В 1370 году Тогон Тэмур скоропостижно умер. Власть перешла к его сыну Аюширидаре (правил под титулом Билигту-хан). Воспользовавшись перестановкой сил в правящей монгольской верхушке, китайские войска нанесли удар по ставке ханов и овладели Инчаном. Аюширидара с двором и домочадцами отошел на северо-запад, в древнюю монгольскую столицу город Хархорин (Каракорум). Окрыленные успехом, китайцы стали собирать силы для похода на монгольскую столицу. В 1372 году 150-тысячная армия под командованием Сюй Да и племянника императора Ли Вэньчжуна углубилась в монгольские степи. Но здесь она была разбита монгольской конницей под начальством полководца Кокэ Тэмура. После этого противостояние сторон хотя и сохранялось, но столкновения происходили лишь в виде мелких стычек. К этому времени империя Мин восстановила контроль над большинством районов в Шэньси, Ганьсу и Сычуани.
В 1378 году умер Аюширидара. В начавшейся борьбе за ханский престол китайский двор поддерживал его сына, который одно время находился в китайском плену и пользовался расположением и милостями двора. Однако победил другой претендент — Тогус Тэмур, младший брат умершего хана. Отношения сторон снова резко обострились. Монгольские войска вновь овладели Инчаном. Китайская же армия во главе с воспитанником императора My Ином, воспользовавшись концентрацией сил противника под Инчаном, в 1380 году нанесла удар по Каракоруму. Монгольская столица была взята и сожжена. Было перебито много мирных жителей, захвачена большая добыча. Несмотря на все усилия Тогус Тэмура, военная удача перешла на китайскую сторону. В 1381 году войска империи Мин под начальством Сюй Да и Фу Юдэ отвоевали Ордос — северную часть провинции Шэньси, заселенную тогда преимущественно монголами. В 1382 году My Ин сломил сопротивление монгольских отрядов, стоявших на южных рубежах страны — в провинции Юньнань. В 1387 году китайские войска отвоевали последний оплот монголов в Китае — Ляодун и вынудили обитавших здесь монголов-урянхайцев подчиниться минскому двору. Их глава Нагачу перешел на китайскую службу со своей 20-тысячной армией. Наконец, в 1388 году у местечка Бойрнора в районе Инчана китайская армия под командованием полководца Лань Юя полностью разгромила основные силы Тогус Тэмура. Сам хан, бежавший после поражения, был убит одним из своих приближенных. В плен попало около 2900 монгольских сановников, включая родичей ханского дома, а также 77 тысяч солдат и простых монголов-кочевников. Было захвачено также 150 тысяч голов скота.
Вслед за Тогус Тэмуром государством Северная Юань правили друг за другом двое его сыновей и внук, но военные неудачи 80-х годов XTV века определили его дальнейшую судьбу. Раздираемое внутренними распрями, оно уже не могло всерьез претендовать на возвращение китайского престола. Где-то после 1402 года (точная дата не известна) временно захвативший власть нойон (монгольский титул знатности) Гуйличи, не принадлежавший, как прежние ханы, к потомкам Чингисхана, отказался от названия Северная Юань, назвав свое государство Дадань.
Внутренние распри среди монгольских правящих верхов имели очень важные последствия для будущей судьбы Монголии. В 1399 году произошел раскол дотоле политически объединенных монгольских племен на западные и восточные. Их политическая история в дальнейшем потекла по различному руслу и сопровождалась взаимным противоборством. Китайские историки сообщают, что еще во время крушения династии Юань в Китае (точная дата не указана) монгольский военачальник Мункэ Тэмур объявил себя правителем западных монголов — ойратов, обитавших на территории Джунгарии (в провинции Синьцзян в современном Китае) и западных районов современной Монголии. После его смерти ойратские владения распались на три части. Окончательный же распад связывается с гибелью монгольского хана Эльбека — младшего сына Тогус Тэмура в 1399 году. Легенда утверждает, что здесь не обошлось без роковой женщины. Некий Хутхай, служивший при дворе, обратил внимание хана на красоту невестки — жены одного из сыновей Эльбека. Хан поддался искушению: убил сына, а его жену взял себе в гарем. Та решила отомстить Хутхаю и ложно обвинила его в попытке изнасилования. Хан повелел казнить «насильника». Но вскоре женщина созналась, что казненный не виноват. Тогда Эльбек-хан, чтобы загладить свою вину, приблизил к себе двоих сыновей Хутхая и передал им в управление четыре тумена (административно-военная единица, выставлявшая 10 тысяч ратников). Вскоре эти ойратские властители, очевидно мстя за отца, убили Эльбек-хана. Уведя свои тумены из ставки на запад, они полностью вышли из-под власти восточномонгольских ханов.