Первые два месяца 1942 года прошли для корабля в рутинной службе. 12 февраля 1942 года на "Нагато" был спущен флаг командующего Объединенным флотом, он перешел на "Ямато". С февраля по май 1942 года 1-я дивизия линейных кораблей занималась боевой подготовкой во внутреннем Японском море. Единственный перерывом для "Нагато" стало прохождение текущего ремонта с докованием на Военно-морской верфи в Куре. 5 мая 1942 года были проведены совместные стрельбы двумя дивизиями линейных кораблей, где имело место чрезвычайное происшествие — разрыв ствола башни № 5 на линкоре "Хьюга". Стрельбы прекратили, и корабли разошлись по базам.
13 мая состоялся переход из Хасирадзимы в Куре для пополнения боезапасов. В это время завершилась подготовка к операции "MI" — вторжение на остров Мидуэй. В операции должны были принять участие практически все корабли Императорского флота. Одним из последних мероприятий в ее подготовке стали большие маневры, в период с 19 по 23 мая. Через 5 дней, 29 мая, "Нагато" выходит в море в составе Главных сил. Это соединение не приняло участие в бою 4 июня, когда были потеряны четыре лучших авианосца Японии.
На баке и юте "Нагато". Конец 1930-х гг.
6 июня на борт "Нагато" были приняты моряки с погибших авианосцев (в основном с авианосца "Kaгa"), и после дозаправки корабли начали возвращение в воды Метрополии. 14 июня они прибыли на рейд Хасирадзимы. Следующий месяц прошел для корабля спокойно — было лишь несколько межбазовых переходов.
12 июля в рамках большой реорганизации Объединенного флота "Нагато" передали в состав 2-й дивизии линейных кораблей. Отныне 1 -я дивизия линкоров состояла из кораблей типа "Ямато".
Остаток 1942 года прошел для корабля в рутинной службе: учения, межбазовые переходы, текущие ремонты. Линкор использовался в качестве учебного корабля, в то время когда японский флот вел тяжелые бои за остров Гуадалканал, а положение Империи продолжалось ухудшаться.
Первый месяц нового 1943 года "Нагато" простоял на рейде своей постоянной базы, находясь в состоянии полной боевой готовности, ожидая приказа о выходе в море. 25 января он прибыл в Куре и стал в док. На линкоре провели работы по чистке котлов. 2 февраля все работы завершили, и линкор уходит на место постоянного базирования.
Линейные корабли типа "Нагато": сведения о кораблях, опубликованные в справочнике по японскому флоту, изданному в 1943 г. разведывательным управлением ВМФ США.
С 31 мая по 6 июня очередное докование в Куре. В этот период на борту линкора появилась радиолокационная станция тип-21 и 4 25-мм зенитных автомата. После завершения работ "Нагато" вернулся на рейд Хасирадзимы, куда прибыл 8 июня. Здесь "Нагато" стал свидетелем гибели от внутреннего взрыва однотипного корабля — "Мутсу". После его гибели на "Нагато" была произведена тщательная проверка всех зарядов и снарядов в погребах главного калибра и проверка знаний инструкций личным составом по обслуживанию погребов.
25 июня "Нагато" выходит в море. Были проведены учения по его буксировке эсминцами. Моделировалось заклинивание рулевого устройства при угле более 35°. 27 июня корабли вернулись на рейд. Этим летом ничего примечательного с кораблем не происходило, были только редкие выходы на учения и межбазовые переходы.
В начале августа на корабле начали подготовку к переходу в район Соломоновых островов. На линкоре разместили различные грузы, а также моряков для усиления гарнизонов. Многие из этих моряков ранее служили на "Мутсу".
С 17 по 23 августа состоялся переход из Метрополии на Трук. Кроме "Нагато", в нем участвовали линкоры "Ямато", "Фусо", эскортный авианосец "Тайо" и 5 эсминцев. Переход прошел без происшествий.
18 сентября американское авиационное соединение TF-16 атаковало японские базы на островах Гилберта. На перехват вышло сильное соединение японского Императорского флота, в которое входили линкоры "Ямато", "Нагато", авианосцы "Секаку", "Дзуйкаку", позднее к ним присоединились "Дзуйхо", тяжелые крейсера "Миоко", "Хагуро, "Тикума", "Тоне", легкие крейсера "Агано", "Носиро" и эсминцы. Никого не обнаружив, соединение вернулась на базу 25 сентября.
В ночь с 5 на 6 октября в море вышло американское авианосное соединение TF-14 (6 авианосцев и корабли сопровождения). Целью должны были стать атолл Уэйк и объекты на Маршаловых островах. В середине месяца японская радиоразведка проанализировала данные радиоперехватов и вскрыла вероятное направление вражеского удара. Командующий Объединенным флотом адмирал Кога, приказал перевести Главные силы на остров Брауна. 17 октября в море вышли линкоры "Ямато", "Мусаси", "Нагато", "Фусо", "Конго", "Харуна", авианосцы "Секаку", "Дзуйкаку", "Дзуйхо", 8 тяжелых крейсеров, 2 легких крейсера и эсминцы сопровождения. На борту "Нагато" находился наземный персонал подразделения гидросамолетов.