Лелевель чувствовал себя хорошо в Вильне. Одновременно с работой в университете он готовил новые научные публикации, в частности обширный том «Древняя история». Он нашел также в Литве преданных друзей и, как мы увидим далее, известное поле общественной активности. Зато плохо обстояло дело с его ученой карьерой. Лелевель не принадлежал к числу тех, кто умеет и стремится заботиться о материальных благах. Попечительство намекало на перспективу назначения его адъюнктом и на предоставление стипендии для заграничного путешествия. Более старые профессора с завистью наблюдали за успехами пришельца из Варшавы. После трех лет преподавания вопрос о назначении Лелевеля на кафедру продолжал оставаться открытым. Между тем в Варшаве был основан новый университет, и Лелевель надеялся получить кафедру истории в своем родном городе. Впрочем, и это кончилось ничем: в Варшаву его пригласили на должность библиотекаря и предложили читать курс библиографии. Это значительно сужало область влияния Лелевеля на молодежь по сравнению с лекциями, которые он читал в Вильне. Однако, с другой стороны, предлагаемая ему в Варшаве должность означала продвижение по службе и открывала новое поле для научной работы. А прежде всего он мог показать руководителям Виленского университета, что он не зависит исключительно от их милости. В 1818 году Лелевель переехал в Варшаву, не испытывая, впрочем, по этому поводу особого энтузиазма. Ян Снядецкий, в это время уже не ректор, с удовлетворением приветствовал это решение. «Я поздравляю наш (университет), — писал он Чарторыскому, — что он избавится от этого человека, у которого наука отняла разум, а взрастила наглость».
Между тем варшавская должность принесла Лелевелю разочарование. Директором вновь создаваемой университетской библиотеки был назначен пожилой человек, знаменитый автор «Словаря польского языка» Самуэль Богуслав Линде. Лелевель должен был ему помогать — это означало, что на него ложилась вся работа, честь за которую доставалась другому. Собственно научным результатом этих нескольких лет библиотечной деятельности Лелевеля стали «Две книги библиографии», труд, явившийся исходным пунктом позднейших прославленных библиографических публикаций в Польше. Чтение лекций по библиографии в Варшавском университете Лелевеля не привлекало, он хотел добиться права читать лекции на иную тему, более интересную для слушателей.
В 1820 году он читал курс всеобщей истории XVI–XVII веков, но не завоевал большой популярности. В отличие от Вильны в Варшаве была популярна пышная, стилистически безупречная риторика позднего классицизма. Терминология и стиль Лелевеля оскорбляли вкус столичных салонов.
Не добился Лелевель успеха и в Обществе друзей наук, почтенном и заслуженном учреждении, основанном в 1800 году. В обществе заседали ученые старшего поколения во главе со знаменитым Сташицем, заседали также аристократы, интересующиеся наукой или жертвующие на научные цели. О принятии Лелевеля в члены общества речь шла еще в 1811 году. Еще трижды — в 1813, 1815 и 1820 годах — ставилась на баллотировку эта кандидатура, каждый раз с отрицательным результатом, несмотря на огромные уже научные заслуги кандидата. Он был принят в действительные члены общества лишь в 1821 году. Такое затягивание было нелестным свидетельством о самом обществе, но Лелевеля оно должно было оскорбить. Ему предъявлялась претензия, что он все еще не имеет ученой степени; тогда Краковский университет, с которым Лелевель никогда не был связан, прислал ему заочно диплом доктора философии.
Из важнейших трудов Лелевеля варшавского периода следует назвать «Древнюю историю Индии», безупречную для своего времени по качеству книгу, к тому же первую на эту тему в Польше. Особенное, однако, внимание привлекла другая монография, а скорее эссе — «Историческая параллель между Испанией и Польшей в XVI, XVII, XVIII вв.». Это был первый опыт применения Лелевелем выдвигавшегося им постулата сравнительной истории, понимаемой к тому же новаторски: не как любопытная самоцель, а как материал для выявления общих закономерностей и местной специфики. Испания и Польша были государствами, которые в XVI веке стояли на вершине могущества, а в течение последующих столетий переживали все больший упадок. Одинаковы ли были причины этих двух параллельных процессов и если так, то в чем они заключались? Каковы были — в Испании и в Польше — шансы будущего возрождения? Эти проблемы будоражили общество в 1820 году, когда была написана лелевелевская «Параллель». В Испании именно в это время вспыхнула революция, судьба которой живо занимала патриотические и конспиративные круги в Польше. И вновь следует заметить, что обращение Лелевеля к «испанской» тематике, пусть и в историческом аспекте, могло возбудить в Варшаве подозрения.