смерть старого Жослена III де Куртне около 1200 г. не привлекла ничьего внимания.
Тем временем в Антиохии снова начались раздоры. В 1197 г. внезапно умер старший сын Боэмунда III Антиохийского, Раймунд, женатый на армянской принцессе. От него остался маленький сын Раймунд-Рубен, который должен был унаследовать Антиохию. Боэмунд III отправил вдову Алису с сыном в Киликийскую Армению, может быть, он хотел передать наследие сыну Сибиллы, а может быть, просто не хотел подвергать риску жизнь внука.
Внук Боэмунда прибыл в Сис в январе 1198 г., во время коронации Льва. Архиепископ Конрад Майнцский захотел обеспечить германскому императору ленное верховенство не только на Кипре, в Армении и, возможно, в Акре, но и в Антиохии. Он поспешил из Сиса в Антиохию и вынудил Боэмунда III и антиохийских баронов дать клятву, что наследником княжеского трона будет Раймунд-Рубен.
Он, однако, не учел двух обстоятельств: во-первых, того, что франки, греки и сирийцы в Антиохии боялись армянского регенства (Боэмунду III было 54 года, и он мог не дожить до совершеннолетия внука), и, во-вторых, беспринципного честолюбия младшего сына князя, графа Боэмунда Триполийского.
Молодой Боэмунд зарекомендовал себя человеком с шаткой моралью, однако хорошо разбиравшимся в законах и умевшим найти правовые аргументы, чтобы оправдать свои неправые действия. Он немедленно отказался признать законность принесенных в пользу Раймунда-Рубена клятв. Тамплиеры, ненавидевшие Льва за то, что тот отказался вернуть им Баграс (Гастен), поддержали графа. Госпитальеров молодой Боэмунд перетянул на свою сторону богатыми пособиями и обещаниями. Пизанцы и генуэзцы были привлечены обещанием торговых уступок. Антиохийская коммуна, боявшаяся господства армян, также была за него. В конце 1198 г. граф Боэмунд прибыл в Антиохию и прогнал отца, коммуна принесла ему клятву верности. Против молодого Боэмунда была только антиохийская латинская церковь, возглавляемая старым недругом графа, Петром из Ангулема, который, до того как стать патриархом в Антиохии, был епископом в Триполи.
Король Лев и армянский католикос забросали Рим потоком жалоб. Хотя папа Иннокентий III сомневался в искренности подчинения армянской церкви, он ни в коем случае не хотел отталкивать новых приверженцев. Неприятие действий молодого Боэмунда папой и патриархом заставили его примириться с отцом, вновь впустить его в Антиохию и возвратиться в Триполи. Старый Боэмунд теперь перешел на сторону сына. Тем временем тамплиеры развили в Риме бешеную деятельность. Иннокентий намекнул Льву, что если он хочет получить Антиохию, то должен отдать Баграс тамплиерам. Однако Лев ни за что не хотел расставаться с крепостью. Конференция с участием старого Боэмунда III, патриарха Антиохии Петра и короля Льва ни к чему не привела. Раздосадованный несговорчивостью Льва, патриарх перешел на сторону молодого графа Боэмунда, и, когда после смерти князя-отца в апреле 1201 г. тот прибыл в Антиохию, на его стороне были коммуна, ордены и церковь. Многие из дворян, особенно те, в чьих жилах текла армянская кровь, помня свою присягу и опасаясь деспотического характера Боэмунда, бежали в Сис.
Война Антиохии и Триполи с Киликийской Арменией за наследие князя Боэмунда III продолжалась добрые четверть века. Ночное нападение армян на Антиохию произошло весной 1203 г. Они даже ворвались в город. Однако тамплиеры, составлявшие примерно половину гарнизона, удержали цитадель и затем выгнали их из города.
