Във Фландрия обаче продължава да се държи така, че дори съпругът ѝ започва да я подозира в психическа неуравновесеност. Но и неговото собствено поведение допринася за това. „Доня Хуана — пише един тогавашен хронист — усети промяната, настъпила в любовта на принца към нея. Той вече се отнасяше към нея по много по-различен начин. Като жена обаче, която го обича безкрайно много, тя се опитваше да открие каква е причината за тази промяна. Тогава ѝ казват, че ерцхерцогът си има любовница — изключително красива благородна дама, която обича страстно.“ Разказват, че когато Хуана забелязва въпросната любовница на принца да скрива в корсажа си някаква тайна бележка, веднага я грабва, но жената успява да я отскубне от ръцете ѝ и да я погълне. Разгневена, Хуана посяга да отреже косите ѝ, но младата жена се отбранява; тогава побеснялата от ревност испанка я намушква в лицето с ножица. „Принцесата беше толкова гневна, че преследваше съперницата си като лъвица — продължава хронистът, — нарани я и се държа с нея оскърбително, а се говори и че наредила да ѝ отрежат косите до корен.“ Естествено, всичко това води до по-нататъшно охлаждане на отношенията между височайшите съпрузи. Хуана е „толкова засегната от неуважителното отношение на съпруга си, че се оттегля в своята спалня и почти губи разсъдъка си“, твърдят съвременниците. Самият Филип се уплашва, че жена му може да се побърка и нарежда на ковчежника ѝ, Мартин де Моксака, да води дневник за нейните постъпки, които издават психическо разстройство.
Към личната драма на младата принцеса се добавя и стресът от политическата криза, която настъпва със смъртта на майка ѝ Изабела Кастилска на 23 ноември 1504 г. Хуана остава поне на хартия кралица на едно от най-богатите кралства с огромни ресурси, защото не трябва да забравяме, че по онова време кастилците са тези, които колонизират земите на новооткрития континент Америка. По волята на Изабела, Хуана е обявена за нейна „наследница и законна приемница“, с допълнението, че ако тя отсъства от кралството или „ако не желае или не е в състояние да го управлява“, баща ѝ Фернандо Арагонски ще „властва, управлява и администрира Кастилия от нейно име“. Тази клауза от завещанието на покойната кралица показва, че тя вероятно е имала някакви съмнения относно умствените способности на дъщеря си и чрез цитирания по-горе текст открито приканва Фернандо да поеме кралските функции на Хуана.
Така младата кралица е подложена на двойно напрежение, защото, от една страна, съпругът ѝ Филип вече прави планове за нейното кастилско наследство, а от друга, баща ѝ Фернандо има намерение да разпростре властта си върху едно обединено Испанско кралство. Нейната психика става още по-нестабилна и тя изпада в дълбока депресия, от която никога не успява да се освободи напълно. Баща ѝ признава на думи владетелските ѝ права, като обявява, че ще действа единствено като неин регент. Филип настоява за правата на своята съпруга, както и за своите да управлява Кастилия като съпруг на законната кралица. За да изтъкне обаче законността на своите амбиции, той използва информацията, събрана от Моксака, с която поставя под съмнение здравия разум на Хуана. „В Испания е обявено — пише тя с патетичен тон на 3 май 1505 г., — че аз не съм с всичкия си… Зная също, че кралят, моят съпруг, е изпратил писмо в Испания, с което се е оплаквал от мен, за да оправдае собствените си постъпки. Но що се отнася до тези оплаквания, те не излизат извън отношенията между нас като родители и деца… и единствена причина за тях беше ревността.“ Но всичко, което Хуана успява да направи, за да защити своите наследствени права, е да протестира срещу опитите на своя баща и на съпруга си да се споразумеят за бъдещото управление на собственото ѝ кралство Кастилия. И Филип, и Фернандо са непоследователни в своите позиции, но никой от тях не проявява съчувствие, нито разбиране към положението, в което се намира нещастната Хуана. „Вие знаете — пише раздразненият Филип в едно свое писмо от онова време, — че когато е бременна, тя се разгневява без никаква причина.“
Ерцхерцог Филип Хабсбургски решава все пак лично да замине с Хуана за Испания, за да защити своите и на своята съпруга претенции. Когато пристигат, страната е на прага на гражданската война, независимо че Филип и Фернандо постигат наглед добронамерено разбирателство във Виля Фафила на 27 юни 1506 г., с което си поделят привилегиите на управлението, обявявайки Хуана за психически нестабилна, за да поеме властта. „Ако тя пожелае да управлява, това би довело до пълно разорение и унищожение на кралството ни, тъй като страда от различни болести и страсти, които не е уместно да описваме“ — твърдят договарящите се.