Sovietinėje 1940 m. konstitucijoje, kaip ir ankstesnėse Lietuvos Respublikos konstitucijose, buvo įrašytas straipsnis, jog Lietuvos TSR sostinė yra Vilnius. Aukščiausiosios Tarybos sesija rugpjūčio pabaigoje įpareigojo Liaudies Komisarų Tarybą iki 1941 m. gegužės 1 d. perkelti į Vilnių vyriausybę ir respublikinės valdžios įstaigas. 1940 m. rudenį iš Kauno į Vilnių persikėlė Sveikatos apsaugos ir Švietimo, o 1941 m. pavasarį—Teisingumo liaudies komisariatai. Tačiau iš tikrųjų Vilnius iki karo sostine taip ir netapo, nes LKP Centro Komitetas, Aukščiausiosios Tarybos Prezidiumas, Liaudies Komisarų Taryba, dauguma liaudies komisariatų bei vyriausybinių įstaigų liko Kaune.
Spalio 11 d. LTSR Aukščiausiosios Tarybos Prezidiumas priėmė įsaką „Apie Lietuvos TSR švenčių dienas". Šventėmis buvo paskelbti Naujieji metai, sausio 22-oji (V. Lenino minėjimo diena), gegužės 1 bei 2-oji („tarptautinio proletariato solidarumo bei kovotojų revoliucinių jėgų apžiūros" dienos), liepos 21-oji, lapkričio 7 bei 8-oji ir gruodžio 5-oji (Stalino konstitucijos diena). Komentuodama šį įsaką, „Tarybų Lietuva" spalio 12 d. rašė, kad nuo šiol nereikalingos „visos kitos iki šiol švęstos šventės, tiek religinės, tiek buvusios buržuazinės Lietuvos nustatytos".
Paskelbus Lietuvą sovietine respublika, jos valdymo struktūra buvo suvienodinta su SSRS valdymo struktūra. Rugpjūčio 25 d. „Liaudies" seimas pasivadino Aukščiausiąja Taryba ir panaikino prezidento postą. Jį pakeitė AT Prezidiumas, kurio pirmininku buvo išrinktas (iš tikrųjų LKP CK paskirtas, o VKP(b) CK patvirtintas) J. Paleckis, o jo pavaduotoju — komunistas pogrindininkas (vėliau Rainių budelis) D. Ročius. Ministrų Taryba buvo pavadinta Liaudies Komisarų Taryba (pirmininkas M. Gedvilas), o ministrai — liaudies komisarais.
Lietuvoje, kaip ir visoje Sovietų Sąjungoje, vienas iš svarbiausių stalininės diktatūros ramsčių buvo komunistų partija. Jos narių skaičius Lietuvoje pirmuoju sovietmečiu išaugo nuo 1,5 iki
4,7 tūkst., o „artimiausio partijos pagalbininko bei rezervo1*" VLKJS — nuo 1 iki 13 tūkst. 1941 m. sausio pabaigoje tarp LKP (b) narių lietuvių buvo 53 procentai, rusų — 25 procentai, žydų —15 procentų, baltarusių, ukrainiečių ir kt.— per 6 procentus. Svarbiausias akstinas stoti į partiją bei komjaunimą — noras padaryti karjerą (1941 m. pradžioje du trečdaliai komunistų buvo tarnautojai). Tačiau netrūko ir idealistų, nuoširdžiai tikėjusių greitu „šviesaus komunizmo rūmo pastatymu11, net fanatikų. Toks buvo A. Sniečkus, 1941 rn.- birželį sankcionavęs savo tikro brolio ištrėmimą.
1940 m. rudenį vietoj sekretoriato buvo sudarytas LKP CK biuras, kurio nariais tapo A. Sniečkus, I. Meskupas (antrasis CK sekretorius), K- Preikšas (CK sekretorius ideologijai), J. Paleckis, M. Gedvilas, A. Guzevičius (vidaus reikalų liaudies komisaras) ir Maskvos atsiųstas D. Šupikovas (LKP CK organizacinio skyriaus vedėjas). 1941 m. vasari (po LKP (b) V suvažiavimo) biurą papildė partijos Kauno miesto komiteto sekretorius J. Grigalavičius, LKP CK sekretorius kadrams (buvęs SSRS pasiuntinybės Kaune darbuotojas) N. Gridinas, kagėbistas P. Gladkovas ir Raudonosios armijos karininkas V. Morozovas. LKP (b) CK biuras buvo aukščiausia respublikos valdžios įstaiga ir tvarkė visus bent kiek svarbesnius reikalus, pradedant socialistinio lenktyniavimo, priešgaisrinės apsaugos, pavasario sėjos ir baigiant žmonių trėmimo bei AT sesijų darbotvarkės bei jos nutarimų projektų tvirtinimu. Be biuro pritarimo, nebuvo skiriamas nė vienas aukštesnis valdininkas. Tačiau LKP Centro Komitetas ir jo biuras anaiptol nebuvo visagaliai, nes pati LKP 1940 m. spalio 8 d. buvo įjungta į VKP(b) Rusijos srities partinės organizacijos teisėmis ir todėl neturėjo jokio savarankiškumo, net savo programos bei įstatų. Visus svarbiausius Kaune priimtus nutarimus, taip pat ir aukščiausiųjų pareigūnų skyrimus tvirtino1 VKP (b) Centro Komitetas bei SSRS Liaudies Komisarų Taryba.
