В то время рисунки Леонардо уже пользовались известностью, его картины привлекали всеобщее внимание. Художник своим творчеством изменял общепринятые эстетические каноны, разрушал существующие понятия. Новых художников находили дерзкими. Многих граждан, привыкших к наивным формам искусства, раздражали изображения болезненных лиц с утонченными улыбками, некий скрытый смысл, который они несли. Не было никаких обличительных документов, никаких достоверных доказательств – только анонимное обвинение, донос, брошенный в специально предназначенный для этого ящик на стене. 9 апреля 1476 года Леонардо да Винчи вместе с тремя другими флорентийцами – ювелиром, торговцем готовым платьем и человеком, охарактеризованным только тем, что «он всегда носит черную одежду», был привлечен к ответственности по доносу, в котором указывалось, что некий семнадцатилетний юноша, Якопо Сальтарелло, известный своим безнравственным поведением в сношениях со многими господами, в последнее время стал угождать четырем лицам, среди которых был Леонардо, сын Пьетро да Винчи, проживающий у Андреа Верроккио. По судебному приговору обвиняемые были условно оправданы до нового, окончательного рассмотрения этого дела. Через два месяца, 7-го июня 1476 года, обвиняемых окончательно оправдали, вероятно, за отсутствием новых улик. Несмотря на оправдание, этот эпизод стал хорошо известен в городе. Обвинение в безнравственном поведении могло сильно испортить едва начавшуюся карьеру Леонардо.
В этом же, 1476 году он переехал от Верроккио.
С 1333 г. в одной из капелл Старого дворца, резиденции правительства Флоренции, стоял запрестольный образ, написанный Бернардо Дадди, последователем великого Джотто. Прошло время, и правительство Флоренции, следуя за модой, решило заменить его. 24 декабря 1477 г. заказ на новый запрестольный образ был передан художнику Пьеро дель Поллайоло. Это была выгодная и почетная работа. Леонардо меж тем остро нуждался в деньгах: содержание породистых лошадей и франтовство требовали немалых средств. Пьетро да Винчи, не желая больше содержать сына, решил помочь ему иным путем.
Благодаря его связям этот заказ специальным постановлением Синьории от 1 января 1478 г. был передан «в отмену любого другого заказа, сделанного до сего времени каким бы то ни было образом, как бы то ни было и кому бы то ни было, Леонардо, сыну сэра Пьетро да Винчи, живописцу».
Едва приступив к выполнению заказа, 16 марта 1478 г. Леонардо просит об авансе в 25 золотых флоринов, что было довольно немалой суммой, и получает его. Он в своем обычном неспешном стиле составлял краски, грунты, выстраивал композицию, рисовал эскизы. Неудивительно, что работа продвигалась очень медленно. Каждая из этих задач отнимала у него много времени. Однако заказчику не было дела до изысканий Леонардо, ему нужен был запрестольный образ. В итоге в 1483 г. работу передали другому художнику.
В 1478 г. группой влиятельных флорентийских граждан во Флоренции был организован заговор против Лоренцо и Джулиано Медичи, получивший впоследствие название «заговор Пацци». Действия заговорщиков активно поддерживал папа Сикст IV. Руководил комплотом претендент на власть в городе Франческо Пацци и родственник папы пизанский архиепископ Франческо Сальвиати. В числе заговорщиков был Бернардо Бандини, речь о котором пойдет далее. 26 апреля 1478 г. во флорентийском соборе во время мессы заговорщики окружили братьев Медичи. Джулиано был заколот Бандини и Франческо Пацци. Ярость последнего была такова, что он, нанося удары кинжалом уже мертвому Джулиано, сильно поранил себя. Легко раненому Лоренцо Медичи при помощи друзей удалось укрыться в ризнице. Заговор провалился, его участники были схвачены и повешены на окнах Старого дворца. Однако убийце Джулиано – Бандини – удалось бежать.
По флорентийскому обычаю повешенных должны были изобразить на стенах правительственных зданий в назидание неблагонадежным гражданам. Многие художники, в том числе Леонардо, хотели получить этот выгодный заказ. Однако Пьетро да Винчи, видимо, не удалось выхлопотать эту работу для сына. Ее получил Боттичелли.