Fu con onoratissime essequie col discorso di tutta l'arte e di tutti gli amici suoi e della nazione fiorentina, dato sepoltura a Michelagnolo in Santo Apostolo in un deposito nel cospetto di tutta Roma, avendo disegnato Sua Santità di farne fare particolare e memoria sepoltura in San Piero di Roma.
Arrivò Lionardo suo nipote che era finito ogni cosa, quantunque andasse in poste; et avutone aviso il duca Cosimo, il quale aveva disegnato che poi che non l'aveva potuto aver vivo et onorarlo, di farlo venire a Fiorenza e non restare con ogni sorte di pompa onorarlo dopo la morte, fu ad uso di mercanzia mandato in una balla segretamente; il quale modo si tenne acciò in Roma non s'avesse a fare romore e forse essere impedito il corpo di Michelagnolo e non lasciato condurre in Fiorenza. Ma innanzi che il corpo venisse, intesa la nuova della morte, ragunatisi insieme a richiesta del luogotenente della loro Accademia i principali pittori, scultori et architetti, fu ricordato loro da esso luogotenente, che allora era il reverendo don Vincenzio Borghini, che erano ubligati in virtù de' loro capitoli ad onorare la morte di tutti i loro fratelli, e che avendo essi ciò fatto sì amorevolmente e con tanta sodisfazione universale nell'essequie di fra' Giovan Agnolo Montorsoli, che primo dopo la creazione dell'Accademia era mancato, vedessero bene quello che fare si convenisse per l'onoranza del Buonarruoto, il quale da tutto il corpo della Compagnia e con tutti i voti favorevoli era stato eletto primo accademico e capo di tutti loro. Alla quale proposta risposero tutti, come ubbligatissimi et affezionatissimi alla virtù di tant'uomo, che per ogni modo si facesse opera di onorarlo in tutti que' modi che per loro si potessino maggiori e migliori. Ciò fatto per non avere ogni giorno a ragunare tante gente insieme con molto scomodo loro, e perché le cose passassero più quietamente, furono eletti sopra l'essequie et onoranza da farsi quattro uomini: Agnolo Bronzino e Giorgio Vasari pittori, Benvenuto Cellini e Bartolomeo Amannati, scultori, tutti di chiaro nome e d'illustre valore nelle lor arti, acciò dico questi consultassono e fermassono fra loro e col luogotenente quanto che e come si avesse a fare ciascuna cosa, con facultà di poter disporre di tutto il corpo della Compagnia et Accademia. Il quale carico presero tanto più volentieri offerendosi, come fecero, di bonissima voglia, tutti i giovani e vecchi, ciascuno nella sua professione, di fare quelle pitture e statue che s'avessono a fare in quell'onoranza. Dopo ordinarono che il luogotenente per debito del suo uffizio et i consoli in nome della Compagnia et Accademia significassero il tutto al signor Duca, e chiedessono quegli aiuti e favori che bisognavano, e specialmente che le dette essequie si potessono fare in San Lorenzo, chiesa dell'illustrissima casa de' Medici, e dove è la maggior parte dell'opere che di mano di Michelagnolo si veggiono in Firenze. E che oltre ciò sua eccellenza si contentasse che Messer Benedetto Varchi facesse e recitasse l'orazione funerale, acciò che l'eccellente virtù di Michelagnolo fusse lodata dall'eccellente eloquenza di tant'uomo, quanto era il Varchi, il quale per essere particularmente a' servigii di sua eccellenza non arebbe preso, senza parola di lei, cotal carico, ancor che come amorevolissimo di natura et affezionatissimo alla memoria di Michelagnolo erano certissimi che, quanto a sé, non l'arebbe mai ricusato. Questo fatto, licenziati che furono gl'accademici, il detto luogotenente scrisse al signor Duca una lettera di questo preciso tenore:
