После взрывов в Восточной Африке за бин-Ладеном прочно закрепилась репутация «врага Америки номер один». В конце 1998 года Окружной суд Южного Нью-Йорка вынес обвинительное заключение против него и 11 его сообщников за организацию и проведение терактов… Несмотря на то что бин-Ладен официально отверг свою ответственность за взрывы в Кении и Танзании, суд счел его вину полностью доказанной. Доказательствами служили: сообщение, отправленное в Лондон, перехваты телефонных переговоров, признательные показания захваченных террористов, подтвердивших свое членство в «Эль-Каэде».
В качестве ответных мер президент США Билл Клинтон отдал распоряжение директору ЦРУ подготовить акции против «Эль-Каэды» и тех государств, которые поддерживают антиамериканскую террористическую деятельность бин-Ладена. В первую очередь было решено нанести ракетный удар по афганским базам «Эль-Каэды». Вторая цель была на территории Судана. Агенты ЦРУ собрали образцы почвы в окрестностях фармацевтической фабрики «Аль-Шифа», расположенной в жилом квартале суданской столицы. Анализ, проведенный в Соединенных Штатах, позволил рассматривать фабрику как возможное место производства нервно-паралитического газа «VX».
20 августа 1998 года 60 крылатых ракет типа «Томагавк» были выпущены с четырех надводных кораблей и одной подводной лодки ВМФ США. Наведение их по целям в Афганистане осуществлялось через военный спутник. Чуть позже еще 20 ракет того же типа накрыли северное предместье суданской столицы.
Результат для американцев оказался крайне неудачным. В Афганистане в районе Хоста были разрушены два пустовавших лагеря «Эль-Каэды». Сразу после взрывов посольств бин-Ладен и его боевики предусмотрительно покинули их и укрылись в горных пещерах. Кроме этих лагерей оказались разрушенными несколько домов афганских крестьян, не имевших отношения к террористам, и деревенская мечеть. Однако главным просчетом оказалась ошибочная атака секретной базы пакистанской разведки ИСИ, расположенной в области Пактия. Согласно неофициальной информации, полученной от высокопоставленного пакистанского чиновника, во время ракетного обстрела погибло пятеро офицеров ИСИ и около 20 стажеров, находившихся в это время на базе. Семьдесят девять миллионов, затраченных на крылатые ракеты «Томагавк», привели к материальному ущербу в несколько тысяч долларов (стоимость полевых бараков и палаток в лагерях «Эль-Каэды»), разрушению домов и гражданских объектов и гибели гражданских лиц и военных, не имевших никакого отношения к терактам в Восточной Африке. При этом ни один из террористов, включая самого бин-Ладена, не получил даже царапины. Сразу же после ракетного залпа «Томагавков» ЦРУ засекло в эфире голос бин-Ладена. Говоря по спутниковому телефону, он произнес лишь одну короткую фразу: «Хвала Аллаху, я жив…».
Не лучшие результаты оказались и в Судане. В Хартуме была разрушена фармацевтическая фабрика «Аль-Шифа» и расположенная по соседству кондитерская лавка. Международные эксперты не обнаружили никаких следов нервно-паралитического газа. В глазах арабо-мусульманского мира атака на мирный объект, производящий важные для населения медицинские препараты, стала проявлением неприкрытой американской агрессии против беззащитного мусульманского государства. Необдуманный шаг стоил Вашингтону разрыва дипломатических отношений с Суданом и эскалации напряженности в регионе.
Тем не менее администрация Клинтона не собиралась «посыпать голову пеплом». На этот раз Вашингтон был настроен решительно. Американцы в ультимативной форме потребовали от талибов выдачи укрываемого ими бин-Ладена и представили доказательства его ответственности за взрывы в Найроби и Дар-эс-Саламе. Поскольку теракты в Восточной Африке потрясли мировое сообщество, талибы не решились проигнорировать это требование. Мулла Омар не хотел, чтобы его страна, как и режим талибов, ассоциировались с международным терроризмом. Он не опасался международной блокады или американской интервенции в Афганистан, но дорожил отношениями с соседним Пакистаном, своим главным и единственным союзником. Фактически предоставив убежище бин-Ладену и его людям, талибы сами превратились в заложников ситуации. О выдаче бин-Ладена не могло идти и речи. Поэтому мулла Омар предложил провести суд над бин-Ладеном на территории Афганистана. Суд должен был происходить по исламским законам. Мулла Омар потребовал направить в Афганистан все материалы расследования терактов в Кении и Танзании, а также убедительные доказательств вины бин-Ладена и его людей.