Суть дипломатии Алексея Сэмюэлевича заключалась в том, что он, непосредственный участник недавних экспедиционных походов в Средиземном море, хорошо представлял себе складывающуюся там ситуацию. Он осуществил ряд миссий (которые можно назвать и дипломатическими и разведывательными) в Константинополь, на Мальту и Сицилию, и после переговоров пришел к выводу, что ожидать каких-либо нежелательных ходов со стороны средиземноморских стран в ближайшее время не следует. Практика будущего это подтвердила.
2 марта 1816 г. вице-адмирала А. С. Грейга назначили главным командиром Черноморского флота и портов, а также военным губернатором Николаева и Севастополя.
Это был тот период, когда флот Черного моря, созданный Екатериной II по завету Петра Великого, действительно стал форпостом на юге и центром международного сотрудничества Российской Империи с причерноморскими государствами — средоточием христианских и мусульманских культур.
Именно благодаря Грейгу были созданы Черноморское адмиралтейство (впоследствии, после смерти адмирала в 1845 г., по повелению Императора Николая I стало называться «Черноморское адмиралтейство имени адмирала Грейга», сие название просуществовало до 1917 года), Артиллерийское управление, усовершенствована работа Депо карт, из Санкт-Петербурга в Николаев был переведен архив флота. А в 1826 г. этот флотоводец впервые в практике России создал штаб флота для организации боевой подготовки и разработки планов действия в военное время; первым начальником штаба был назначен контр-адмирал В. И. Мелихов. Опираясь на созданный штаб и подготовленных помощников, адмирал за несколько лет преобразовал все отрасли флота, которые стали служить основой для совершенствования других флотских объединений, в том числе и Балтийского флота.
Опыт таких людей, направивших свой талант, силы, опыт и знания на дело служения Отчизне, возвеличивавших любимое детище своей души — флот — учитывался потомками, достойными своих великих предков… учитывался вплоть до 1917 года. А в изменившейся сущности страны и в среде людей, преступно одурманенных идеологией, исчезла и былая слава флота, растворилась в море крови как в 1917-м, так и в 1941–1945 годах.
Среди заслуг Грейга и то, что при нем заложена база судостроения в Николаеве; к 1832 г. там сооружены пять верфей, где было одиннадцать эллингов, из которых девять построены при личном участии Алексея Сэмюэлевича. На верфях была введена механизация: паровая машина приводила в действие ножницы, прессы и другое оборудование. Для успешного развития дела созданы паровая лесопилка, в мастерских вместо дров использовали уголь с юга Малороссии.
Особое внимание уделялось развитию социальной и промышленной базе Херсона; с привлечением средств помещика А. Перовского было заложено Спасское адмиралтейство, на котором с 1828 г. началось строительство кораблей для Черноморского флота, в том числе линкоров и фрегатов. В городе основали литейный завод для нужд флота, а на Херсонском канатном заводе применили паровую машину. Еще с 1818 г. Грейг убедил Комитет по флоту о выделении ассигнований на строительство в Севастополе сухих доков для ремонта кораблей, чтобы избежать килевания. Завершено строительство доков было уже при новом главном командире генерал-адъютанте Его Императорского Величества адмирале Михаиле Петровиче Лазареве, бывшим при А. С. Грейте начальником штаба флота. И получили они наименование Лазаревского адмиралтейства, хотя вряд ли это справедливо. Ведь позже при нем было построено адмиралтейство в Измаиле, которое, пожалуй, и заслуживает светлое имя М. П. Лазарева…