Семья Локка поддержала Парламент. Член Парламента от округа, где она проживала, Александр Пофам стал полковником местного народного ополчения, стоявшего на стороне Парламента, и назначил отца Локка капитаном. Тот покинул дом, чтобы принять участие в войне против короля. После нескольких случайных стычек с неподготовленными отрядами монархистов, которые были без труда обращены в бегство, у города Девайзес народное ополчение полковника Пофама соединилось с армией Парламента. Однако на этот раз войска роялистов оказались более подготовленными к бою, сторонники Парламента были обращены в бегство, но отцу Локка с Пофамом удалось спастись. После этого они «решили оставить военную жизнь» и вернулись домой.
К этому времени вся страна погрязла в беспорядках, и семья Локка осталась без средств к существованию. Полковник Пофам делал все, что было в его силах, чтобы помочь своему старому капитану, но все, что он смог сделать, так это — оставить за ним пост деревенского чиновника, ответственного за канализацию (этот факт наглядно показывает отношение местного населения к этим двум бывшим воякам).
В 1646 году Карл I попал в плен и через три года был обезглавлен. Была установлена республика, во главе которой вскоре встал Оливер Кромвель.
Между тем у полковника Пофама появилась возможность еще раз помочь своему другу, капитану Локку. Как член Парламента он был наделен полномочиями назначать учеников для обучения в школу при Вестминстерском аббатстве в Лондоне, которая в то время была лучшей в стране.
Эта услуга, оказанная простому бедному судейскому чиновнику из западной части Англии, изменила жизнь Джона Локка. Неизвестно, проявил бы Локк свои исключительные способности, если бы не получил такого образования.
Любопытно, что несмотря на то, что школой при Вестминстере управлял парламентский комитет, директором в этом учебном заведении остался сторонник монархии. Им был несостоявшийся актер по имени доктор Басби, известный своими жестокими, иногда даже садистскими, порками учеников. По словам поэта Джона Драйдена, обучавшегося в Вестминстере в то же время, что и Локк, «бывало, что наш директор Басби порол мальчишку до тех пор, пока не делал из него полного болвана». Однако эссеист Ричард Стал, обучавшийся также в Вестминстере, придерживался мнения о том, что у Басби был талант преподавателя.
Удивительно, но подобная точка зрения преобладает.
Два века спустя премьер-министр Великобритании Уильям Гладстоун назвал доктора Басби «основателем системы частных школ».
Джон Локк был болезненным подростком, и потому перспектива знакомства с розгами доктора Басби, без всякого сомнения, стимулировала развитие его скрытых интеллектуальных способностей на полную мощь. Будучи одним из самых способных учеников в школе при Вестминстерском аббатстве, Локк, конечно же, был знаком с рано начавшим сочинять стихи Драйденом, который публиковал свои сочинения еще учась в школе. По всей видимости, Драйден кое-чему научился у директора-монархиста, который продолжал работать в школе, стоявшей в непосредственной близости от Парламента, несмотря на то, что король был обезглавлен неподалеку от Парламентской площади в Уайтхолле. В возрасте 26 лет Драйден написал героическое сочинение в честь Оливера Кромвеля. Два года спустя, когда монархия была восстановлена, Драйден сочинил настолько же благозвучную оду, посвященную Карлу II, за что вскоре получил должность придворного поэта. Находясь на этой должности, он сочинил хвалебную песнь в честь англиканской церкви; однако когда трон Англии перешел к Джеймсу И, который был католиком, поэт передумал и перешел в Римскую католическую церковь, написав эпическое восхваление католицизма.
К несчастью, через несколько лет на трон Англии взошел король-протестант Уильям, и Драйден лишился должности придворного поэта.
Эта история слишком интересна, чтобы иметь какое-либо отношение к Джону Локку, однако она должна продемонстрировать частые (и нередко опасные) перемены в политической конъюнктуре страны, происходившие в годы его жизни.
В отличие от великого поэта, Локк рассматривал свои принципы как нечто более постоянное, чем направление вращения флюгера. Но даже при этих условиях принципы Локка подверглись нескольким трансформациям. Первое из таких изменений произошло во время его учебы в Вестминстере. Локк воспитывался в доме, преданном Парламенту, однако в школе он обнаружил, что некоторые из его друзей по своим взглядам принадлежат к монархистам. Как его неприятие перегибов, свойственных сторонникам Парламента (таких, как казнь Карла I), так и эти знакомства заставили его взглянуть на роялистов с большей симпатией. Уже в этом возрасте начали проявляться два качества, которыми он стал известен: познание на основе опыта и терпимость.