Жофруа де Виллардуэн, возвратившийся в Труа в последней декаде мая 1201 г., застал своего сеньора умирающим. Тибо Шампанский успел завещать большие суммы денег крестоносцам-шампанцам и крестовому походу в целом и умер 28 мая, оставив свою жену, Бланку Наваррскую, беременной сыном. Руководство походом было предложено герцогу Эду Бургундскому, а затем графу Тибо Бар-ле-Дюку, но они оба отказались. Тогда вспомнили о взявшем крест маркизе Бонифации Монферратском. Тот согласился, в июне 1201 г. прибыл в Суассон, был избран руководителем похода и 18 августа принял крест из рук епископа Суассонского Нивелона и Фулька из Нейи. Возможно, избранию Бонифация содействовал его родственник, король Франции, не желавший видеть во главе похода какого-нибудь приятеля короля Ричарда. Монферраты были также родственниками и всегда верными союзниками Штауфенов, наследственных противников папы. При маркизе-руководителе поход вышел из-под контроля папы.
Из Суассона маркиз Бонифаций отправился в Бургундию и в Германию на Рейн, агитируя за вступление в крестовую армию, а затем в декабре — к своему другу и родственнику Филиппу Швабскому. У Филиппа Швабского на Востоке были личные интересы, причем как в Сирии, так и в Константинополе.
Когда император Генрих VI в 1194 г. завоевал королевство Сицилия, в его руки попала юная вдова наследника престола Рожера — Ирина, дочь императора Исаака II Ангела, и Генрих отдал ее в жены брату, Филиппу Швабскому. Через несколько месяцев после свадьбы Филиппа, в 1195 г., его тесть Исаак Ангел был свергнут с трона своим братом Алексеем. Последний взошел на престол под именем Алексея III. Исаак II был ослеплен и вместе со своим сыном-подростком Алексеем брошен в тюрьму. Весной 1202 г. при помощи пизанцев 19-летний Алексей бежал из тюрьмы и прибыл к папе. Папа отказался поддержать его, потому что, во-первых, надеялся на объединение церквей при содействии Алексея III, а во-вторых, опасался слишком близкого родства царевича Алексея со Штауфеном Филиппом Швабским. Кроме того, «мальчишка по летам и уму», как выразился греческий историк Никита Акоминат, или Хониат (из фригийского города Хоны), не произвел на папу благоприятного впечатления. Алексей отправился к своему зятю Филиппу Швабскому. Филипп хорошо принял принца, но, ведя войну с Оттоном IV Вельфом за германский трон, не мог действенно ему помочь. Возникла мысль о том, что Алексея может посадить на трон крестоносная армия, остановившись на время в Константинополе на своем пути на Восток.
В апреле 1202 г., не дожидаясь сбора всей армии, из Марселя в Акру отправились бургундцы и провансальцы во главе с епископом Готье Отенским и Гигом, графом де Форезом. В начале июня из Фландрии вышли корабли графа Бодуэна Фландрского с его людьми под командой Жана де Неля, шатлена (коменданта) Брюгге. Эскадра должна была присоединиться к графу Бодуэну в Венеции, но прошла прямо на Акру.
Фульк из Нейи, передавший крестоносцам большую сумму собранных им денег, умер вскоре после отправления армии в поход. В июне 1202 г. крестоносцы собрались в Венеции. Их было почти в три раза меньше, чем было заявлено послами, всего 12-13 тысяч, из них около полутора тысяч рыцарей. Однако венецианцы не понизили назначенную сумму. Крестоносцы отдали все, что собрали, и «все, что у них было» и остались должны 34 тысячи марок. Венецианцы отказались предоставить корабли до тех пор, пока они не выплатят всю сумму. Так сказалось отсутствие денежных средств королей. Крестоносцев разместили на острове Святого Николая (Лидо). Решение напасть на Египет вызвало недовольство значительной части крестоносцев, в особенности низшего сословия, считавших спасение Святой Земли единственной достойной задачей. Это недовольство разжигалось венецианцами, у которых были тесные торговые связи с Египтом. Венецианские купцы, поставлявшие на остров продовольствие по дорогой цене, все время грозили, что вообще прекратят поставки, если крестоносцы немедленно не выплатят все долги, так что к началу осени крестоносцы были готовы принять любые условия, предложенные венецианцами.
