Так Пугачев впервые назвал себя императором. На вопрос изумленного Пьянова, как же спасся «государь», Пугачев ответил, что его спасла гвардия, взяв «под караул, а капитан Маслов отпустил».
Пьянов поговорил «с хорошими людьми». Решили подождать до рождества, когда казаки соберутся на багренье (лов рыбы). Тогда они и «примут» Пугачева. Пугачев отправился в обратный путь и в Малыковке, по доносу Филиппова, был схвачен. Его обвинили в намерении увести яицких казаков на Кубань. Пугачев категорически отрицал свою вину, заявив, что он только рассказывал, как некогда увел на Кубань донских казаков Игнат Некрасов. Из Малыковки Пугачева отправили в Симбирск, оттуда в Казань, где в январе 1773 г. заключили в тюремные «покои». Пугачеву удалось установить связь с купцом-старообрядцем Василием Щелоковым, которого ему рекомендовал Филарет. Щелоков навестил Пугачева. Зная приверженность к «старой вере» своего будущего покровителя, Пугачев сказал ему, что сидит в тюрьме «по поклепному делу, да за крест и бороду» и попросил заступничества. Щелоков обещал помочь ревнителю «старой веры» из донских казаков, но особой активности не проявил. Вскоре Пугачев заболел, и по его просьбе с него сняли ручные кандалы и заменили тяжелые ножные кандалы легкими. Во второй половине марта Пугачева в сопровождении солдата отпускали бродить по городу «для прошения милостыни». Потом колодников стали посылать работать на Арское поле. У Пугачева возникла мысль о побеге.
В трезвом, спокойном, сдержанном, смиренном колоднике, пострадавшем за «крест и бороду», вряд ли кто мог увидеть будущего вождя крестьянской войны. Казанский губернатор фон Брандт в своем письме в Сенат расценивал разговоры Пугачева с Филипповым о своих планах в отношении яицкого казачества как пьяную болтовню невежественного казака и считал возможным наказать его кнутом и отправить на постоянное жительство в Сибирь.
Петербург санкционировал предложение казанского губернатора. По именному указу Екатерины II приказывалось «учинить» Пугачеву «наказание плетьми», отправить в Пелым, «где употреблять его в казенную работу… давая за то ему в пропитание по три копейки в день». Письмо генерал-прокурора Вяземского с «именным повелением» императрицы Брандт получил 3 июня, но «исполнение по тому указу не было учинено» — 29 мая Пугачев и его товарищ по заключению Дружинин, подговорив одного солдата и напоив до пьяна другого, бежали в кибитке. Это был четвертый побег Пугачева.
О бегстве Пугачева Брандт не торопился сообщить в Петербург, но когда эта весть все же пришла в столицу, на этот раз в Петербурге, лучше, чем в Казани, поняли, какую опасность представляют действия уроженца Зимовейской станицы, беглого донского казака Емельяна Ивановича Пугачева.
Уже тогда кое-кто в Петербурге понимал, что Пугачев — «пронырливый и в своем роде прехитрый и замысловатый». Пока шла переписка об «утеклецах», Пугачев через Алат, Котловку и Сарсасы по Каме вернулся на юго-восток, проехал мимо Яицкого городка и повернул на Таловый умет. В конце июля или начале августа (между «Петровым днем» и «Успеньевым днем») Пугачев был уже у своего старого знакомого Оболяева.
Пугачев приехал на Таловый умет в кибитке, запряженной парой лошадей. «Платье на нем было крестьянское, кафтан сермяжный, кушак верблюжий, шляпа распущенная, рубашка крестьянская, холстинная, у которой ворот вышит был шелком, наподобие как у верховых мужиков, на ногах коты и чулки шерстяные белые».
Нелегким был жизненный путь Пугачева. «Где да где уж я не был, и какой нужды не потерпел! Был холоден и голоден, в тюрьмах сколько сидел — уж только одному богу вестимо», — говорил Пугачев. Но в жизни его происходит перелом. До сих пор он искал воли, хорошей жизни, искал благодатный край, землю обетованную. Она ему мерещилась на Тереке и в Бессарабии, в Белоруссии и на Иргизе, на Кубани и на Лабе, в «турецкой стороне», как некогда за сто лет до этого пытался разыскать ее в «персидской стороне», у «кызыл-башей» его земляк Степан Тимофеевич Разин.
Поисками вольной, свободной жизни в годы странствий и скитаний Пугачев отдал дань той форме социального протеста трудового люда, его борьбы с крепостнической системой, которая находила проявление в бегстве, в стремлении уйти от этой системы в такие края, где можно было бы укрыться от ее тяжелого бремени. Но именно эти годы скитаний убедили Пугачева в том, что таких земель нет, что «по всей России чернь бедная терпит великие обиды и разорения». Уйти некуда — всюду чиновники и офицеры, суды и тюрьмы, всюду полуголодная жизнь, нищета, страх, неуверенность в завтрашнем дне, всюду насилие, ложь, всюду изломанные, исстрадавшиеся люди, потерявшие веру в справедливость и честность. Пугачев стал понимать, что уйти от этого мира гнета й нищеты некуда, и единственный способ добиться воли — это бороться с этим миром и ниспровергнуть его. В своих скитаниях, сталкиваясь с крестьянами и солдатами, работными людьми и колодниками, казаками и раскольниками, Пугачев все больше убеждался в том, что народ подобен пороховому погребу.