Понятное дело, что подобный поток денег не мог оставаться без внимания соответствующих структур — простой Фрунзенский райком комсомола не мог быть уверенной и надежной "крышей" молодых парней, еще не разменявших четверть века. Да и привести "нужные" предприятия, жаждущие отмыть и перевести в "нал" свои оборотные средства, тоже не каждый сможет. Если учесть, что основными клиентами будущего олигарха были НИИ и предприятия "оборонки", не возникает вопроса — кто именно "крышевал" бизнес Ходорковского. Это была Контора Глубокого Бурения, в которой прекрасно видели, что режим трещит по швам, а посему обеими руками приветствовали лозунг, некогда вброшенный Николаем Бухариным: "Обогащайтесь!" Инструментом обогащения как раз и стал ЦМНТП — будущий Менатеп.
Имея старших наставников в "погонах", Ходорковскому можно было не опасаться серьезных бандитских разборок. Все, что было необходимо — это несколько крепких ребят, которые защитят от внезапного "наезда" тех, кто "не в теме". Таких бойцов Ходорковскому поставлял тренер по рукопашному бою, каратист и актер (боцман в фильме "Пираты XX века") Тадеуш Касьенов. Впрочем, от стрелок и разборок молодые Михаил Ходорковский, Платон Лебедев и Леонид Невзлин были избавлены силами "кураторов". Те же самые "старшие братья" аккуратно проводили корабль Менатепа сквозь айсберги сурового ледовитого океана российского бизнеса времен первоначального накопления капитала.
Одними из первых Ходорковский сотоварищи открыли собственный банк. Без банка в то время нельзя было получить кредиты от государственных сберегательных контор, что будущий олигарх прочувствовал на себе, обратившись в Жилсоцбанк за кредитом. В кредите ему отказали, но тут же главу Менатепа свели с семейством Голубовичей — с младшим представителем династии которых — Алексеем — Михаил Борисович был знаком еще со времен обучения последнего в Институте народного хозяйства имени Г.В. Плеханова. Надо сказать, что родители Алексея Голубовича, который затем занимал видные посты в ЮКОСе, имели важные должности в Госбанке СССР. Так что, уже в самое ближайшее время Ходорковский создал кооперативный банк, причем — вот ирония судьбы — в состав соучредителей вошло Фрунзенское отделение Жилсоцбанка СССР, то самое, где ранее Ходорковскому отказали в выдаче кредита. Ларчик открывался просто — Жилсоцбанк являлся одним из подразделений Госбанка СССР. В самом ближайшем времени (в 1989 году) банк Менатеп стал жемчужиной будущей империи Ходорковского — через банк можно было безболезненно гнать деньги из бюджета в карманы тех, кто в деле.
Тогда же Менатеп провернул первую безобразно циничную операцию по массовому обману населения — банк выпустил "акции". За полгода — с конца 1990 по июль 1991 года — было продано акций Менатепа на 1,5 млрд рублей! Обещания серьезных дивидендов держателям акций оказались блефом, равно как и обещания пустить к рулю управления компанией акционеров. Впрочем, в то бесправное время, как выяснилось впоследствии, Ходорковский не нарушил никаких законов (за их отсутствием). Ну, а за откровенный обман потребителей тогда не сажали.
Поддержка у Ходорковского была в то время на самом верху — еще в 1990 году он вместе с Невзлиным стали советниками у премьер-министра РСФСР Ивана Силаева, который персонально курировал машиностроение и работу НИИ. Помогали и связи с окружением Горбачева, налаженные посредством Владимира Дубова (его отец — известный "хлебный король" Москвы Матвей Дубов имел хорошие отношения со всей верхушкой Политбюро). Утверждают, что Менатеп получил право оперировать счетами Фонда ликвидации последствий аварии на ЧАЭС после соответствующего указания генсека КПСС Михаила Горбачева.
После краха СССР Ходорковский не растерял связи в верхах, что недвусмысленно намекает на то, что ставку он делал отнюдь не на одну лошадь. Вернее сказать, те, кто делал ставку на молодого бизнесмена, смогли остаться у власти и, прячась за ширмой банкира в очках, активно двигали его по карьерной лестнице. Так, уже весной 1992 года Ходорковского удалось сделать председателем Инвестиционного фонда содействия ТЭК на правах советника главы Минтопэнерго. На этой должности будущий олигарх познакомился со всеми членами кабинета Гайдара и провернул с ними не одну махинацию. Через год он стал замминистра топлива и энергетики. А также советником премьер-министра Виктора Черномырдина.