Это сражение стало катастрофой для японского Императорского флота, были потоплены три авианосца, еще 2 были тяжело повреждены, получили повреждения несколько боевых кораблей, серьезной потерей стала гибель двух танкеров снабжения. Но основным трагическим результатом стала гибель последних опытных пилотов палубной авиации. Отныне авианосцы Японии могли использоваться только в качестве приманки. 22 июня "Нагато" находился в Окинаве, передавал часть своего топлива на эсминцы. 23-24 июня флот вернулся в Метрополию.
Стоянка на рейде Хасирадзима была короткой, 27 июня состоялся переход в Куре. В этой военно-морской базе линкор прошел докование, во время которого были заделаны все порты выше ватерлинии, усилена малокалиберная зенитная артиллерия — на корабле установили 96 25-мм автоматов (16 трехствольных, 10 двуствольных, 28 одноствольных). Усилено было также и радиоэлектронное вооружение, на линкоре установили четыре радиолокационных станции по две "Типа 22" и "Типа 15", а также прибор опознавания "Типа 2".
7 июля "Нагато" вывели из дока и на борт линкора приняли различные грузы, и на следующий день он входит в состав так называемой группы "В", в которую также входили линкор "Конго", крейсера "Могами" и "Яхаги" и 4 эсминца. Одновременно к выходу в море готовилась и группа "А" (2 линкора типа "Ямато", 7 тяжелых и 1 легкий крейсер и эсминец). В тот же день на борт "Нагато" был погружен полк из состава 23 пехотной дивизии. 8-9 июля обе группы совершили переход на Окинаву. По прибытии на остров их пути разошлись, группа "А" пошла в Линнга, а группа "В" начала разгрузку.
Линейный корабль "Нагато". 1944 г. (Наружный вид и вид сверху)
12 июля группа "В" выша в море и взяла курс на Манилу, куда и прибыла 14 июля, а через три дня вновь вышло в море и взяло курс на Сингапур. Во время перехода "Конго" был атакован неизвестной подводной лодкой. Стоянка в Сингапуре была короткой, в тот же день "Нагато" и остальные корабли совершили переход в Линнга. С 20 июля по 10 октября соединение стояло на рейде, иногда выходя на учения. С 1 по 6 октября "Нагато" дважды ходил в Сингапур, за пополнением личного состава соединения.
По боевому расписанию Императорского флота на операцию "Се" (Победа) "Нагато" был зачислен в состав Главных сил вице-адмирала Т. Куриты. Перед выходом в море своими силами улучшили защиту самых важных частей линкора, таких как боевая рубка, штурманский (компасный) мостик, командно-дальномерные посты, казематы противоминного калибра, элеваторы подачи боезапаса получили дополнительную защиту из плетенных матов. Вокруг зенитных орудий появилась своеобразная защита из стальных тросов. Незадолго до выхода в море оба самолета-разведчика были переданы на линкор "Ямато".
18-20 октября прошел переход из Линнга в Бруней (остров Борнео). В этом порту был пополнен запас топлива. 22 октября все оставшиеся в строю тяжелые корабли Императорского флота вышли в море и пошли к Филиппинам. 23 октября соединение Т. Куриты в проливе Палаван было атаковано американскими подводными лодками. Одна из них — "Дартер" (SS-227) топит флагманский крейсер "Атаго". Командующий эскадрой был спасен и перебрался на "Ямато".
Второй жертвой ее торпед стал тяжелый крейсер "Такао", он остался на плаву, но был вынужден вернуться в базу. Лодка "Дейс" (SS-247) потопила тяжелый крейсер "Майя". Для лодки "Дартер" это была последняя атака, вскоре она села на мель, экипаж перебрался на "Дейс", а лодку пришлось взорвать.
Весь день 24 октября уже потрепанное японское соединение подверглось атакам палубной авиации. Основной целью был линкор "Мусаси", который не пережил этих налетов. Не оставались без "внимания" американской авиации и остальные корабли, в том числе и "Нагато". В линейный корабль попали две бомбы, в опасной близости от борта взорвались еще три.
Первая из бомб, попавшая в корабль, взорвалась на верхней палубе, при этом были разрушены воздухопроводы, ведущие в котельное отделение № 1 и казематные орудия № 2 и № 4, повреждены еще три орудия противоминного калибра и одно 127-мм зенитное орудие. После этого попадания скорость корабля упала до 24 узлов, пока не ввели в строй вентиляцию котельного отделения.
Вторая бомба угодила в световой люк. При этом был разрушен кубрик, носовая радиорубка и шифропосты. На какое-то время линкор остался без связи с остальными кораблями соединения.
"Нагато" в бою у Йокосука. 1945 г.
"Нагато" на рейде Йокосуки. 1945 г.
Третья взорвались рядом с носовой частью. От гидравлического удара разошлись швы, и был затоплен ряд помещений в носовой части. В этом бою экипаж "Нагато" потерял 54 человека убитыми и 106 ранеными.