Не будет большим преувеличением сказать, что военно-морское образование дало начало организации профессионального — как светского, так и морского — образования в России. Исключительная заслуга Навигацкой школы состоит в том, что она положила начало развитию математической мысли в России. Так, учебник Л. Ф. Магницкого по арифметике служил получению русскими знаний в этой области до XX века! — что свидетельствует об уникальности изложения материала.
Светское и военное образование не мыслимо без научной и технической литературы, оттого Государь Петр I разрешил иностранцам открыть в России книжную торговлю. В стране начали издаваться и распространяться карты различных стран и всех частей света, таблицы логарифмов, склонений солнца, рефракции, параллакцев светил, локсодромий; появилась математическая литература; книги по космографии, географии, магнетизму, компасному делу, исправлению румбов, навигаций и морским течениям. Были созданы библиотеки научной и технической литературы.
В деятельности Навигацкой школы Петр Великий видел плоды преобразования России и создания одной из составляющих государственного управления — строительства военного флота. Он давал понять, что для его России чрезвычайно важное значение имеют нравственные основы будущих руководителей флота и государства. С целью нравственного воспитания и умственного образования Государь пригласил из-за границы труппу актеров, которые разыгрывали сцены, воспевающие благородство, честь, достоинство, верность долгу, Государю и Отечеству, и изобличающие людские пороки. Впрочем, нравственные основы всего русского общества искренне волновали всех последующих самодержцев; к примеру, Жуковский, наставник Наследника Престола Александра II называл историю «сокровищницей царского просвещения», а уча августейшего ученика «правилам деятельности Царской» говорил: «Люби и распространяй просвещение; оно — сильнейшая подпора благонамеренной власти; народ без просвещения есть народ без достоинства; им кажется легко управлять только тому, кто хочет властвовать для одной только власти…».
По приказу Петра I дважды в день по полудни и при закате солнца на главном корпусе Навигацкой школы — Сухаревой башне звучала музыка (так закладывались традиции; отсюда позже — во время подъема и спуска флага на кораблях матрос-горнист играл «зорьку»). Чтобы подчеркнуть важность воспитания и образования будущих морских офицеров, Государь находил время для посещения спектаклей и бесед с учениками. Важным элементом государственной политики Петр Великий считал личное участие в организации образовательного процесса, личный отбор кандидатов в Навигацкую школу и назначение ее выпускников на корабли флота.
Но опыт обучения в этой школе, как и опыт службы офицеров на кораблях показал и существенные пробелы в их профессиональном образовании. Прежде всего ученики не имели единой формы одежды, жили они по домам, т. к. не было казарм, что создавало определенные трудности. Если дети разночинцев принимались в начальный класс, то дети дворян, ввиду домашнего образования, как правило, зачислялись в старшие классы. Все ученики, вне зависимости от их будущего предназначения, обучались по общим программам; при этом ежегодных общих выпусков из школы не производилось, не было и учебной практики на кораблях. Повелось так, что открывавшиеся вакансии на кораблях замещались наиболее подготовленными выпускниками.
С закладкой на Заячьем острове крепости Санкт-Питербурх 16 мая 1703 г. и Адмиралтейской верфи 5 ноября 1704 г. начал формирование облик северной столицы империи, как центра кораблестроения, центра боевого флота и военно-морского образования. Петру Великому потребовалось девять лет на то, чтобы в тяжелейших условиях войны, в сущности на линию фронта перенести столицу Русского государства из первопрестольной Москвы в Санкт-Петербург. Национальные интересы государства настоятельно требовали решать триединую задачу в едином центре: строить флот, готовить кадры морских офицеров и формировать государственную политику России на века.
Уже к 1715 г. военный флот России одержал ряд морских баталий и вырвался на оперативный простор Балтийского моря. Опыт использования флота в боях потребовал необходимости совершенствования военно-морского образования. И тогда 1 октября 1715 г. указом Петра I в северной столице открывается новое военно-морское образовательное учреждение — Морская академия, или Академия морской гвардии. А Навигацкая школа осталась в Москве и решала задачу подготовки воспитанников для поступления в Морскую академию.