Finalmente papa Paulo gli fece un motu proprio, come lo creava capo di quella fabbrica con ogni autorità e che e' potessi fare e disfare quel che v'era, crescere e scemare e variare a suo piacimento ogni cosa, e volse che il governo de' ministri tutti dependessino dalla volontà sua. Dove Michelagnolo, visto tanta sicurtà e fede del Papa verso di lui, volse per mostrare la sua bontà che fussi dichiarato nel motu proprio come egli serviva la fabrica per l'amore de Dio e senza alcun premio, se bene il Papa gli aveva prima dato il passo di Parma del fiume, che gli rendeva da secento scudi, che lo perdé nella morte del duca Pier Luigi Farnese e per scambio gli fu dato una cancelleria di Rimini di manco valore, di che non mostrò curarsi, et ancora che il Papa gli mandassi più volte danari per tal provisione, non gli volse accettar mai, come ne fanno fede Messer Alessandro Ruffini, cameriere allora di quel Papa, e Messer Pier Giovanni Aliotti, vescovo di Furlì. Finalmente fu dal Papa aprovato il modello che aveva fatto Michelagnolo che ritirava San Piero a minor forma, ma sì bene a maggior grandezza, che satisfazione di tutti quelli che hanno giudizio, ancora che certi che fanno professione d'intendenti (ma infatti non sono) non lo aprovano. Trovò che quattro pilastri principali fatti da Bramante e lassati da Antonio da S. Gallo, che avevono a reggere il peso della tribuna, erano deboli, e' quali egli parte riempié facendo due chiocciole o lumache da lato, nelle quali sono scale piane, per le quali i somari vi salgano a portare fino in cima tutte le materie, e parimente gli uomini vi possono ire a cavallo infino in sulla cima del piano degli archi. Condusse la prima cornice sopra gli archi di trevertini, che gira in tondo, che è cosa mirabile, graziosa e molto varia da l'altre, né si può far meglio in quel genere. Diede principio alle due nicchie grandi della crociera; e dove prima per ordine di Bramante, Baldassarre e Raffaello, come s'è detto, verso Camposanto vi facevano otto tabernacoli, e così fu seguitato poi dal S. Gallo, Michelagnolo gli ridusse a tre, e di drento tre cappelle, e sopra con la volta di trevertini et ordine di finestre vive di lumi, che hanno forma varia e terribile grandezza, le quali, poi che sono in essere e van fuori in stampa, non solamente tutti quegli di Michelagnolo, ma quegli del San Gallo ancora, non mi metterò a descrivere per non essere necessario altrimenti; basta che egli con ogni accuratezza si messe a far lavorare per tutti que' luoghi dove la fabrica si aveva a mutare d'ordine, a cagione ch'ella si fermassi stabilissima, di maniera che ella non potessi essere mutata mai più da altri: provedimento di savio e prudente ingegno, perché non basta il far bene se non si assicura ancora, poi che la prosunzione e l'ardire di chi gli pare sapere, se gli è creduto più alle parole che a' fatti, e talvolta il favore di chi non intende, può far nascere di molti inconvenienti.