Kremlius nepasitikėjo „nacionalais11, net bolševikais. Maskvos „akys ir ausys11 Lietuvoje buvo VKP (b) CK bei SSRS LKT įgaliotinis N. Pozdniakovas. Jis dalyvavo LKP (h) CK biuro posėdžiuose, o atskiras ūkio bei visuomenės gyvenimo sritis prižiūrėjo jo instruktoriai: F. Girko — teisėtvarką, M. Derevninas — profsąjungas, A. Zubkovas — komjaunimą, A. Petrovas — ūkio planavimą, I. Zitkovas — žemės ūkį, F. Terešinas — pramonę, Zur-muktašvilis — bankus. Vėliau jie buvo paskirti „kuruojamų1* žinybų vadovais. ,
Sovietų Lietuvos vyriausybėje neliko užsienio reikalų, krašto apsaugos ir susisiekimo ministerijų, nes visas jų funkcijas perėmė sąjunginiai iiaudies komisariatai. Vykdydama V. Molotovo „rekomendaciją", Lietuvos Ministrų Taryba rugpjūčio 10 d. nutarė sustabdyti visų Lietuvos pasiuntinybių bei konsulatų užsienio šalyse veiklą, o jų turtą, taip pat archyvus perduoti Sovietų Sąjungos pasiuntinybėms2. Lietuvos pasiuntinybių darbuotojai nepakluso šiam nutarimui, tačiau kai kurių šalių (Vokietijos, Švedijos, Italijos) vyriausybės, kurios pripažino Baltijos valstybių aneksiją, privertė Lietuvos diplomatus apleisti pasiuntinybes ir perdavė jas Sovietų Sąjungai. Lietuvos pasiuntinybės taip pat buvo uždarytos Rygoje ir Taline, o pasiuntinybė Maskvoje— pertvarkyta į LTSR atstovybę. Rugsėjo pradžioje Kaune buvo uždarytos užsienio valstybių pasiuntinybės.
Lapkričio 30 d. Lietuvos TSR AT Prezidiumas išleido įsaką „Dėl RSFSR baudžiamųjų, civilinių ir darbo įstatymų laikino taikymo LTSR teritorijoje", kuriuo panaikino ligi tol Lietuvoje galiojusią teisę. 1940 m. pabaigoje—1941 m. pradžioje pagal sovietinį šabloną buvo pertvarkyta Lietuvos teismų sistema: panaikintas Vyriausiasis tribunolas bei Apeliaciniai rūmai ir sudarytas LTSR Aukščiausiasis teismas, taip pat apygardų bei apylinkių liaudies teismai. Nuo rudens Lietuvoje pradėjo veikti specialieji teismai — Raudonosios armijos kariniai tribunolai, kurie teisė aukštuosius Lietuvos Respublikos pareigūnus, lietuvius karius, kovotojus prieš okupacinę valdžią. Sovietų pavyzdžiu pertvarkytos prokuratūros vadovu buvo paskirtas LKP (b) CK narys V. Niunka.
Rugsėjo 7 d. SSRS AT priėmė įsaką „Apie Lietuvos, Latvijos ir Estijos piliečių SSRS pilietybės įsigijimo tvarką", kuriuo visi Lietuvos Respublikos piliečiai, visiškai ignoruojant jų valią, nuo rugpjūčio 3 d., t. y. atgaline data, buvo padaryti SSRS piliečiais3. 1941 m. pavasarį, vykdant SSRS LKT vasario 8 d. nutarimą, Lietuvos Respublikos piliečių pasai buvo pradėti keisti į sovietinius, tačiau prasidėjęs karas sutrukdė tai užbaigti.
1940 m. pabaigoje, remiantis LTSR AT Prezidiumo lapkričio 12 d. įsaku, SSRS pavyzdžiu buvo pertvarkyta vietos valdžia: paleistos savivaldybės, o miestų burmistrus, apskričių viršininkus, valsčių viršaičius ir kaimų seniūnus pakeitė vykdomieji komitetai. Rinkimų į vietos tarybas nebuvo, todėl apskričių ir miestų vykdomuosius komitetus skyrė AT Prezidiumas (iš tikrųjų LKP CK), o valsčių, miestelių ir apylinkių — apskričių partinė bei sovietinė valdžia.