В народной медицине в качестве, лекарственных средств используются семена льна и масло, добываемое из них. Семена льна назначаются как отхаркивающее и противокашлевое средство при пневмонии, острых и хронических бронхитах. Они широко применяются в качестве слабительного средства при запорах, особенно при хронических колитах. С этой целью 2 чайных ложки семян измельчают и разводят 1 стаканом кипятка. Употребляют по 100—150 мл 2—3 раза в день. Отвар семян применяется при циститах, камнях мочевого пузыря. Масло льняное в таджикской народной медицине используется для лечения туберкулеза, при хронических холециститах, хронических колитах и геморрое.
Кашица из семян льна и льняное масло применяются при лечении ран, ожогов, кровоподтеков, трещин на открытых кожных покровах. Разогретые сухие семена льна в мешочках или завернутые в мягкую ткань в виде компрессов прикладывают на ночь к больному суставу при полиартритах или артритах, к пояснице при радикулитах, либо к мышцам при миозитах.
В древневосточной медицине семена льна применялись в качестве лекарства, обладающего растворяющим, очищающим и смягчающим свойствами. Семена льна в прошлом ширбко использовались из-за горячей и сухой натуры. Одежда из льняной ткани рекомендовалась людям с горячей натурой, а также при сухой и жаркой летней погоде.
По описаниям Авиценны, льняное семя в жареном виде помогает от слизистого кашля, от язв мрчевого пузыря и почек. Окуривание льняным семенем помогает от насморка. Отвар льняного семени, если его применить в клизме вместе с розовым маслом, приносит большую пользу при язвах в кишках. По словам ибн Сины, использование льняных семян с природной содой и инжиром — хорошая лекарственная повязка от веснушек и «молочных прыщей». Льняное семя, если его смешать с равным количеством кресса посевного и замесить с медом, не позволяет ногтям морщиться, трескаться и шелушиться. Льняное семя наружно или введенное внутрь смягчает горячие опухоли, а в смеси с золистой водой смягчает опухоли за ушами и твердые опухоли. Если смешать семя с воском и медом, оно помогает от спазмов и особенно от сморщивания ногтей.
По описаниям Мухаммада Хусейна Шерази, три дирхема (8,9 г) льняного семени, принятые внутрь, хорошо очищают грудь, способствуют созребанию материй и рассасыванию опухолей в печени и других органах. Поджаренное льняное семя закрепляет и останавливает кровохаркание, полезно при мучительном кашле. Употребление внутрь пол мискаля льняного семени ежедневно в течение длительного времени полезно при болях в кишках, действует как мочегонное и потогонное, увеличивает отделение молока у кормящих матерей, хорошо смягчает организм, помогает при язвах в почках и мочевом пузыре. Примочки из льняного семени делают при твердых опухолях, язвах на голове. Если посыпать порошком из жженых льняных семян на рану, то это высушивает и успокаивает боль и зуд. Слизью льняного семени закапывают глаза, а также смазывают их при воспалении, т. е. конъюнктивитах. Древние медики рекомендовали разовую дозу для льняных семян от 3 (8,8 г) до 4 (11,8 г) дирхемов. Одежду из льняной ткани считали полезной при чесотке и повышенном потоотделении.
В современной медицине из семян льна получают такие целебные средства, как слизь семян льна, масло льняное и препарат линетол. Слизь семян готовится непосредственно перед употреблением следующим образом: 1 часть цельного льняного семени заливается 2-мя частями горячей кипяченой воды, взбалтывается в течение 15 мин, процеживается. После охлаждения принимают внутрь по 2—3 столовых ложки 3—4 раза в день за 20—30 мин до еды. Для улучшения вкуса можно добавить 0,5—1,0 стол, ложку фруктового сока или сиропа. Слизь из семян льна быстро портится, поэтому ее следует готовить ежедневно. Слизь применяют внутрь как обволакивающее и смягчающее, противовоспалительное и защитное средство при язвенной болезни желудочно-кишечного тракта. При хронических колитах и запорах — как слабительное назначается по 0,5 стакана 2 раза в сутки. При отравлениях слизь назначается после промывания желудка. Кроме того слизь семян льна в медицине часто добавляется к растворам и микстурам, имеющим неприятный вкус, или обладающим местнораздражающим действием. Обволакивающие свойства слизи уменьшают прижигающие действия лекарств и устраняют неприятный вкус (острый, горький) и запах лекарственных веществ. Льняное масло широко применяется в качестве диетического и лечебного средства для профилактики и лечения заболеваний, связанных с нарушением жирового обмена, особенно атеросклероза. Оно богато ненасыщенными жирными кислотами, которые обладают гипохолестеринемическими свойствами. Ненасыщенные жирные кислоты — линоленовая, линолевая, а также арахидоновая, которая встречается лишь в животных тканях, в настоящее время условно объединяют под названием «витамин F». Кроме того льняное масло назначается внутрь в качестве легкого слабительного средства (по 1—2 стол, ложки на ночь) при хронических запорах. Наружно оно применяется для лечения ожогов и трещин кожных покровов.