Надев на себя шкуру немейского льва, Геракл отправился выполнять второе распоряжение Эврисфея – убить лернейскую гидру, которая похищала скот и опустошала земли в окрестности Лерны. У нее было огромное собачье туловище и девять змеиных голов, из них одна – бессмертная. Гидра была столь ядовита, что одно ее дыхание и даже запах ее следов могли уничтожить все живое. По совету Афины Геракл заставил гидру покинуть логово, пуская из лука горящие стрелы, а когда ему удалось ухватить чудовище, он задержал дыхание. Однако гидра обвилась вокруг его ног, стремясь свалить его на землю. Напрасно Геракл рубил мечом ее головы – стоило ему отрубить одну, как на ее месте вырастали две, а то и три новые. На помощь гидре из болота выполз огромный рак и вцепился Гераклу в ногу. Геракл в ярости растоптал его и призвал на помощь Иолая (своего племянника, ставшего с этого времени верным спутником Геракла, его возничим и оруженосцем), который стал прижигать обезглавленные шеи гидры горящими головнями, так что головы уже не отрастали вновь. Отрубив последнюю, бессмертную, голову, Геракл закопал ее, все еще шипящую, в землю и привалил сверху огромной скалой. Туловище гидры он разрубил на куски и погрузил острия своих стрел в ее смертоносную желчь. Отныне даже царапина, причиненная такой стрелой, становилась смертельной. Эврисфей посчитал этот подвиг совершенным не по правилам, поскольку Гераклу помогал Иолай, и отказался включить его в число положенных десяти.
Третьим подвигом Геракла была поимка керинейской лани. У этого быстрого пятнистого четвероногого, священного животного Артемиды, были золотые рога и медные копыта. Не желая убить или даже ранить лань, Геракл совершил этот подвиг, не прибегая к силе. Он непрерывно преследовал лань в течение года, дойдя до страны гипербореев, и поймал-таки, выпустив стрелу, которая пригвоздила передние ноги лани одну к другой, пройдя между костью и сухожилием так, что ни капли крови не упало. Взвалив лань на плечи, Геракл поспешил в Грецию. Рассерженная Артемида вышла навстречу Гераклу, порицая его за такое отношение к священному животному, однако тому удалось доказать необходимость своего поступка и свалить всю вину на Эврисфея. Гнев богини прошел, и она разрешила Гераклу унести лань в Микены.
Затем Эврисфей потребовал от Геракла доставить ему живым эриманфского вепря – свирепого, огромных размеров зверя (четвертый подвиг). По дороге к Эриманфу (в Северной Аркадии) Геракл остановился у кентавра Фола, который стал радушно его угощать. Почуяв запах крепкого вина, к пещере Фола ринулись, вооружившись камнями и стволами деревьев, другие кентавры. Фол от страха спрятался, но Геракл смело отразил нападение градом падающих горящих головней. Нефела, богиня облаков и бабка кентавров, пришла им на помощь, пролив на землю сильный ливень, от которого у Геракла ослабла тетива, а земля под ногами стала скользкой. Однако он оказался достойным своей славы и убил нескольких кентавров, остальных обратив в бегство. При этом случайно получили смертельные раны Хирон и Фол. Пущенная Гераклом стрела, пронзив насквозь другого кентавра, на излете вонзилась в колено Хирона. Фол же, удивляясь смертоносной силе стрел, вытащил одну из них из тела погибшего кентавра и нечаянно уронил ее на ногу – яд гидры мгновенно умертвил его. Чтобы захватить живым эриманфского вепря, Геракл громкими криками выгнал его из зарослей и загнал в глубокий снег. Вскочив вепрю на спину, он связал его цепями, а затем живым отнес на плечах в Микены.
Пятым подвигом Геракла было очищение им от навоза за один день огромного скотного двора элидского царя Авгия. Эврисфей уже радостно представлял себе, с каким отвращением Геракл вынужден будет складывать в корзины навоз и носить их на плечах. По величине стад и табунов Авгий был самым богатым человеком на земле, потому что божьей милостью его скот не болел и хорошо размножался. К тому времени навоз в Авгиевых конюшнях, коровниках и овчарнях не убирался тридцать лет, и зловоние от него распространялось по всему Пелопоннесу. Геракл издалека приветствовал Авгия и обещал ему еще дотемна очистить весь скотный двор в обмен на десятую часть скота, на что Авгий охотно согласился, хотя и недоверчиво рассмеялся. Обе стороны поклялись выполнить обещанное, и Геракл приступил к работе. Для начала он проломил в двух местах каменную стену, окружавшую скотный двор, а затем повернул ближайшие реки Алфей и Пеней так, что их потоки устремились через конюшни, коровники и овчарни, начисто вымыли их и понеслись дальше, смывая навоз с пастбищ в долине. Так Геракл выполнил задание Эврисфея, не испачкав даже мизинца. Однако, когда Авгий узнал, что Геракл выполнял приказ Эврисфея, он отказался дать обещанную награду за труд. И, что еще хуже, Эврисфей объявил этот подвиг не идущим в счет положенных десяти, поскольку Геракл выполнял его за плату.