Утром 31 марта «Петропавловск» под флагом командующего вице-адмирала Макарова в составе эскадры вышел из Порт-Артура с целью атаковать отряд японских кораблей, преследовавших русский крейсер «Баян». В ходе завязавшегося боя было обнаружено приближение главных сил японского флота. Учитывая превосходство противника в силах, командующий решил отойти к Порт-Артуру и продолжать бой под прикрытием береговых батарей.
Трагедия произошла в 9 часов 39 минут. Флагман подорвался на японской якорной мине. От взрыва мины произошла детонация боезапаса в носовом артиллерийском погребе. Корабль быстро (через две минуты после взрыва) затонул. Среди погибших были адмирал С. О. Макаров, его начальник штаба контр-адмирал М. П. Молос, художник В. В. Верещагин, сотни других офицеров и матросов.
В тот же день в дневнике Николая II появилась следующая запись: «31-го марта. Среда. Утром пришло тяжелое и невыразимо грустное известие о том, что при возвращении нашей эскадры к Порт-Артуру броненосец «Петропавловск» наткнулся на мину, взорвался и затонул. Погибли адмирал Макаров, большинство офицеров и команды. Кирилл (Кирилл Владимирович – великий князь), легко раненный, Яковлев (Н. М. Яковлев – командир броненосца «Петропавловск», капитан 1 ранга), несколько офицеров и матросов – все раненые – были спасены. Целый день не мог опомниться от этого ужасного несчастья».
К вечеру стало известно, что моряки на шлюпках начали доставлять в Порт-Артур своих товарищей, погибших на «Петропавловске». Александр Васильевич вместе с другими офицерами и свободными от службы матросами поспешили в порт, надеясь узнать о судьбе адмирала Макарова и других знакомых товарищей. Утешительных известий не было. Стало ясно, что большинство погибли. Одна за другой причаливали шлюпки с трупами, и матросы сносили на берег печальный груз. За этой картиной молча наблюдали сотни других моряков, стоя на борту находившегося «раненого» крейсера «Победа». Колчак ушел с порта в самых расстроенных чувствах и, не заходя на свой корабль, направился в церковь.
Броненосцы «Петропавловск», «Севастополь» и «Полтава» на рейде перед выходом в море.
2 апреля в Порт-Артур прибыл адмирал Е. И. Алексеев. Наместника встречали торжественно, с почетным караулом, построением войск и оркестром. Колчак был среди встречавших и с нескрываемым интересом наблюдал за человеком, которому была вверена судьба армии и флота в войне с Японией.
Евгений Иванович Алексеев считался внебрачным сыном Александра II. Он родился 11 мая 1843 года в Петербурге, где в 1863 году окончил Морской кадетский корпус. В следующие десять лет он совершил несколько кругосветных плаваний на корвете «Варяг», клиперах «Яхонт» и «Жемчуг». Затем «проверил» себя на дипломатической службе, будучи морским агентом (атташе) во Франции. В 1886–1891 годах командовал крейсером «Адмирал Корнилов», выслужив чин контр-адмирала. С 1892 года помощник начальника Главного морского штаба. В 1895–1897 годах начальник Тихоокеанской эскадры, вице-адмирал, в 1897–1899 годах старший флагман Черноморской флотской дивизии. С августа 1899 года главный начальник и командующий войсками Квантунской области, а также морскими силами на Тихом океане. Командовал русскими войсками при подавлении Ихэтаньского восстания в Северном Китае, руководил штурмом Дату и Тяньцзиня. С 1901 года генерал-адъютант.
30 июля 1903 года Евгений Иванович был произведен в адмиралы и назначен наместником царя на Дальнем Востоке. Под его руководством проводился ряд мероприятий по подготовке к предстоящей войне, строительству оборонительных сооружений, подготовке местного ополчения. С начала Русско-японской войны адмирал Алексеев был назначен главнокомандующим сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке.
С гибелью Степана Осиповича Макарова активные действия русского флота, базировавшегося в Порт-Артуре, фактически прекратились. Командование эскадрой принял на себя Алексеев, сразу же отказавшийся от всякой борьбы за инициативу на море. В начале мая в связи с угрозой блокады Порт-Артура он выехал в Мукден, передав командование русским флотом контр-адмиралу В. К. Витгефту. Получив указания наместника придерживаться оборонительного характера действий, он укрыл эскадру на внутреннем рейде Порт-Артура.