Немаловажный вопрос предстояло решить Прохору: куда и в какой монастырь идти ему. Слава подвижнической жизни иноков Саровской пустыни, где были уже многие из курских жителей и настоятельствовал о. Пахомий, курский уроженец, склоняла его идти к ним, но ему хотелось предварительно быть в Киеве, чтобы посмотреть на труды Киево-Печерских иноков, испросить наставление и советы от старцев, познать через них волю Божию, утвердиться в своих мыслях, получить благословение от какого-нибудь подвижника и, наконец, помолиться и благословиться у св. мощей прпп. Антония и Феодосия, первоначальников иночества. Прохор отправился пешком, с посохом в руке, и с ним шли еще пять человек курских купцов. В Киеве, обходя тамошних подвижников, он прослышал, что недалеко от св. лавры Печерской, в Китаевской обители, спасается затворник по имени Досифей, имеющий дар прозорливости. Придя к нему, Прохор упал к ногам его, целовал их, раскрыл перед ним всю свою душу и просил наставлений и благословения. Прозорливый Досифей, видя в нем благодать Божию, уразумев его намерения и провидя в нем доброго подвижника Христова, благословил его идти в Саровскую пустынь и сказал в заключение (Краткое жизнеописание старца Серафима, изд. Дивеевского монастыря 1874 г., с.7):
— Гряди, чадо Божие, и пребуди тамо. Место сие тебе будет во спасение, с помощью Господа. Тут скончаешь ты и земное странствие твое. Только старайся стяжать непрестанную память о Боге через непрестанное призывание имени Божия так: Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешного! В этом да будет все твое внимание и обучение: ходя и сидя, делая и в церкви стоя, везде, на всяком месте, входя и исходя, сие непрестанное вопияние да будет и в устах, и в сердце твоем; с ним найдешь покой, приобретешь чистоту духовную и телесную, и вселится в тебя Дух Святой, источник всяких благ, и управит жизнь твою во святыне, во всяком благочестии и чистоте. В Сарове и настоятель Пахомий богоугодной жизни; он последователь наших Антония и Феодосия!
Беседа блаженного старца Досифея окончательно утвердила юношу в добрых намерениях. Отговевши, исповедавшись и причастившись Св. Тайн, поклонившись еще раз св. угодникам Киево-Печерским, он направил стопы свои на путь и, охраняемый покровом Божиим, благополучно прибыл опять в Курск, в дом своей матери. Здесь он прожил еще несколько месяцев, даже ходил в лавку, но торговлей уже не занимался, а читал душеспасительные книги в назидание себе и другим, которые приходили поговорить с ним, расспросить о св. местах и послушать чтение. Это время было его прощанием с родиной и родными.
Как уже сказано, Прохор вступил в Саровскую обитель 20 ноября 1778 года, накануне праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы. Стоя в церкви на всенощном бдении, видя благочинное совершение службы, замечая, как все, от настоятеля до последнего послушника, усердно молятся, он восхитился духом и порадовался, что Господь здесь указал ему место для спасения души. Отец Пахомий с малолетства знал родителей Прохора и потому с любовью принял юношу, в котором видел истинное стремление к иночеству. Он определил его в число послушников к казначею иеромонаху Иосифу, мудрому и любвеобильному старцу. Сперва Прохор находился в келейном послушании старца и с точностью исполнял все монашеские правила и уставы по его указанию, в келье он служил не только безропотно, но и всегда с усердием. Такое поведение обратило на него внимание всех и приобрело ему расположение старцев Иосифа и Пахомия. Тогда ему стали назначать, кроме келейного, еще послушания по порядку: в хлебне, в просфорне, в столярне. В последней он был будилыциком и исполнял довольно долго это послушание. Затем он исполнял пономарские обязанности. Вообще юный Прохор, бодрый силами, проходил все монастырские послушания с великой ревностью, но, конечно, не избегал многих искушений, как печали, скуки, уныния, которые действовали на него сильно. «С духом печали, — говорил он впоследствии, — неразлучно действует и скука. Скука, по замечанию отцов, нападает на монаха около полудня и производит в нем такое страшное беспокойство, что несносны ему становятся и местожительство, и живущие с ним братья, а при чтении возбуждается какое-то отвращение, и частая зевота, и сильная алчба. По насыщении чрева демон скуки внушает монаху помыслы выйти из кельи и с кем-нибудь поговорить, представляя, что не иначе можно избавиться от скуки, как непрестанно беседуя с другими. И монах, одолеваемый скукой, подобен пустынному хворосту, который то немного остановится, то опять несется по ветру. Он, как безводное облако, гонится ветром. Сей демон, если не может извлечь монаха из кельи, начинает развлекать ум его во время молитвы и чтения. Это, говорит ему помысл, лежит не так, а это не тут, надобно привести в порядок, и это все делает для того, чтобы ум сделать праздным и бесплодным».
«Болезнь сия врачуется, — говорил он по собственному опыту, — молитвой, воздержанием от празднословия, посильным рукоделием, чтением слова Божия и терпением, потому что и рождается она от малодушия и праздности и празднословия».
