В разгар зимних морозов литовские отряды пытались захватить Себеж. Наступление поддержали атаманы Ширай и Наливайко. Потерпев неудачу под Себежем, казаки ушли к Старой Руссе, а оттуда к Антоньеву Краснохолмскому монастырю в Бежецке.
Появление казаков в Бежецке вызвало тревогу Пожарского. Земское командование приказало Черкасскому «итти на гетмана Ходкевича и на черкас». Первоочередная задача состояла в том, чтобы разгромить Наливайко.
Черкасскому были подчинены воеводы князь Семен Прозоровский и Леонтий Вельяминов с казаками, Лопата-Пожарский со смолянами, Петр Мансуров с вологжанами, остатки казанской рати и романовские татары. В апреле земское войско выступило из Кашина в поход. Но в его рядах нашелся предатель. То был Юрий Потемкин, один из участников убийства Ляпунова. Сменив несколько лошадей в пути, изменник предупредил «черкас» об опасности. Наливайко поспешно отступил на запад.
Князь Дмитрий Черкасский не пытался преследовать неприятеля. Запорожцы не были разгромлены и позже соединились с Ходкевичем.
В тылу у земских войск оставались казачьи отряды, сохранившие верность Заруцкому. Они располагались в Угличе. Совет земли надеялся избежать кровопролития и привлечь казаков на службу в ярославское ополчение. Князь Черкасский получил предписание уговорить атаманов и привести их в Ярославль. Когда он подступил к Угличу, четверо атаманов сразу перешли на его сторону. Прочие нехотя выехали в поле и начали биться с дворянами, но потерпели поражение. Черкасский не догнал Наливайко и довел дело до битвы в Угличе.
В начале апреля 1612 года Совет обратился с грамотой к Строгановым в Сольвычегодск. Грамота звучала как подлинное объявление войны казацким таборам. Историю первого ополчения авторы грамоты рисовали сплошь черной краской. Старые «заводчики злу», тушинские атаманы и казаки с их начальником Иваном Заруцким, гласила грамота, убили Прокофия Ляпунова, стали чинить дворянам смертные позоры, предались грабежам и убийствам; после того дворяне разъехались из Москвы; тогда Трубецкой и Заруцкий с казаками целовали крест псковскому «вору», чтобы «по своему первому злому совету бояр и дворян и всяких чинов людей и земских и уездных лучших людей побити и животы разграбити и владети бы им по своему воровскому казацкому обычаю». Составители прокламации сознательно пугали Строгановых казацким «воровством».
Переворот в пользу Лжедмитрия II напугал многих дворян, и некоторые из них не прочь были порвать с казаками и полностью исключить их из освободительного движения. Но Минин и Пожарский придерживались иной точки зрения. К июлю 1612 года на службе в ярославской рати числилось довольно много атаманов. Отъезд казаков из подмосковных таборов в Ярославль оказал немалое влияние на исход самозванческой авантюры.
Пожарский стремился установить сотрудничество со всеми, от кого можно было ждать серьезной помощи. Он охотно принял под свою команду ротмистра Хмелевского с поляками. В дальнейшем они оказали большие услуги освободительному движению.
Однако Пожарский забил тревогу, когда в Ярославль явился гонец от капитана Маржарета. Еще осенью 1611 года бравый француз уехал в Голландию, а затем в Англию. Там он увлек рассказами о сказочно прибыльной службе в России дюжину авантюристов — подданных британской и австрийской короны. Кондотьеры направили в Москву гонца с письмом. Они готовы были служить любому, кто сможет им хорошенько заплатить. В своем послании наемники клялись, что будут верно служить, но не уточняли кому. Они адресовались к великим и вельможным князьям и к их величеству. Такое обращение могло удовлетворить и нового Лжедмитрия, и «воренка», и Семибоярщину. Маржарет, самовольно присвоивший чин полковника, полагал, что в Москве его примут с распростертыми объятиями. Но он ошибся. Князь Пожарский не забыл о его кровавых подвигах при подавлении народного восстания в Москве.
Вопрос о найме солдат за морем Пожарский передал на рассмотрение соборным чинам. Собор энергично отклонил предложение Маржарета. «Наемные ратные немецкие люди, — гласил приговор, — нам не надобны: немцам найму дать нечего, да и верить им нельзя». В письме к кондотьерам разрядный дьяк взялся объяснить им, что Российское государство не нуждается более в иноземной помощи, потому что все земские люди объединились и теперь у них есть свой вождь Дмитрий Пожарский. Поясняя значение Пожарского, дьяк указал, что его избрали «за разум, и за дородство, и за храбрость». Перечитав написанное, он заколебался, вычеркнул слова «за дородство и за храбрость» и написал «за правду». Исправление весьма точно выражало отношение к Пожарскому, сложившееся в земском движении.