Из-за брони, затраченной на оконечности, оказывалось невозможным дать подобающее бронирование жизненным частям корабля. "Попутно" предлагалось переделать носовую часть под бортовой клюз с втягивающимся якорем без штока. Трудно судить, на какой процент эти и серия других изменений увеличивали сопротивляемость корабля действию вражеских снарядов. Вряд ли в МТК утруждали себя вычислением этих процентов. Гораздо печальнее было то, что ради новых сомнительных, или по крайней мере, не бесспорных усовершенствований МТК намеревался значительную часть уже почти построенного корабля "резать по-живому".
В МТК, зная о тяжелом финансовом положении министерства, тем не менее не видели беды в том, что как докладывал Д.В. Скворцов, осуществление решения МТК требовало разобрать все продольные и поперечные переборки, выгородки для погрузки и перегрузки угля, сходные шахты котельных и машинных вентиляторов. Все они были уже заклепаны и прочеканены.
Такое обилие разрушений, только что добротно выполненной работы, не брались объяснить рабочим ни Д.В. Скворцов, ни новый начальник Балтийского завода П.Ф. Вешкурцев. МТК, одумавшись, от глобальных переделок отказался. Бронирование нижней палубы сохранили без перемен. Бронирование верхней средней или бывшей батарейной палубы в средней части меняли на 25,4-мм однослойное. Все эти работы, заставлявшие вспомнить "Тришкин кафтан" великого баснописца, вместе с другими кончили в январе 1908 г. Обошлись они в 743425 руб. — стоимость современного миноносца.
Где-то в перспективе виделись очертания "усовершенствованной" серии с заменой 8-дм пушек на 10-дм. Этим и другим новшествам открывала путь задержка с изготовлением башен, также переживавших множественные усовершенствования. Журналом по артиллерии № 31 от 17 июля 1908 г. МТК должен был обратиться к обсуждению просьбы Металлического завода об ускорении испытаний стрельбой находившихся на морской батарее Охтинского поля, четвертого станка для "Иоанна Златоуста" и двух станков кормовой башни "Андрея Первозванного". Эта башня (игравшая роль эталонной для обоих кораблей — P.M.) уже настолько продвинулась в готовности, что отсутствие станков задерживало все работы по ее сборке.
В числе считавшихся необходимыми новшеств на строившихся кораблях явилось скороспелое (поспешный, но не оправдавшийся вывод из уроков войны) решение об установке одной мачты. Именно в таком виде пришел из Франции построенный по слегка откорректированному проекту "Баяна" крейсер "Адмирал Макаров". Краткий период увлечения одиночной мачтой успел оставить свой след на "Императоре Павле I" сменившими один другого проектами треногой мачты (по образцу "Дредноута") с вариантами установки дальномеров сначала на открытой площадке, потом в закрытой рубке. Но тогда же в марте 1908 г. явилась новая мода — на мачты по примеру американских дредноутов. Мачт решили установить две. Мало обоснованным было намерение МТК установить на крыше каземата 120-мм орудий по бортовой рубке для дальномеров. Особенно велик был перечень усовершенствований по артиллерии, включавший установку продольных и поперечных переборок между орудиями для их защиты, увеличение углов возвышения 12-дм орудий до 35°, переделку погребов и системы подачи под новые удлиненные (965 мм) снаряды, введение раздельной наводки, добавление соответствующих комендорских площадок у 120-мм орудий и другие зачастую весьма полезные, но почти всегда запоздалые новшества. Разбираться в них вместе со строителем приходилось второму командиру корабля капитану 1 ранга П.В. Римскому-Корсакову (1861–1927).
В отличие от первого, по существу виртуального, командира капитана 1 ранга Н.М. Яковлева (1856-?), получившего эту должность в виде синекуры и в воздаяние за пережитую на броненосце "Петропавловск" катастрофу 31 марта 1904 г., второй командир вынес на своих плечах главную тяжесть неимоверно затянувшегося достроечного периода. Именно ему приходилось вести борьбу с бьющими через край проектными инициативами МТК, искать пути наиболее безболезненного осуществления действительно необходимых усовершенствований (особенно по артиллерии) и предлагать собственные, вызванные потребностями корабля инициативы. Ему же достался и чрезвычайно важный, определявший будущее корабля труд формирования команды и офицерского состава, организации службы, освоение техники и боевой подготовки. В этом ему помогал богатый опыт, приобретенный в прежних должностях старшего офицера на броненосце "Ослябя" в 1892–1899 гг. и крейсере "Громобой" в 1899–1902 гг. и командира крейсера "Дон", переоборудованного в 1904 г. из приобретенного в Германии пассажирского парохода.
Его редкое по продолжительности командование во многом сформировало ту неуловимую, не имеющую физической сущности, но всегда определяющую судьбу корабля атмосферу, которую называют его душой. Она являет себя в особом ритме службы, в подборе офицеров, в отношениях между ними и командой, гордости за свой корабль и его собранные в самую, кажется, полную коллекцию исторических реликвий. В плеяде громких имен России Римские-Корсаковы принесли стране особенно обширное семейство светлых умов и несомненных талантов. Здесь были и великий композитор, и мореплаватель, открыватель новых земель и известный преобразователь пореформенной системы морского образования Воин Андреевич Римский-Корсаков (1822–1871). Благотворность его реформы в Морском училище особо отмечал в своих воспоминаниях А.Н. Крылов. Были и просто отличные офицеры, знающие свое дело и умеющие болеть за него. К ним относился командир "Императора Павла I", сын преобразователя морского образования.
Как нередко бывало с талантливыми и деятельными офицерами, бюрократия не спешила с предоставлением П.В. Римскому-Корсакову соответствующего его способностям служебного назначения. В продолжение всей войны он находился в провинциальной чисто береговой должности командира Владивостокского порта. Репутация мыслящего безукоризненного командира одного из двух современных линейных кораблей оказалась недостаточна для того, чтобы затем занять значимую флагманскую должность, на которой он мог обеспечить так редко выпадавшие флоту успехи и удачи в начавшейся вскоре войне. Не исключено, что бюрократия могла взять на заметку то непростительное вольнодумство, которым командир "Павла I" не раз приводил в смятение своих начальников. Видя, как под тяжестью не прекращавшихся и не несущих особой пользы усовершенствований не перестают перекраивать и перегружать его корабль, Петр Воинович вознамерился положить конец этой стихийной творческой вакханалии.
В рапорте от 30 марта 1908 г., не щадя амбиций окружавших его чинов, он, в частности, писал: "Не раз я имел случай высказать свое мнение, что из кораблей "Император Павел I" и "Андрей Первозванный" нельзя сделать дредноутов, сколько бы их не совершенствовали. И потому они никогда не достигнут того, чтобы сравняться с нашими будущими броненосцами. В то же время нельзя ни на минуту сомневаться в том, что эти корабли в том виде, как они теперь обдуманы, всегда останутся весьма серьезными противниками для самых сильных броненосцев…Наши два корабля на некоторых курсовых углах с успехом могут состязаться даже с английским броненосцем "Дредноут". Но при всем том они всегда останутся кораблями только второй линии боевых судов активного флота: они туда будут поставлены своим ходом, который даже по проекту на 3 узла меньше хода будущих броненосцев нашего флота.