Жизнь юного Прохора до пострижения в монашество ежедневно распределялась так: в определенные часы он был в церкви на богослужении и правилах. Подражая старцу Пахомию, он являлся как можно ранее на церковные молитвы, выстаивал неподвижно все богослужение, как бы продолжительно оно ни было, и никогда не выходил прежде совершенного окончания службы. В часы молитвы всегда стоял на одном определенном месте. Для предохранения от развлечения и мечтательности, имея глаза, опущенные долу, он с напряженной внимательностью и благоговением слушал пение и чтение, сопровождая их молитвой.
Прохор любил уединяться в своей келье, где у него, кроме молитвы, были занятия двух родов: чтение и телесный труд. Псалмы он читал и сидя, говоря, что утружденному это позволительно, а Св. Евангелие и Послания Апостолов — всегда стоя пред св. иконами, в молитвенном положении, и это называл бдением (бодрствованием). Постоянно он читал творения св. отцов, например, Шестоднев св. Василия Великого, беседы св. Макария Великого, Лествицу прп. Иоанна, Добротолюбие и проч. В часы отдохновения он предавался телесному труду, вырезал кресты из кипарисного дерева для благословения богомольцам. Когда Прохор проходил столярное послушание, то отличался большим усердием, искусством и успехами, так что в расписании он один из всех назван Прохором-столяром. Он также ходил на общие для всей братии труды: сплавлять лес, приготовлять дрова и т. п. Как он проводил ночи, а также принимал пищу, известно из его личного свидетельства. Он говорил, наставляя других: «Сидя за трапезой, не смотри и не осуждай, кто сколько ест, но внимай себе, питая душу молитвой. За обедом ешь довольно, за ужином повоздержись. В среду и пяток, аще можешь, вкушай по однажды. Каждый день непременно в нощи спи три часа: десятый, одиннадцатый и двенадцатый час до полуночи. Аще изнеможешь, можно вдобавок днем спать. Сие держи несумненно до кончины жизни: ибо оно нужно для успокоения головы . твоей. И я с молодых лет держал таковый путь. Мы и Господа Бога всегда просим об упокоении себя в ночное время. Аще тако будешь хранить себя, то не будешь уныл, но здрав и весел». С течением времени от слишком напряженного состояния, от недостатка в ночном отдыхе о. Серафим, как сам неоднократно сказывал, получил сильную головную боль. Болезнь эта разрешилась сама собой, когда он начал несколькими часами более давать себе отдых во время ночи. После этого о. Серафим, на основании собственного опыта, советовал немощным спать 6 часов в сутки, а более сильным телом и крепким душой — пять часов, повторяя при этом наставление отцов-пустынников, что мы не тело, а страсти умерщвлять научаемся.
Видя примеры пустынножительства о. игумена Назария, иеромонаха Дорофея, схимонаха Марка, юный Прохор стремился духом к большому уединению и подвижничеству, а потому испросил благословение своего старца о. Иосифа оставлять монастырь в свободные часы и уходить в лес. Там он нашел уединенное место, устроил сокровенную кушу и в ней совершенно один предавался богоразмышлению и молитве. Если, говорил о. Серафим, не всегда можно пребывать в уединении и молчании, живя в монастыре и занимаясь возложенными от настоятеля послушаниями, то хотя некоторое время, остающееся от послушания, должно посвящать на уединение и молчание; и за это малое Господь Бог не оставит ниспослать на тебя богатую Свою милость. Такое правило теперь исполнял сам Прохор, удаляясь в пустынную кущу. Созерцание дивной природы возвышало его к Богу, и, по словам человека, бывшего впоследствии близким к старцу Серафиму, он здесь совершал правило, еже даде Ангел Господень великому Пахомию, учредителю иноческого общежития. Это правило совершается в следующем порядке: Трисвятое и по Отче наш: Господи, помилуй, 12. Слава и ныне: Приидите поклонимся — трижды. Псалом 50: Помилуй мя, Боже. Верую во единого Бога… Сто молитв: Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешного и по сем: Достойно есть и отпуст. Это составляло одно моление, но таких молитв надлежало совершить по числу суточных часов, двенадцать днем и двенадцать ночью. Это правило, принятое в Саровской пустыни, Прохор исполнял по наставлению старца Иосифа с самого поступления в монастырь. Но в куще, среди природы, наедине с Богом, он сосредоточеннее и с большим умилением предавался молитвенному подвигу. С молитвой он соединял воздержание и пост: в среду и пятницу не вкушал никакой пищи, а в другие дни недели принимал ее только один раз. Всем видимо стало, что Прохор ставит себя твердо на пути иноческого жития, и поэтому его любили и уважали во времена игуменства Пахомия как необыкновенного подвижника. Подобный Прохору был в то время 25-летний послушник Василий, вступивший в пустынь в 1787 году из мещан г. Темникова и предназначенный Господом в будущем в строители Саровской пустыни под именем Нифонта.