Поиски участников правотроцкистских организаций постепенно приводили к арестам представителей высшей партийной номенклатуры. Еще до июньского (1937) Пленума ЦК ВКП(б) Ежову фактически дана была санкция на получение показаний о руководителях любого ранга. Арест крупного партийного работника в свою очередь всегда сопровождался расширением круга арестованных. Так, например, вслед за секретарем Дальневосточного крайкома ВКП(б) И.М. Варейки- сом был репрессирован и председатель крайисполкома ДВК П.К. Легконравов.
Еще в конце июня Сталин направил Варейкису показания ранее работавшего под его началом одного из арестованных секретарей обкома партии. Тот вспоминал, что Варейкис давал нелестную характеристику Сталину, отмечал его тяжелый характер, когда люди чувствуют себя несвободными и в чем-то виноватыми. По мнению Варейкиса, Сталин выдвигает на руководящие должности неспособных людей, а его — одного из «могикан» — недооценивает. Уже через несколько дней Варейкис оправдывался перед Сталиным.
Сначала репрессии в Дальневосточном крае обрушились на местных руководителей, участвовавших в 1936 г. во встрече с посетившим край наркомом связи СССР Рыковым. Имя Варейкиса звучало в показаниях большинства арестованных. Попытки Варейкиса приостановить размах репрессий, когда без его согласия арестовали одного из секретарей обкома партии, ни к чему не привели. Из Центра он получил ответ, что все согласовано с ЦК.
В октябре 1937 года Варейкис был арестован. Далее были получены показания о тесном взаимодействии членов «правотроцкистской организации», руководителем которой якобы являлся Варейкис, с участниками «военно-фашистского» заговора. Аресты руководства ОКДВА, ТОФ, Приморской группы войск, Амурской военной флотилии были увязаны с показаниями Варейкиса. Следователи НКВД включили в них сюжет о том, что после назначения Варейкиса секретарем Дальневосточного крайкома он в конце 1936 г. встречался в Москве с завотделом сельского хозяйства Яковлевым. Тот передал Варейкису исходившую от Гамарника информацию о руководящих партийно-советских кадрах — участниках заговора. В их число входили бывший командующий Тихоокеанским флотом М.В. Викторов, член Военного совета РККА Тихоокеанского флота Г.С. Окунев (ЦА ФСБ России. АСД Р-23510. Т. 7. Л. 810).
Предшествующая деятельность Варейкиса в Сталинграде также попала в поле зрения НКВД. Органы госбезопасности арестовали командира дислоцировавшейся в области 31-й стрелковой дивизии комбрига В.В. Хлебникова и военкома бригадного комиссара М.П. Гусева. Из показаний председателя Сталинградского облисполкома С.М. Кузнецова следовало, что они являлись членами контрреволюционной организации, созданной Варейкисом.
Арестованный заведующий Отделом пропаганды Сталинградского обкома ВКП(б) Г.Д. Каучуковский отмечал, что имел неоднократно откровенные беседы с секретарем обкома Варейкисом. Тот делился с ним своими взглядами о положении, сложившемся как в парторганизациях, так и в стране. «Фактически полнокровной жизни нет в наших партийных организациях. Занимаются администрированием, являются придатком к бюрократическому аппарату и никакой идейной жизнью не живут. То же и в городах — занимаются всем, чем угодно: хозяйством, администрированием, но не партийной работой. Вопросы, касающиеся жизни страны, ими совершенно не обсуждаются, а если и обсуждаются, то формально, лишь бы принять резолюцию. Такая мертвечина в партийной жизни объясняется тем, что в партии нет настоящей выборности… Секретари партийных организаций фактически назначаются. Присланные сверху секретари, как правило, держат себя как люди, совершенно независимые от партийных организаций, как комиссары, поставленные над партийными организациями. Это приводит к тому, что между секретарями и партмассой существует такой разрыв, следствием которого партийные кадры снизу не выдвигаются и не найдешь работника даже на не особо ответственную работу». Далее Варейкис выражал совсем крамольные мысли о правильности взглядов на отсутствие внутрипартийной демократии, которые отстаивали в 1920-е гг. Троцкий, Зиновьев, Каменев и другие представители оппозиции (Там же. Т. 2. JI. 177).
В годы массовых репрессий трагически складывались судьбы сотрудников военных атташатов СССР за рубежом. Так, помощник военного атташе в Чехословакии В.В. Ветвицкий обвинялся в сотрудничестве с германской разведкой. Кроме того, вместе с руководством полпредства в Чехословакии он допустил публикацию книги «Советский Союз в литературе Чехословакии», в которой упоминались фамилии Троцкого, Зиновьева, Бухарина, Радека, а также невозвращенцев Атабекова, Беседовского и других. Все это рассматривалось как сознательная провокация и пропаганда взглядов «врагов советской власти».