Герцогу Пармскому помог тот факт, что религиозные разногласия между католиками и кальвинистами усугублялись провинциальным партикуляризмом. Фактическая независимость Гента и Фландрии спровоцировала аналогичные партикуляристские устремления во франкоязычных провинциях Артуа и Эно. В январе 1579 г. эти провинции образовали Аррасскую унию, которая в мае заключила мир с Филиппом и герцогом Пармским. Это, в свою очередь, заставило Голландию и Зеландию объединиться в Утрехтскую унию с пятью другими северными провинциями, установив там правление кальвинистов. Позже к ним присоединились кальвинистские провинции Брабант и Фландрия.
От Генеральных штатов осталось одно «охвостье», они теперь на деле представляли собой конгресс северных провинций и кальвинистских республик Фландрии и Брабанта. В июле 1581 г. этот новый радикальный орган проголосовал за «низложение» Филиппа как своего суверена, то есть, по сути, принял своего рода голландскую декларацию независимости. Но штаты не провозгласили себя республикой. Подобно чехам в 1421 г., голландцы ещё не избавились от монархического образа мыслей и потому голосовали за избрание герцога Анжуйского наследным «принцем и наместником Нидерландов». Позже, когда из этого ничего не вышло, они направили аналогичное предложение королеве Елизавете, которая ответила отказом, взамен предложив одолжить им своего фаворита, графа Лестера. Когда же и здесь их постигло разочарование, семь провинций стали республикой де-факто, «по умолчанию», а принцы Оранские — де-факто полумонархами.
К моменту обретения северными провинциями независимости, однако, Филипп II поправил свои финансовые дела. Герцог Пармский включил отряды «недовольных» в собственную армию и начал отвоёвывать Фландрию и Брабант. Принц Оранский и Генеральные штаты в июле 1583 г. отступили в Антверпен, в августе — в Мидделбург, на территорию Зеландии. В следующем году Вильгельм Оранский был убит агентом Филиппа. Руководство перешло к сыну и наследнику Вильгельма Морицу Нассаускому, весьма способному полководцу, но, несмотря на его талант, к 1589 г. мятежников оттеснили почти в тот же самый регион, который они контролировали в 1572–1574 гг., а герцог Пармский продолжал наступать.
Подавить восстание окончательно не удалось по двум причинам. Во-первых, по внутренней организации и военной мощи семь Соединённых провинций значительно превосходили Голландию и Зеландию 1574 г. Во-вторых, международная ситуация в очередной раз сыграла голландцам на руку. В 1588 г., когда состоялся знаменитый поход Армады, отборные войска герцога Пармского были переброшены к Ла-Маншу с целью возможной их перевозки в Англию. Затем в начале 1590-х гг. Филипп отправил их во Францию, чтобы помешать гугенотскому королю вступить в Париж.
В итоге нидерландская революция окончилась вничью. Патриоты и кальвинизм одержали победу на севере, испанская власть и контрреформация — на юге. Около ста тысяч непримиримых кальвинистов переселились из Фландрии и Брабанта в Голландскую республику; чуть меньшее количество католической знати уехало в южные края. В 1609 г. Испания и Соединённые провинции подписали «Двенадцатилетнее перемирие». И хотя в 1621 г. военные действия возобновились, тем не менее этот договор фактически сделал республику независимым государством в политической системе Европы.
Если, конечно, здесь можно говорить о государстве. Соединённые провинции представляли собой весьма слабую федерацию. Суверенитетом обладала каждая из семи провинций со своими штатами, а не федерация в целом. Генеральные штаты не имели большой власти, поскольку для определения той или иной политики требовалось единогласное решение всех провинций. В этом отношении голландская «конституция» напоминала Соединённые Штаты в период существования «Статей конфедерации»; проглядывалось даже некоторое сходство с ультралибертарным устройством Польско-Литовского содружества. Фактически же доминировала в федерации Голландия — как её военная опора и самый богатый регион, — обеспечивая Соединённым провинциям прочные позиции на международной арене.
В каждой из частей федерации в значительной степени сохранялось то же устройство, что и до 1566 г. В провинции главенствующее положение занимали города, в городе — класс магистратов, правителей, не тождественный купеческому классу. Таким образом, Голландское восстание нельзя назвать ни социальной революцией, ни конституционной, ни, тем более, демократической. По сути, это была революция узко олигархическая. Хотя практики возведения в дворянство в республике не существовало, дворяне, начиная с Оранского дома, там оставались. Их манеры и образ жизни способствовали аристократизации правителей.