Вспыхнула гражданская война. Первое сражение, произошедшее в октябре 1642 года в Эджхилле, закончилось вничью. Вначале казалось, что силы роялистов («кавалеров») и сторонников парламента («круглоголовых») примерно одинаковы. Чтобы выйти из этого безвыходного положения, парламент заключил с шотландцами Торжественную лигу и Ковенант.
В январе 1644 года шотландская армия перешла границу. В июле 1644 года произошла битва при Марстон-Муре, в которой победу одержали силы коалиции — армии Шотландии, Йоркшира (под предводительством сэра Томаса Ферфакса) и Восточного союза (под предводительством Оливера Кромвеля и графа манчестерского). Победа, одержанная в этом сражении, прославила Оливера Кромвеля и его солдат (за нее они были прозваны «железнобокими»).
Однако плодами этой победы не удалось воспользоваться должным образом. Некоторые члены парламента, особенно приближенные к графу эссекскому, оказались слабыми и нерешительными. Большинством парламента было принято решение выбрать более отважных руководителей. Чтобы победить, нужно было иметь лучших полководцев и провести полную реорганизацию армии. Кромвель обвинил графа манчестерского, одного из полководцев, в том, что тот отступил, вместо того чтобы атаковать противника. Ответ графа показывает, что было поставлено на карту и чем бы все закончилось, если бы кавалеры победили круглоголовых: «Если мы разобьем короля 99 раз, он по-прежнему останется королем, его потомки будут королями и мы останемся его подданными. Если же король разобьет нас хотя бы один раз, то нас повесят и уничтожат всех наших потомков».
В 1645 году армия была реорганизована по новому образцу. Главнокомандующим стал Томас Ферфакс, которому было только тридцать три года. Кавалерией командовал Кромвель. Начиная с этого момента, в битвах гражданской войны решающую роль стали играть военная дисциплина и стратегия Кромвеля. Лорд Макалей пишет, что Оливер Кромвель боялся Бога и стремился к свободе в английском обществе: «Именно таких людей он набрал в свой полк. Хотя Кромвель установил такую суровую дисциплину, какой никогда прежде не знала Англия, он очень искусно управлял разумом и нравственными идеалами своих солдат, используя разного рода стимулы… Ферфакс, храбрый солдат, не отличавшийся выдающимися умственными способностями и решительностью, был главнокомандующим только формально. Настоящим же командиром был Кромвель. Он незамедлительно стал организовывать всю армию по образцу своего полка… Главное отличие армии Кромвеля от других армий состояло в высокой нравственности и страхе Божьем. Эти качества были характерны для воинов всех чинов и званий. Даже самые рьяные роялисты вынуждены были признать, что в лагере Кромвеля не слышно было ругательств, не видно было пьяных, никто не играл в азартные игры, и что в течение долгого правления военных собственность мирных граждан и честь женщин оставались неприкосновенны»[29].
Кромвеля окружали мужи молитвы. Он сам водил своих людей в битву. Он обладал удивительной способностью чувствовать боевой дух своих воинов и знал нужный момент, когда следует атаковать, чтобы одержать победу. Кромвель участвовал во многих сражениях и не проиграл ни одного. Он не кончал военных училищ и сам планировал ход сражений — с учетом этого его можно считать одним из величайших полководцев всех времен. Католическая писательница Антония Фрейзер в своей биографии так отзывалась о Кромвеле как о стратеге: «Умение достигать необходимого и делать это безупречно является редким качеством в любом деле. Именно оно дает Кромвелю право быть знаменитым»[30].
В 1641 году архиепископ Лоуд был заключен в тюрьму и в январе 1645 года обезглавлен в лондонском Тауэре за государственную измену. В 1646 году была упразднена епископальная система церковного правления. Однако постоянные победы парламентской коалиции привели к новым проблемам. В парламенте произошло разделение между пресвитерианами и конгрегационалистами. Пресвитерианское большинство парламента испытывало неприязнь к армии, в которой доминировали конгрегационалисты, и побаивалось ее. Из-за невыплаченного жалованья в армии начались волнения. В 1647 году Карл I попытался заключить тайный договор с Шотландией, что привело к возобновлению гражданской войны. Двуличность короля привела к тому, что армия привлекла его к суду, и в январе 1649 года он был казнен как изменник Английской республики.