Сообщения корреспондентов, полученные КИД, читались секретарями экспедиции при получении их с почты, написанные шифром разбирались ими или подчиненными им нотариусом-регистратором, канцеляристом и копиистами. После этого секретари были обязаны, если президента и вице-президента в КИД не было, посылать эти реляции к ним домой, а во время заседаний КИД о них докладывать, записывать налагаемые на них резолюции и составлять в ответ рескрипты.
Эти рескрипты прочитывались на следующем заседании, причем, согласно приказу от 5 апреля 1716 года, и черновые их списки, и переписанные начисто подписывались всеми членами КИД и скреплялись секретарем. Потом текст рескрипта зашифровывался и направлялся в соответствующий адрес с курьером. Вся работа КИД была строго регламентирована. Вход в апартаменты КИД позволялся только лицам, которые там служили. Инструкция от 11 апреля 1720 года, в которой было установлено устройство КИД, заканчивалась предписанием, как хранить государственные печати и «цифирные азбуки».
Для сохранения письма в тайне применялись соответствующие охранные мероприятия. Так, письмо Петра I барону Георгу Бенедикту Огильви от 17 февраля 1706 года сопровождалось такой записью: «Февраля в 17 день цыфирью Реновою. А посланы в 22 день; замешкались за тем, что азбуку переписывали и в пуговицу вделывали. Посланы с маером Вейром».
Присылались в КИД такие азбуки в конвертах, которые опечатывались красными сургучными печатями, однако не государственными, а личными отправителей. Пересылали шифры довольно часто, ведь срок их действия был ограничен, и документы, у которых закончился срок действия, направлялись в КИД.
Постоянно шифрованная переписка осуществлялась с дипломатическими представителями России за рубежом, в частности: при венском дворе — П. А. Голицыным, И. Х. Урбихом, П. И. Беклемишевым, А. П. Веселовским; при прусском дворе — с Альбрехтом Литом, а затем с А. Г. Головкиным. Специальные шифры для переписки с российским двором имели: А. А. Матвеев — посол в Англии, Голландии, Австрии; Б. И. Куракин — посол в Риме, Лондоне, Нидерландах, Ганновере, Париже, и много других дипломатов, чьи шифры сохранились.
Часто зашифровывались письма и коронованных корреспондентов — польского короля Августа II, прусского короля Фридриха, хотя чаще эту переписку вели министры и вельможи союзных государств: И. Ф. Арнштедт, Я. Г. Флеминг, польскую — Ян Шембек, А. Н. Синявский, К. Ф. Шанявский, С. Денгоф, датскую — Юст Юль. Переписка эта касалась вопросов международной политики, заключения союзных договоров и военных вопросов. Шифрованная переписка прусского короля находилась в руках его министра И. Г. Кайзерлинга. Существовала секретная переписка России и Молдавии. Известны шифрованные письма Михаила Раковицы, молдавского посланника Георгия Кастриота. Кратковременные дипломатические миссии также сопровождались вручением секретной «азбуки» лицу, которое следовало из России за границу.
Высший командный состав армии и флота также имел шифры для переписки с царем. Известны шифрованные письма Петра I к адмиралу Ф. М. Апраксину, фельдмаршалу Г. Б. Огильви, фельдмаршалу Б. П. Шереметьеву, фельдмаршалу-лейтенанту Гольцу и их шифрованные ответы. При этом Петр I уделял большое значение качеству тайнописи. Так, царь с недовольством сообщал фельдмаршалу Г. Б. Огильви: «Цыфирь вашу я принял, но оная зело к разобранию легка».
В своей переписке корреспонденты использовали шифры, предназначенные для шифрования переписки на разных языках. В основном в этот период применялись так называемые русские, немецкие и французские шифры, в которых как шифровеличины использовались буквы, слоги, слова, словосочетания соответственно русские, немецкие, французские. Петр I особенно часто использовал французские шифры.
В одном из писем Г. Б. Огильви жаловался А. Г. Головкину, что не сумел прочитать присланных распоряжений Петра: «Французские цифирные грамотки нихто читать не может, тако не знаю, что на них ответствовать. Прошу… извольте мне на все мои письма ответ учинить немецкою цифирью, ибо той французской нихто не разумеет». Такие же жалобы Огильви адресовал и Петру: «…никого здесь нет, который бы французское ваше мог разуметь, понеже Рен ключ от того потерял… Извольте ко мне через цифирь мою писать, чтоб я мог разуметь…».