Саму Киликию спасало то, что после смерти рум-сельджукского султана Кылыч Арслана II в 1192 г. там шла долгая война за наследство отца между его сыновьми. В Алеппо для сына Салах ад-Дина аз-Захира Гази самой большой угрозой был его дядя аль-Адил, и он не предпринимал никаких решительных действий против франков. Амори не вмешивался в войну Боэмунда со Львом, хотя его симпатии были на стороне Льва и Раймунда-Рубена. Он видел свою главную задачу в том, чтобы до прибытия нового крестового похода сохранить мир с аль-Адилом, который, в свою очередь, тоже желал мира, так как не мог рассчитывать на верность своих племянников.
Время от времени между франками и мусульманами возникали короткие войны. В конце 1202 г. в Акру одна за другой из Фландрии, Венеции и Марселя прибыли три группы северофранцузских крестоносцев. Всех прибывших насчитывалось несколько сотен человек. Группа из Венеции привезла вести, что в Далмации грузится на корабли огромная армия крестоносцев. Однако вскоре из Зары прибыл крестоносец Рено де Монмирай, родственник графов Блуа и Шампанского. Он сообщил, что крестовая армия задержится на продолжительное время, если вообще прибудет.
Вновь прибывшие рыцари захотели сразу вступить в бой с неверными. Напрасно король Амори уговаривал их обождать. Один из прибывших, знатный рыцарь Ренар де Дампьер, в лицо назвал короля трусом и увел часть французов на север в Антиохию, к Боэмунду Молодому, чтобы принять участие в войне с армянами. Эта группа благополучно проследовала через Триполи и через Джабалу, принадлежавшую мусульманскому эмиру. Далее на север лежала Латакия, также принадлежавшая мусульманам. Миролюбивый эмир Джабалы оказал французам гостеприимство, но посоветовал для прохода через Латакию обратиться за пропуском и сопровождением к сеньору эмира Латакии аз-Захиру Алеппскому. Он даже вызвался написать аз-Захиру, который, конечно же, даст разрешение, так как заинтересован в усилении Антиохии в войне с Киликийской Арменией. Но французы не стали ждать и двинулись дальше. Эмир Латакии напал на них из засады. По словам Жофруа де Виллардуэна, «из восьмидесяти рыцарей, отправившихся в путь, ни один не спасся, но был взят в плен или убит», попал в плен и предводитель Ренар де Дампьер.
В ответ на нападения мусульманских морских разбойников в ноябре 1203 г., за которые аль-Адил отказался дать возмещение, корабли Амори напали на торговые корабли египтян, шедшие в Латакию. Тогда же Амори предпринял разбойничье нападение на Галилею. Аль-Адил с армией вышел навстречу, но до сражения дело не дошло. В ответ на другое нападение морских разбойников Амори послал небольшой флот в Египет, который поднялся под парусами вверх по Нилу мимо Розетты и разграбил маленький город Фува.
Тем не менее обе стороны были заинтересованы в мире. Если у Амори не хватало собственных сил и он ждал подкреплений с Запада, то земли аль-Адила были опустошены сильными землетрясениями, и жители страдали от голода и болезней. Кроме того, он, учитывая господство христиан на море, был заинтересован в восстановлении и упрочении торговых связей с франкскими городами, а также не хотел дать повод для нападения на Египет большого флота крестоносцев, стоявшего у Константинополя.
В сентябре 1204 г. Амори и аль-Адил заключили перемирие сроком на шесть лет. Договор был чрезвычайно выгоден для Амори. По этому договору он окончательно получал весь Сидон, а кроме того, Яффу и Рамлу, также значительно упрощались условия посещения паломниками Иерусалима.
Амори умер 1 апреля 1205 г., 60 лет от роду, в Акре, то ли переев рыбы, то ли отравившись ею. Он был способным и рассудительным королем, обладал большим опытом и склонностью к правовому устройству государства, ему Кипр обязан конституцией. К его чести нужно указать, что он без колебаний принял вторую корону, ничего, кроме неприятностей, ему не сулившую, хотя, видимо, предпочел бы остаться только королем Кипра. Он пользовался уважением как муж и человек, хотя Генриха Шампанского любили больше.