Aveva il populo romano col favore di quel Papa desiderio di dare qualche bella, utile e commoda forma al Campidoglio, et accomodarlo di ordini, di salite, di scale a sdruccioli e con iscaglioni, e con ornamenti di statue antiche che vi erano per abellire quel luogo; e fu ricerco perciò di consiglio Michelagnolo, il quale fece loro un bellissimo disegno e molto ricco, nel quale da quella parte dove sta il Senatore, che è verso levante, ordinò di trevertini una facciata et una salita di scale che da due bande salgono per trovare un piano, per il quale s'entra nel mezzo della sala di quel palazzo, con ricche rivolte piene di balaustri varii che servano per appoggiatoi e per parapetti. Dove per arricchirla dinanzi vi fece mettere i due fiumi a ghiacere, antichi, di marmo sopra a alcuni basamenti, uno de' quali è il Tevere, l'altro è il Nilo, di braccia nove l'uno, cosa rara, e nel mezzo ha da ire in una gran nicchia un Giove. Seguitò dalla banda di mezzogiorno, dove è il palazzo de' Conservatori, per riquadrarlo, una ricca e varia facciata con una loggia da' piè piena di colonne e nicchie, dove vanno molte statue antiche, et attorno sono varii ornamenti e di porte e finestre, che già n'è posto una parte. E dirimpetto a questa ne ha a seguitare un'altra simile di verso tramontana sotto Araceli; e dinanzi una salita di bastoni di verso ponente, qual sarà piana con un ricinto e parapetto di balaustri, dove sarà l'entrata principale con un ordine e basamenti, sopra i quali va tutta la nobiltà delle statue di che oggi è così ricco il Campidoglio. Nel mezzo della piazza in una basa in forma ovale è posto il cavallo di bronzo tanto nominato, su 'l quale è la statua di Marco Aurelio, la quale il medesimo papa Paulo fece levare dalla piazza di Laterano ove l'aveva posta Sisto Quarto. Il quale edifizio riesce tanto bello oggi, che egli è degno d'essere conumerato fra le cose degne che ha fatto Michelagnolo, et è oggi guidato per condurlo a fine da Messer Tomao de' Cavalieri gentiluomo romano, che è stato et è de' maggiori amici che avessi mai Michelagnolo, come si dirà più basso.
Aveva papa Paulo Terzo fatto tirare innanzi al San Gallo, mentre viveva, il palazzo di casa Farnese, et avendovisi a porre in cima il cornicione per il fine del tetto della parte di fuori, volse che Michelagnolo con suo disegno et ordine lo facessi, il quale non potendo mancare a quel Papa, che lo stimava et accarezzava tanto, fece fare un modello di braccia sei di legname della grandezza che aveva a essere, e quello in su uno de' canti del palazzo fé porre, che mostrassi in effetto quel che aveva a essere l'opera, che piaciuto a Sua Santità et a tutta Roma, è stato poi condotto quella parte che se ne vede a fine, riuscendo il più bello e 'l più vario di quanti se ne sieno mai visti, o antichi, o moderni; e da questo, poiché 'l San Gallo morì, volse il Papa che avessi Michelagnolo cura parimente di quella fabrica, dove egli fece il finestrone di marmo con colonne bellissime di mischio che è sopra la porta principale del palazzo con un'arme grande bellissima e varia di marmo di papa Paulo Terzo fondatore di quel palazzo. Seguitò di dentro, dal primo ordine in su del cortile di quello, gli altri due ordini con le più belle varie e graziose finestre, et ornamenti, et ultimo cornicione che si sien visti mai; là dove per le fatiche et ingegno di quell'uomo, è oggi diventato il più bel cortile di Europa. Egli allargò e fé maggior la sala grande, e diede ordine al ricetto dinanzi, e con vario e nuovo modo di sesto in forma di mezzo ovato fece condurre le volte di detto ricetto, e perché s'era trovato in quell'anno alle terme Antoniane un marmo di braccia sette per ogni verso, nel quale era stato dagli antichi intagliato Ercole che sopra un monte teneva il toro per le corna con un'altra figura in aiuto suo, et intorno a quel monte varie figure di pastori, ninfe et altri animali, opera certo di straordinaria bellezza per vedere sì perfette figure in un sasso sodo e senza pezzi, che fu giudicato servire per una fontana, Michelagnolo consigliò che si dovessi condurre nel secondo cortile e quivi restaurarlo per fargli nel medesimo modo gettare acque, che tutto piacque. La quale opera è stata fino a oggi da que' signori Farnesi fatta restaurare con diligenzia per tale effetto. Et allora Michelagnolo ordinò che si dovessi a quella dirittura fare un ponte che attraversassi il fiume del Tevere, acciò si potessi andare da quel palazzo in Trastevere a un altro lor giardino e palazzo, perché per la dirittura della porta principale che volta in Campo di Fiore si vedessi a una ochiata il cortile, la fonte, strada Iulia et il ponte e la bellezza dell'altro giardino, fino all'altra porta che riusciva nella strada di Trastevere, cosa rara e degna di quel pontefice e della virtù, giudizio e disegno di Michelagnolo.