Avendo l'Accademia e Compagnia de' Pittori e Scultori consultato fra loro, quando sia con satisfazione di Vostra Eccellenzia illustrissima di onorare in qualche parte la memoria di Michelagnolo Buonarruoti, sì per il debito generale di tanta virtù, nella loro professione del maggior artefice che forse sia stato mai, e loro particolare, per l'interesse della comune patria, sì ancora per il gran giovamento che queste professioni hanno ricevuto della perfezione dell'opere et invenzioni sue, tal che pare che sia loro obligo mostrarsi amorevoli in quel modo ch'ei possono alla sua virtù, hanno per una loro esposto a Vostra Eccellenzia illustrissima questo loro desiderio e ricercatola come loro proprio refugio di certo aiuto. Io pregato da loro e (come giudico) obligato, per essersi contentata Vostra Eccellenzia illustrissima che io sia ancora questo anno con nome di suo luogotenente in loro compagnia, et aggiunto che la cosa mi pare piena di cortesia e d'animi virtuosi e grati; ma molto più conoscendo quanto Vostra Eccellenzia illustrissima è favoritore della virtù, e come un porto et un unico protettore in questa età delle persone ingegnose, avanzando in questo i suoi antinati, i quali alli eccellenti di queste professioni feciono favori straordinari, avendo per ordine del magnifico Lorenzo Giotto, tanto tempo innanzi morto, ricevuto una statua nel principal tempio, e fra' Filippo un sepolcro bellissimo di marmo, a spese sue proprie, e molti altri in diverse occasioni, utili et onori grandissimi; mosso da tutte queste cagioni, ho preso animo di raccomandare a Vostra Eccellenzia illustrissima la petizione di questa Accademia di potere onorare la virtù di Michelagnolo allievo e creatura particulare della scuola del magnifico Lorenzo, che sarà a loro contento straordinario, grandissima satisfazione all'universale, incitamento non piccolo ai professori di quest'arti et a tutta Italia saggio del bell'animo e pieno di bontà di Vostra Eccellenzia illustrissima, la quale Dio conservi lungamente felice a beneficio de' popoli suoi e sostentamento della virtù.
Alla quale lettera detto signor Duca rispose così:
Reverendo nostro carissimo. La prontezza che ha dimostrato e dimostra codesta Accademia per onorare la memoria di Michelagnolo Buonarruoti, passato di questa a miglior vita, ci ha dato, dopo la perdita d'un uomo così singolare, molta consolazione; e non solo volemo contentarla di quanto ci ha domandato nel memoriale, ma procurare ancora che l'ossa di lui sieno portate a Firenze, secondo che fu la sua voluntà, per quanto siamo avisati: il che tutto scriviamo all'Accademia prefata [per infiammarla] tanto più a celebrare in tutti i modi la virtù di tanto uomo. E Dio vi contenti.
Della lettera poi, o vero memoriale di cui si fa di sopra menzione, fatta dall'Accademia al signor Duca, fu questo il proprio tenore:
Illustrissimo, etc. L'Accademia e gl'uomini della Compagnia del Disegno, creata per grazia e favore di Vostra Eccellenzia illustrissima, sappiendo con quanto studio et affezione ella abbia fatto per mezzo dell'oratore suo in Roma venire il corpo di Michelagnolo Buonarruoti a Firenze, ragunatisi insieme hanno unitamente diliberato di dovere celebrare le sue essequie in quel modo che saperanno e potranno il migliore. Londe, sappiendo essi che Sua Eccellenzia illustrissima era tanto osservata da Michelagnolo, quanto ella amava lui, la suplicano che le piaccia per l'infinita bontà e liberalità sua concedere loro: prima, che essi possano celebrare dette essequie nella chiesa di San Lorenzo, edificata da' suoi maggiori, e nella quale sono tante e sì bell'opere da lui fatte, così nell'architettura, come nella scultura, e vicino alla quale ha in animo di volere che s'edifichi la stanza che sia quasi un nido et un continuo studio dell'architettura, scultura e pittura a detta Accademia e Compagnia del Disegno; secondamente la pregano che voglia far commettere a Messer Benedetto Varchi che non solo voglia fare l'orazione funerale, ma ancora recitarla di propria bocca, come ha promesso di voler fare liberissimamente, pregato da noi, ogni volta che Vostra Eccellenzia illustrissima se ne contenti. Nel terzo luogo supplicano e pregano quella, che le piaccia, per la medesima bontà e liberalità sua, sovenirgli di tutto quello che in celebrare dette essequie, oltra la loro possibilità, la quale è piccolissima, facesse loro di bisogno. E tutte queste cose e ciascuna d'esse si sono trattate e diliberate alla presenza e con consentimento del molto magnifico e reverendo monsignore Messer Vincenzio Borghini, priore degl'Innocenti, luogotenente di Sua Eccellenzia illustrissima di detta Accademia e Compagnia del Disegno. La quale, etc.