В позиции Шебаршина по Афганистану видны и некоторые противоречия. С одной стороны, он положительно и, думается, вполне заслуженно оценивает роль Комитета государственной безопасности СССР, который «играл активнейшую роль на всех этапах афганской эпопеи, от организации переворота до вывода войск».
Советники КГБ, рассказывал Леонид Владимирович, учили сотрудников афганской Службы государственной информации (переименованной позже в Министерство государственной безопасности), помогали им разрабатывать и проводить оперативные мероприятия, ставить деятельность СГИ на прочную организационную основу.
Шебаршин выделял одно очень важное направление в этой работе:
«Именно в ходе этого взаимодействия была разработана и практически осуществлялась концепция установления договорных отношений между афганскими властями и вооружёнными формированиями оппозиции. Это была сложная, кропотливая работа, требовавшая детальной осведомлённости о положении дел в стане противника, о взаимоотношениях предводителей отдельных племён, кланов, групп. Отыскивались посредники, которые помогали устанавливать нужные контакты, велись длительные переговоры. В обмен на согласие прекратить огонь оппозиционеры получали продовольствие, деньги, оружие. Договорённости часто нарушались обеими сторонами. Власти нередко не выполняли своих обязательств, оппозиционеры — своих. Война продолжалась по всему Афганистану, но работа СГИ давала существенный результат. Оппозиция не смогла создать единого антиправительственного фронта не только в силу своих внутренних органических разногласий. Усилия ЦРУ США и пакистанской военной разведки, направленные на сплочение оппозиции, уравновешивались усилиями органов государственной безопасности Афганистана, опиравшихся на поддержку КГБ СССР. Военные разведчики устанавливали и успешно развивали отношения со многими лидерами оппозиции, в том числе и с известным Ахмад-Шахом Масудом».
Вместе с тем, когда знакомишься с опубликованными воспоминаниями Шебаршина, создаётся впечатление, что на этом перечень наших позитивных дел в Афганистане и заканчивается. А кроме советников и подразделений КГБ никакие другие службы и организации вроде бы и не имеют права претендовать на положительную оценку своей деятельности.
Видимо, на суждениях Шебаршина всё же сказалась специфика общения, круга людей (как с советской, так и с афганской стороны), с которым приходилось ему иметь дело в командировках. Только этим можно, например, объяснить такое высказывание:
«Потребовалось несколько лет, чтобы убедиться, никогда не признавая этого публично, что межведомственное соперничество способно парализовать любое действие. Что институт партийных, комсомольских и административных советников некомпетентен. Что армия не приспособлена к ведению боевых действий в афганских условиях. Что всё это вместе взятое является продуктом упадка нашей собственной системы».
Некомпетентного человека, обывателя подобные заявления способны повергнуть в ужас — ведь перед глазами встают картины всеобщего хаоса и анархии. И на этом фоне как-то кажется странным, что катастрофы в Афганистане всё же не случилось. И что за несколько лет военных действий ситуация в стране ни разу не вышла из-под контроля советской стороны. Хорошо известно, например, что противник исключительно высоко ценил боеспособность наших воинских частей и подразделений, которые несли в условиях войны минимальные потери и организованно вернулись на родину. Думается, существенный задел на будущее оставил «за речкой» и хорошо подготовленный к решению специфических задач советнический аппарат, в большинстве своём честно исполнявший свой долг, и большой отряд специалистов, поддерживавший (нередко с риском для жизни) жизнеспособность хозяйственного механизма страны, и, конечно, дипломатический корпус.
Мы не были завоевателями и не оставили после себя атмосферы ненависти, как предрекали наши недруги.
Об этом, например, свидетельствует рассказ самого Леонида Владимировича о его командировке в Герат — провинциальный центр Афганистана (состоялась эта поездка в ноябре 1989 года, через несколько месяцев после окончания войны):