Хотя большинство морских бактерий считаются безвредными для окружающей среды и человека, отстой в море консервирует и долго хранит множество специфических микробов человека. Результаты микробиологических исследований поначалу выглядели утешительно. Они показали, что типичные бактерии кишечного тракта человека, так называемая кишечная палочка, попадая в морскую воду, быстро погибают. Однако эти эксперименты не были проверены в условиях большой свалки отстоя. Позднее было установлено, что даже через полтора года после захоронения отстоя на дне моря в нем еще сохраняется большое количество самых распространенных кишечных спутников человека Escherichia coli. Кишечные бактерии были найдены в шельфовых отложениях в радиусе 11 километров от Нью-Йоркской свалки, а фекалии распространились более чем на 30 километров вдоль шельфового канала, идущего к подводному каньону реки Гудзон. Сам по себе Е. coli безвредный вид. Однако благодаря большому количеству и легкой узнаваемости они используются как индикатор присутствия среди загрязнений человеческих фекалиев, которые могут содержать и настоящие болезнетворные формы.
По своей долговечности и устойчивости к методам очистки сточных вод хуже вирусов, пожалуй, нет никого. Находясь ниже бактерий на эволюционной ступени развития, вирусы даже в малых количествах могут вызвать опасные инфекционные заболевания. Случайное или вызванное какими-то иными причинами сбрасывание канализационного отстоя на мелководье вблизи пляжей, в районах, где производится лов рыбы, идущей для питания людей, превращает проблему общественного здоровья в дело исключительной важности. Двустворчатые моллюски, преимущественно мии и устрицы, получили печальную известность за их способность накапливать в себе вирусы, среди них и вирус полиомиелита. Зараженные вирусами морские продукты вызывают вспышки и такой болезни, как гепатит. Проблема вирусов остается главным камнем преткновения в использовании канализационного отстоя в сельском хозяйстве. Даже в лабораторных условиях невозможно как следует очистить отстой от вирусов, а он является основным источником питания для микроскопических водорослей, которыми, в свою очередь, питаются устрицы. Даже если в окружающей среде возбудители имеются в самых ничтожных количествах, устрицы накапливают их до уровня, который становится уже весьма опасным, и доставляют их прямо по назначению. Гораздо менее опасно использовать сухой, обработанный отстой в качестве удобрения для наземных сельскохозяйственных культур. А в свете стремительно растущей стоимости очищенных химических веществ, применяемых в сельском хозяйстве, захоронение на континентальном шельфе больших количеств органических нитратов, фосфатов и других соединений, пригодных для удобрения, представляется чрезвычайно расточительным.
Захоронение в море грунта, вынутого при дноуглубительных работах, имеет во многих отношениях такие же последствия, как сброс канализационного отстоя. Отвалы грунта из портовых каналов погружаются на баржи и сбрасываются в этом же районе, практически рядом с берегом. На дне моря, всего в восьми километрах от Хайленда, штат Нью-Джерси, загрязненный ил в виде вязкой массы, сходной по своим физическим свойствам с отстоем, покрывает чистый песок. Кроме того, вынутый при дноуглубительных работах грунт часто бывает богат веществами органического происхождения, вызывающими естественный рост бактерий, что приводит к кислородному истощению среды. Но даже хорошо промытый грунт, поступающий из землечерпалок, может привести к массовой гибели донных животных, и такие прецеденты уже были. В отличие от большинства видов отстоя, грунт, вынутый при дноуглубительных работах, содержит большое количество ядовитых веществ антропогенного происхождения: нефть, металлы, кислоты и другие химикалии. В некоторых местах сброса грунта не удалось обнаружить даже признаков жизни. Если, однако, на участках сброса жизнь продолжается, ее разнообразие сильно уменьшается; в донных сообществах начинают господствовать небольшие, колючие, чрезвычайно плодовитые черви и некоторые другие стойкие существа, которые редко встречаются среди обычных жителей песчаного шельфа.