Прибывшего летом 1202 г. папского легата во Франции Петра Капуанского дож встретил неприязненно. Энрико Дандоло боялся папского влияния на поход и, когда Петр выразил желание присоединиться к походу, предложил ему отправляться в поход простым священником или возвращаться обратно. В качестве папского легата Петр отбыл в Палестину.
Некоторое количество крестоносцев во главе с Ренаром де Дампьером нашли корабль и отправились в Акру. Они не остались в Святой Земле и, возвращаясь домой, попали в засаду у занятой мусульманами Латакии и были разгромлены. Выкупленный из плена Ренар с уцелевшими спутниками присоединился к крестоносцам.
2. Штурм Зары
Уже несколько десятков лет продолжалась вяло текущая война за Далмацию между венецианцами и королями Венгрии. Бела III в 1186 г. овладел тамошним ключевым городом Зара (Задар) с помощью восставших жителей. Дож Энрико Дандоло предложил отсрочить выплату долга, если крестоносцы согласятся его отвоевать. Город служил убежищем морским разбойникам и причинял большой ущерб венецианской торговле, однако принадлежал христианскому королю, который готовился принять участие в крестовом походе. Папа, услышав об этом, отправил посланцев с запретом нападать на город. Но Бонифаций, который летом безрезультатно ездил к папе за дополнительными средствами, вместе с подавляющим большинством крестоносцев принял предложение Энрико. Сопротивление оппозиции было преодолено. Как только венецианцы и крестоносцы пришли к соглашению о нападении на Зару, в соборе Святого Марка состоялась праздничная церемония, на которой дож и большое количество венецианцев приняли крест.
8 ноября флот вышел в море из Венеции и через два дня, 10 ноября, прибыл к Заре. Была прорвана цепь, загораживавшая гавань, и крестоносцы высадились на берег. Жители Зары отправили посланцев к нападавшим и предъявили им папские письма, запрещавшие наносить городу вред под угрозой отлучения от церкви. Однако дож, ненавидевший жителей города за измену, сказал, что даже отлучение не остановит его. Часть западных крестоносцев отказалась принимать участие в осаде, некоторые возвратились домой. Однако большинство в предвкушении добычи присоединилось к венецианцам. 24 ноября, после ожесточенного штурма, продолжавшегося пять дней, город сдался. Он был разграблен, стены его снесены, жители по большей части изгнаны. Во время дележа добычи дело дошло до потасовки между крестоносцами и венецианцами. «И столь великая разгорелась схватка, что на каждой улице бились воины мечами, копьями, арбалетами и дротиками, и множество было убитых и раненых. Так прошла большая часть ночи, и с большим трудом бившихся все же разняли» (Жофруа де Виллардуэн).
Так как на море поднялись зимние шторма, решили перезимовать в Заре. Город был поделен пополам между венецианцами и крестоносцами. К папе отправилась миссия крестоносцев с объяснением случившегося. Папа отлучил всю армию от церкви, правда, затем снял отлучение с французов и германцев, учитывая их безвыходное положение, оставив отлученными венецианцев. При этом папа позволил крестоносцам поддерживать отношения с отлученными, чтобы первые смогли и далее использовать венецианский флот. Папа запретил в дальнейшем крестоносцам нападать на христиан. Он всеми силами хотел спасти свой крестовый поход и поступился принципами, не подвергнув крестоносцев решительному осуждению. В перспективе это нанесло огромный вред всему движению крестовых походов.