Вечером японское соединение сделало маневр, показав противнику, что поворачивает на обратный курс, но потом вернулось на обратный курс. Ночью японские корабли форсировали пролив Сан-Бернардино. Утром 25 октября им удалось застать врасплох американское соединение "Taffy 3" (6 эскортных авианосцев, 3 эсминца, 4 эскортных миноносца) под командой контр-адмирала К. Спрэгга.
Японцы многократно превосходили противника в силах, но к несчастью, их сигнальщики доложили о том, что это были ударные авианосцы и линкоры. Сыграли свою роль торпедные атаки эсминцев и постоянные атаки палубных самолетов.
"Нагато" открыл огонь по авианосцу "Сент Ло" (CVE-63). Первый залп произвели зенитными снарядами, затем перешли на бронебойные. Авианосец был поврежден, на следующий день он стал первой жертвой самолетов "камикадзе". После ответной торпедной атаки эсминца "Хеерман" (DD-532), "Нагато" и флагманский "Ямато", маневрируя от торпед, оказались вдали от места боя.
Около 10 ч японское соединение, практически ничего не добившись, начало отход. Американская авиация постоянно "висела" в воздухе. Около часу дня "Нагато" получил попадание еще двумя бомбами, но повреждения оказались незначительными. Около 21 ч соединение Т. Куриты форсировало пролив Сан-Бернардино в обратном направлении.
Утром 26 октября на японские корабли начались авиационные налеты не только палубной, но и береговой авиации. В 10 ч 40 мин над кораблем появились 30 армейских "В-24". В отражении этого налета был задействован и главный калибр линкора. Всего за два дня боев "Нагато" израсходовал 99 снарядов главного калибра и 653 140-мм снаряда. Потери экипажа за 25-26 октября составили 38 человек убитыми и 105 ранеными.
27 октября прошло спокойно для кораблей соединения Т. Куриты. 28 октября они прибыли в Бруней, тут же пополнив запас топлива. В ноябре в эту гавань пришли авианосец "Дзуньо" и легкий крейсер "Кисо", доставившие боеприпасы.
Опасаясь авианалетов, командование решило перевести остатки флота на острова Пратас, и 8 ноября "Нагато" в составе соединения выходит в море. После обхода островов и прикрытия операции по снабжению Филиппин корабли вернулись в Бруней, простояв там с 11 по 16 ноября. 16 ноября "Нагато" и остальные корабли, находившиеся в бухте, были атакованы 40 армейскими самолетами "В-24", сопровождаемыми 15 истребителями "Р-38". После этого командование приняло решение вернуть боеспособные корабли в Метрополию.
17 ноября в море вышли линейные корабли "Ямато", "Нагато", "Харуна", "Конго", легкий крейсер "Яхаги" и эсминцы охранения. 21 ноября американская подводная лодка "Силайон II" (SS- 315) топит линейный корабль "Конго". Следующие три дня перехода прошли спокойно. 24 ноября (по другим данным, 25) корабли прибыли в Йокасуку. Фактически в это время "Нагато" уже перестал быть линейным кораблем, а превратился в плавающую зенитную батарею.
"Нагато" на рейде Йокосуки. 1945 г.
Остаток 1944 года и первый месяц 1945 года прошли для корабля спокойно. Он передавался из соединения в соединение, менялись командиры, проводились работы по ремонту повреждений. 10 февраля 1944 года "Нагато" в очередной раз передали Военно-морской базе Йокосука, для использовался в качестве корабля береговой обороны. Экипаж оставался на "Нагато", исправно действовала его зенитная артиллерия. С него сняли всю артиллерию противоминного калибра, установили несколько угольных котлов, пар от которых шел на бытовые нужды. 20 апреля линкор вывели в резерв.
27 апреля 1945 года командиром "Нагато" становится контр-адмирал Отсука Мики. Несмотря на высокое звание, это был офицер призванный из резерва, до войны он был капитаном торгового флота, хотя в 20-е годы служил на "Нагато" офицером связи.
1 июня 1945 года "Нагато", "Исе", "Хьюга" и "Харуна" вошли в состав Специального флота (флот береговой обороны). В этот же день на линкоре начали работы по демонтажу катапульты и большей части зенитной артиллерии — ее установили на берегу. Экипаж сократили до 1000 человек.
На фото: передача "Нагато" командованию ВМФ США на Тихом океане. 1945 г.
На фото внизу: "Нагато" перед уходом к аттолу Бикини
18 июля военно-морскую базу в Иокосуке атаковали американские палубные самолеты. Несколько неуправляемых ракет попало в кормовую часть корабля. Но наибольший ущерб "Нагато" нанесли самолеты с авианосца "Шангри Ла" (CVS-38). Им удалось попасть в корабль тремя бомбами. Первая взорвалась в районе 3-й башни главного калибра, остальные две поразили корабль в районе носовой надстройки и разрушили рулевую рубку. Погибли командир, старший помощник, командир артиллерийской боевой части и много матросов (всего 33 человека). Командир линкора был посмертно произведен в вице-адмиралы.