Между тем в Лондоне Шефтсбери предстал перед судом, но был оправдан благосклонными к нему присяжными. Чтобы спасти свою жизнь, он без промедления бежал в Голландию (где через год умер от «подагры желудка», болезни, достойной Локка). В самой же Англии все, кто был связан с Шефтсбери, находились теперь под подозрением.
Локк также был в опасности. Он понял, что в Оксфорде за ним наблюдают сыщики. Один из сыщиков отмечал в своем отчете: «Джон Локк ведет хитрый, непонятный образ жизни». Наконец, вся та скрытность, которая сопровождала Локка всю жизнь, пришлась очень кстати. Профессиональные сыщики не смогли стать достойными хитроумного философа противниками, и Локк вскоре ускользнул от них, уехав в Голландию. Он сделал это весьма своевременно. Король немедленно снял Локка с занимаемой им в колледже Христовой церкви должности, включил его в список восьмидесяти четырех изменников и направил голландскому правительству запрос об его экстрадиции.
Локк был вынужден скрываться в Гааге.
В это время Локк узнал, что Дамарис Кудворт вышла замуж за вдовца из Северной Англии по имени сэр Френсис Мешэм. Трудно понять, что в действительности чувствовал Локк в этот момент.
Он любил Дамарис, как, возможно, не любил ни одну женщину за всю свою жизнь. Тем не менее он, вероятно, отдавал себе отчет в том, что слишком болен, стар и зациклен на своей науке, чтобы быть хорошим мужем для девушки, которая более чем в два раза моложе него. Но, развивая свою философию, Локк осознал, что мы учимся не благодаря нашему разуму, а благодаря опыту. У него никогда раньше не было подобного опыта, и, смею предположить, этот факт очень больно задел его чувства, хотя он этого и не показывал.
В 1685 году Карл II скончался, и на трон взошел его брат-католик Яков II, что подтвердило худшие опасения Шефтсбери. Тем временем Локк сконцентрировал все силы на своей философии.
К этому времени он уже завершал труд «Опыт о человеческом разумении». Открывает его замечательное «Письмо к читателю», которое описывает работу как «развлечение в мои свободные и трудные часы. Если этому сочинению выпадет счастье стать тем же для твоих часов и ты при чтении получишь хотя бы половину того наслаждения, которое я испытал при написании, ты так же мало будешь считать плохо потраченными свои деньги, как я свой труд». Философия, изложенная в этом труде, была такой же гуманной и фундаментальной, как и любая другая философская система, созданная после Декарта. Правда, она не была такой же глубоко оригинальной, как работа Декарта, но именно Локк определил дальнейшее направление развития философской мысли — английский эмпиризм, впоследствии благодаря которому Кант создал величайшую философскую систему, которая, в свою очередь, взрастила причудливую философию Гегеля и закономерное недоверие к каждой из систем, испытываемое всеми, за исключением марксистов.
Согласно Локку, у нас нет никаких врожденных идей, таких как представления о Добре и Зле, Боге и т. д. Несмотря на это Локк твердо верил в Бога. Декарт иногда подвергал это сомнению;
Спиноза обошел эту проблему, превратив в Бога все; Лейбниц, возможно, не верил в Бога, хотя и делал вид, что верил. Но Локк был непоколебим в своей вере, несмотря на то, что на самом деле в его философии нет места Богу. «Ум постигает только то, что сначала было воспринято чувствами». Мы начинаем с tabula rasa (чистого листа бумаги). Человеческое знание происходит из внешнего опыта и рефлексии (термин Локка для интроспекции), которая позволяет нам увидеть, что происходит в нашем разуме. Мы используем разум, чтобы из этого опыта делать выводы. Подобным образом мы приходим к обобщению, законам и математическим аксиомам.
Как и Декарт, Локк полагал, что эмпирическое знание, получаемое нами через ощущения, может быть только относительным. Но, в противовес Декарту, Локк не позволил этому тезису подорвать знание, получаемое таким путем. Вместо того чтобы заняться изучением разума, Локк воспользовался здравым смыслом. Эмпирическое знание и знание, которое мы получаем из этого знания, может быть только относительным, но благодаря возможности прибегать к интуиции и дедукции, мы можем оценить, насколько оно относительно. (Это разделение разума и здравого смысла, которое впервые обнаружилось у Декарта и Локка, стало постоянной чертой, характеризующей отношения между английской и французской философскими школами. В настоящее время это разделение дошло до того, что французы считают, что английская философия не имеет с философией ничего общего, а английский здравый смысл, противостоящий французской философии, пришел к аналогичному выводу.) Во второй книге своего «Опыта о человеческом разумении» Локк объясняет, что существуют два различных типа идей, которые составляют наше эмпирическое знание о мире. Простые идеи, такие как свет, тепло, холод и цвет неделимы. Сложные идеи, с другой стороны, состоят из комбинаций простых идей. Такие комбинации могут приводить к появлению таких понятий, которые не существуют в реальном мире — такие как привидения и НЛО.