Сначала тело Стопина предполагалось положить в Чудове монастыре, чтобы потом отвезти в родной Суздаль (занятый в ту пору «ворами» и шайками Лисовского) и похоронить рядом с предками, но москвичи потребовали, чтобы погребение было совершено в Архангельском соборе в Кремле, рядом с могилами великих князей и царей. Василий Шуйский был вынужден согласиться на это требование. На следующий день тело Скопина было погребено с поистине с царскими почестями: гроб его несли высшие бояре и ближайшие боевые соратники, в Архангельском соборе сам патриарх Гермоген при огромном стечении народа отпевал усопшего воеводу. «Царь Василий не менее других вопил и плакал, — замечает Н.И. Костомаров, — но сознавал ли он все значение своей потери; понимал ли, что вместе с Михаилом порывалось звено, связывавшее его с народом, и что он хоронил свою династию? Во всяком случае, эту смерть он оставил безнаказанной и осиротевшее главное воеводство передал не кому другому, а все тому же ничтожному брату своему Дмитрию».
Короткая, но яркая жизнь и трагическая смерть Скопина поразили воображение современников. Светлый образ царственного юноши вошел в народный фольклор, о его подвигах и смерти слагались сказания и песни. В народе сохранилось убеждение, что Скопин пал жертвой дворцовых интриг и был отравлен недоброжелателями, и этот взгляд прочно вошел в народную поэзию. В одной из песен бояре, проникшись «злою завистью», подговаривают дочь Малюты Скуратова поднести Скопину отравленное питье:
По другому варианту легенды, сама Малютина дочь решила отравить Скопина:
Со страхом и скорбью встречает Скопина его мать:
Сын отвечает:
Он к вечеру, Скопин, и преставился.
Народные предания о смерти Скопина даже трансформировались в былину (хотя сохранились и собственно исторические песни о Скопине), и, таким образом, Михаил Скопин-Шуйский стал единственным историческим персонажем эпохи позднего Средневековья и Нового времени, вошедшим в былинный цикл (этот факт свидетельствует о небывалом впечатлении, которое произвела на современников и их ближайших потомков личность молодого полководца). В былине событие из Москвы перенесено в древний Киев, реальные лица начала XVII века — Скопин и дочь Малюты Скуратова — сидят на пиру вместе с князем Владимиром, Ильей Муромцем и Добрыней Никитичем. Историческое событие приобретает эпические черты: дочь Малюты Скуратова, испросив у князя Владимира разрешения напоить Скопина-богатыря вином, «брала чашечку серебряну» и отправлялась в погреба, где совершила черное дело — подмешала в кубок с вином отраву: