Но всеки следващ пристъп на умопомрачение изчерпва психическите сили на френския монарх. Той губи способността си да се концентрира и често преценката му за нещата е твърде далеч от действителността. Боричкащите се помежду си политици често най-безскрупулно злоупотребяват с неговата нестабилна и слаба памет. Дори в моменти на просветление кралят не е нищо повече от един фигурант в държавното управление. „Има още много да се направи, за да се сложи край на тежкото облагане с данъци, защото кралят не е с всичкия си, а господин орлеанският херцог е млад и обича играта на зарове и разврата“ — пише през 1398 г. един от кралските поданици.
Франция е принудена да пожъне бурите, породени от продължителното психическо разстройство и слабото управление на Шарл VI в условията на граждански размирици, разединени съветници и чуждо нашествие. В политическия вакуум, предизвикан от болестта на владетеля, в кралската фамилия започва съперничество между различни кандидати за властта и най-вече между брата на краля — Луи Орлеански и неговия чичо — Филип, херцогът на Бургундия. Кралицата очевидно малко се интересува от политика, защото основната ѝ цел е разграбването на кралската съкровищница, за да обогати себе си и своите баварски роднини (веднъж изпраща в Бавария шест коня, натоварени със скъпоценности), вместо да се опита да помогне на новото си отечество да се излекува от раните си. Кралският брат Луи Орлеански, който е женен за италианката Валентина Висконти, е от малкото високопоставени личности, способни да успокоят краля по време на най-големите му изстъпления, но той има политически амбиции преди всичко в Италия и за да реализира плановете си, също пилее средства от кралската съкровищница. Както по отношение на външната политика, така и във вътрешните дела на Франция Луи Орлеански и чичо му Филип Бургундски стоят на коренно различни позиции. Така още от 1401 г., ако не и от по-рано, развитието на нещата в страната зависят все повече от нарастващия конфликт между орлеанския и бургундския херцог и техните привърженици.
Развръзката на този конфликт е наситена с насилие. Бургундският херцог Филип умира през 1404 г., но неговият син и наследник Жан Безстрашни е амбициозен и безскрупулен човек. Той успява да постави Париж под свой контрол и ограничава влиянието на орлеанския херцог в Кралския съвет. Но и без това дните на брата на краля са преброени. Когато вечерта на 23 ноември 1407 г. той напуска резиденцията на кралицата — Отел Барбет, върху него се нахвърлят въоръжени мъже, които го убиват на улицата („Вией Рю дю Тампле“).
Хората не се съмняват, че херцог Жан Бургундски е отговорен за смъртта на Луи Орлеански, и това води до още по-ожесточени сблъсъци между двете враждуващи фамилии. Когато бургундският херцог се завръща в Париж през 1408 г., един негов сънародник, богословът Жан Пти, оправдава извършеното покушение чрез средствата на схоластиката, използвани по време на публичен диспут. Слабият и объркан френски крал просто не знае каква позиция да заеме в този спор. В деня, когато е предвидено да приеме на аудиенция бургундския херцог, той е много болен и трябва да бъде заместен от сина си, херцога на Гиен. Убеден от Жан Бургундски, че орлеанският херцог е убит, защото е заговорничел против краля, Шарл VI първоначално се съгласява да даде прошка на Жан, но по-късно, когато се намира в Мелен, оттегля опрощението. Помирението между двете заинтересовани партии е постигнато едва по-късно, когато те се срещат в Шартр на 9 март 1409 г. Представителят на бургундския херцог, Жан дьо Ниел, иска прошка за извършеното убийство, но въпреки това подчертава, че то е извършено за доброто на кралството. Шарл VI се съгласява да удовлетвори неговата молба и настоява пред потъналите в сълзи синове на покойния орлеански херцог да отговорят със същото, което те обещават да сторят. Така сключеният мир, според писмото на краля, трябва да бъде вечен.
Но за това няма и най-малка надежда и през следващите двадесет и пет години Франция е разкъсвана от междуособни борби, които безсилният крал не може да спре. Каузата на убития орлеански херцог е защитавана от сина му Шарл и от неговия тъст Бернар VII, граф на Арманяк, който по-късно става конетабъл на Франция. Неговото име приема и така наречената „арманяшка партия“ от привърженици на орлеанския херцог. Въоръжените конфликти избухват през 1411 г. и положението остава задълго нестабилно, като нещата се променят всеки ден с редуване на сблъсъците с безкрайна поредица от краткотрайни примирия. Политическата власт минава от едни ръце в други, следвайки привилегированото положение, което едната или другата група съумява да си осигури в двореца. Отначало бургундският херцог успява да постави Париж под своя власт, но по-късно губи това предимство, след като неговите противници от „орлеанистката партия“ и арманяците го обявяват за бунтовник.