През април 1097 година сблъсъкът изглежда неизбежен. Килидж Арслан се готви за него. Основната част на армията му вече се събира пред стените на Малатия, когато пристига смъртно уморен конник. Задъхан, той предава посланието си: франджите са тук, отново са преминали Босфора, по-многобройни от предишната година. Килидж Арслан остава спокоен. Нищо не оправдава тази тревога. Вече си е имал работа с франджите, знае как да постъпи. Накрая, за успокоение на жителите на Никея и най-вече на съпругата си, младата султанка, която скоро ще ражда, той нарежда на няколко конни отряда да подсилят столичния гарнизон. Самият той ще се върне веднага щом приключи с Данишменд.
Килидж Арслан отново е погълнат телом и духом от битката за Малатия, когато в първите дни на май пристига нов пратеник, треперещ от умора и страх. Думите му хвърлят в ужас лагера на султана. Франджите са пред вратите на Никея и започват обсада. Това вече не са както през лятото банди дрипави грабители, а истинска армия от хиляди тежковъоръжени рицари. Този път ги придружават войници на василевса. Килидж Арслан се опитва да успокои хората си, но самият той е измъчван от тревога. Трябва ли да изостави Малатия на своя съперник и да се върне в Никея? Сигурен ли е, че все още може да спаси престолния град? Няма ли да загуби и на двата фронта? След дълго съвещание с най-преданите от емирите разрешението добива формата на компромис — ще отиде при Данишменд, който е човек на честта, ще го извести за завоевателските намерения на румите и техните наемници, както и за заплахата, надвиснала над всички мюсюлмани в Мала Азия, и ще му предложи да сложат край на военните действия. Още преди Данишменд да е дал своя отговор, султанът изпраща част от армията си към престолния град.
След няколко дни е сключено примирие, а Килидж Арслан се отправя незабавно на запад. Но когато стига до височините край Никея, пред очите му се разкрива гледка, която смразява кръвта във вените му. Завещаният от баща му великолепен град е обсаден от всички страни; множество войници издигат подвижни кули, катапулти и стълби, необходими за последната атака. Емирите са категорични — нищо не може да се направи. Трябва да се изтеглят към вътрешността на страната преди да е станало прекалено късно. На младия султан му е трудно да се примири и отстъпи столицата си. Той настоява да опитат да пробият за последно от юг, там където обсадителите изглеждат недотам силни. Битката започва на 21 май призори. Килидж Арслан се хвърля яростно в боя, продължил да бушува до залез слънце. Загубите са тежки и за двете страни, но всяка от тях запазва позициите си. Султанът се отказва. Вече е разбрал, че не ще успее по никакъв начин да разкъса обръча. Ако се заинати и хвърли всичките си сили в една толкова зле започнала битка, би удължил обсадата с няколко седмици, дори с няколко месеца, но би поставил под въпрос и самото съществуване на султанството. Потомък на изключително номадски народ, Килидж Арслан знае, че изворът на мощта му се крие в няколкото хиляди воини, верни само нему, а не в притежанието на един град, колкото и привлекателен да е той. Не след дълго той ще избере за нова столица град Кония, разположен доста по на изток, който наследниците му ще опазят до началото на XIV век. И никога вече няма да види Никея…
Преди да се отдалечи, Килидж Арслан отправя прощално послание към защитниците на града, с което ги уведомява за своето болезнено решение и им заръчва да действат „според интересите си“. Значението на тези думи е ясно както за турския гарнизон, така и за гръцкото население: градът трябва да се предаде на Алексий Комнин, а не на франкските му съюзници. Започват преговори с василевса, който, начело на войските си, е заел позиции западно от Никея. Хората на султана се опитват да печелят време, като очевидно се надяват, че господарят им ще успее да се завърне с подкрепления. Но Алексий бърза. Западните воини, заплашва той, се готвят за последна атака и в такъв случай той не отговаря за нищо. Като си припомнят стореното от франджите предишната година в околностите на Никея, преговарящите са обхванати от ужас. Вече виждат града разграбен, мъжете избити, жените изнасилени. Без повече да се колебаят, те приемат да предадат съдбата си в ръцете на василевса, който лично определя условията на капитулацията.
През нощта на 18 срещу 19 юни войници от византийската армия, повечето от които турци, влизат в града с помощта на лодки, които тихо прекосяват езерото Асканион. Гарнизонът се предава без бой. Когато слънцето изгрява, над крепостните стени вече се веят синьо-златните знамена на императора. Франджите се отказват да нападат. В нещастието си Килидж Арслан получава и една утеха — знатните люде на султанството са пощадени, а младата султанка, придружена от новороденото си дете, е посрещната в Константинопол с царски почести за най-голямо неудоволствие на франджите.