Началом боевых действий стала осада Оренбурга, который так и не был взят пугачевцами. В столкновениях с правительственными отрядами и гарнизонами восставшим вначале сопутствовал успех. Было организовано войско численностью до 30 тыс. человек при 100 пушках. Полки формировались по профессионально-социальному и национальному признакам: казачьи, башкирские, крестьянские и горнозаводские. Высшим органом военной, административной и судебной власти повстанцев была Военная коллегия: руководила боевыми действиями, комплектовала войска, заказывала на заводах оружие, создавала запасы фуража и продовольствия, распределяла отобранное у богатых имущество, составляла указы и манифесты, вводила казацкое самоуправление, следила за дисциплиной и порядком и т. д. С марта 1774 г. началась череда поражений пугачевцев. Под Татищевой крепостью Пугачев был разбит и ушел на Урал; преследуемый войсками Михельсона, с Урала прорвался в Поволжье и взял Казань; затем под Казанью был разбит и ушел на Правобережье Волги. В этот период развернулась в полную силу крестьянская стихия в пугачевском бунте – с разгромом и поджогами барских имений, кровавыми расправами с помещиками-дворянами. «Пугачев бежал, но бегство его казалось нашествием» (А.С. Пушкин). Паника охватила дворянство. Но Пугачев не решился идти на Москву. В августе 1774 г. под Царицыном он был разбит, предательски схвачен бывшими сторонниками и передан правительству. В январе 1775 г. в Москве Пугачев был казнен. Призрак пугачевщины на десятилетия стал психологическим фактором, сдерживавшим самовластье помещиков-крепостников и побуждавшим укреплять военно-репрессивный механизм самодержавного государства.
И после подавления пугачевского бунта Екатерина II продолжала ревниво оберегать свою корону. Как покушение на принцип самодержавия Екатерина II расценила книгу АН. Радищева «Путешествие из Петербурга в Москву» (1790)
Его антимонархизм и республиканизм казались очень опасными, особенно на фоне начавшейся во Франции революции. Радищев был охарактеризован как «бунтовщик хуже Пугачева», приговорен сначала к смертной казни, а затем «прощен» – на 10 лет сослан в
Илимский острог в Сибирь. Книга была конфискована и уничтожена. Н.И. Новиков, московский книгоиздатель и видный участник масонской ложи, создал традиции русского книгопечатания. В своем сатирическом журнале «Трутень» он вел язвительную полемику с императрицей, издательницей журнала «Всякая всячина». В 1792 г. по приказанию Екатерины II его без всякого суда заточили на 15 лет в Шлиссельбургскую крепость. Деятельность масонских лож была запрещена.
Упорядочить государственное управление Екатерина II предполагала за счет принятия разумных законов. Для выработки нового законодательства, основанного на принципах Просвещения, в 1767 г. в Москве была созвана Комиссия по составлению нового Уложения. Она была сформирована из 585 депутатов, выбранных от сословий, городов, государственных учреждений и отдельных территорий. Абсолютно преобладали депутаты от дворян (228 человек) и городов (208 человек). Не получили права представительства в Комиссии помещичьи, дворцовые и экономические крестьяне, составлявшие более половины всего населения страны.
Депутаты должны были выработать конкретные законы на основе общих принципов, изложенных императрицей в написанном ею «Наказе». Екатерина не скрывала, что ее труд являлся компиляцией в основном двух источников – сочинения французского просветителя Ш.Л. Монтескье «О духе законов» и трактата итальянского юриста-криминалиста XVI в. Ч. Беккариа «О преступлениях и наказаниях». Некоторые элементы политико-правовой концепции Екатерины, по меркам русской жизни, были столь радикальны – прежде всего осуждение ею крепостного права как бесчеловечного и противоречащего разумной организации общества, – что ей пришлось после прочтения первоначального варианта «Наказа» приказать ближайшему окружению сократить текст, изъяв из него самые острые места.
В процессе работы Комиссии обнаружились серьезные разногласия по вопросам о крепостном состоянии крестьян, о праве дворян заниматься торговлей, о притязаниях купцов на право владеть крепостными и т. д. Продолжавшиеся в течение полутора лет дебаты лишь познакомили императрицу с реальным состоянием дел в стране и запросами сословий, а практического результата в виде новых законов не дали. В январе 1769 г. под предлогом войны с Турцией деятельность Комиссии была приостановлена. Больше в полном составе она не собиралась. Екатерина поняла невозможность сразу переделать законодательство и необходимость реформировать государственную администрацию постепенно.